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万見
- PDB-4u6t: Crystal structure of the Clostridium histolyticum colH collagenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6t
タイトルCrystal structure of the Clostridium histolyticum colH collagenase polycystic kidney disease-like domain 2a at 1.76 Angstrom resolution
要素ColH protein
キーワードHYDROLASE / Calcium-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium histolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Bauer, R. / Janowska, K. / Sakon, J. / Matsushita, O. / Latimer, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103429 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of three polycystic kidney disease-like domains from Clostridium histolyticum collagenases ColG and ColH.
著者: Bauer, R. / Janowska, K. / Taylor, K. / Jordan, B. / Gann, S. / Janowski, T. / Latimer, E.C. / Matsushita, O. / Sakon, J.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ColH protein
B: ColH protein
C: ColH protein
D: ColH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7659
ポリマ－38,1334
非ポリマー1,6325
水19,9251106
1
A: ColH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1863
ポリマ－9,5331
非ポリマー6532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ColH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8602
ポリマ－9,5331
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ColH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1863
ポリマ－9,5331
非ポリマー6532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ColH protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5331
ポリマ－9,5331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.330, 88.330, 123.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 687 - 770 / Label seq-ID: 3 - 86

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
ColH protein / Collagenase


分子量: 9533.257 Da / 分子数: 4
断片: polycystic kidney disease-like domain (UNP residues 725-810)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium histolyticum (バクテリア)
遺伝子: colH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: Q46085
#2: 化合物
ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 4.5, 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日 / 詳細: CCD
放射モノクロメーター: Osmic Blue confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→65.04 Å / Num. obs: 53717 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 254417 / Scaling rejects: 1909
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.76-1.822.120.3742.31086751290.96095.7
1.82-1.93.10.30531669253810.99099.9
1.9-1.984.690.254.82531853921.1918100
1.98-2.095.090.1726.82743353831.0718100
2.09-2.225.110.1249.22765253991.0343100
2.22-2.395.280.1110.52846953801.017099.9
2.39-2.635.430.09512.22946754021.0211999.9
2.63-3.015.490.081142981853860.9923399.9
3.01-3.795.360.06318.92942054211.0434199.9
3.79-65.045.180.05923.32928154441.68106799.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREK9.9.9.4 W9RSSIデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化解像度: 1.76→65.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 5.797 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 2731 5.1 %RANDOM
Rwork0.2067 50932 --
obs0.2099 53663 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.34 Å2 / Biso mean: 31.334 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→65.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 110 1106 3900
Biso mean--56.65 42.32 -
残基数----344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9873818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3045340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.27726.97132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48215514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0181.51696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.82222749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.90931175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.3534.51069
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A336TIGHT POSITIONAL0.160.05
2B336TIGHT POSITIONAL0.140.05
3C336TIGHT POSITIONAL0.120.05
4D336TIGHT POSITIONAL0.140.05
1A302LOOSE POSITIONAL0.275
2B302LOOSE POSITIONAL0.25
3C302LOOSE POSITIONAL0.165
4D302LOOSE POSITIONAL0.185
1A336TIGHT THERMAL0.880.5
2B336TIGHT THERMAL0.80.5
3C336TIGHT THERMAL0.90.5
4D336TIGHT THERMAL0.860.5
1A302LOOSE THERMAL1.0410
2B302LOOSE THERMAL0.8710
3C302LOOSE THERMAL0.7710
4D302LOOSE THERMAL0.8310
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 198 -
Rwork0.268 3563 -
all-3761 -
obs--94.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73850.45090.4010.68630.08151.9776-0.08370.04930.0705-0.0160.05410.0098-0.00640.02090.02960.00550.0008-0.00380.01020.00150.004335.485-23.48-29.787
21.8207-0.32360.34960.56130.30471.8427-0.1008-0.13880.06690.03680.095-0.03910.0320.02760.00580.010.0152-0.00710.0353-0.0130.006657.484-27.226-36.56
32.23-0.45770.08281.9746-0.40682.00510.10180.1555-0.3678-0.1596-0.03960.15340.3205-0.0494-0.06220.08980.0044-0.03870.0424-0.05110.088755.9-41.957-53.328
42.1812-0.02340.2032.56830.56481.35530.1797-0.1232-0.39810.19-0.1117-0.27820.29410.0581-0.06810.09210.0008-0.04510.03880.05390.125237.338-39.357-15.391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A685 - 770
2X-RAY DIFFRACTION2B685 - 770
3X-RAY DIFFRACTION3C685 - 770
4X-RAY DIFFRACTION4D685 - 770

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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