[日本語] English
万見
- PDB-1q8n: Solution Structure of the Malachite Green RNA Binding Aptamer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q8n
タイトルSolution Structure of the Malachite Green RNA Binding Aptamer
要素RNA Aptamer
キーワードRNA / rna aptamer / malachite green / base triple / base quadruple / rna ligand interactions
機能・相同性MALACHITE GREEN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Flinders, J. / DeFina, S.C. / Brackett, D.M. / Baugh, C. / Wilson, C. / Dieckmann, T.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2004
タイトル: Recognition of planar and nonplanar ligands in the malachite green-RNA aptamer complex.
著者: Flinders, J. / DeFina, S.C. / Brackett, D.M. / Baugh, C. / Wilson, C. / Dieckmann, T.
履歴
登録2003年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6472
ポリマ－12,3171
非ポリマー3291
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 RNA Aptamer


分子量: 12317.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was synthesized in vitro and does not occur naturally.
#2: 化合物 ChemComp-MGR / MALACHITE GREEN


分子量: 329.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D NOESY
2222D TOCSY
232DQF-COSY
2443D 13C-separated NOESY
1552D HMQC
264HCNCH
1732D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined with the aid of the crystal structure of a similar RNA aptamer.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2mM RNA Aptamer, 10mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5mM RNA Aptamer, 10mM phosphate buffer, 100% D2O100% D2O
31.5mM RNA Aptamer, 10mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM RNA Aptamer U-15N,13C, 10mM phosphate buffer, 100% D2O100% D2O
51mM RNA Aptamer U-15N,13C, 10mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110mM KCl 5.8ambient 274 K
210mM KCl 5.8ambient 298 K
310mM KCl 5.8ambient 274 K
410mM KCl 5.8ambient 298 K
510mM KCl 5.8ambient 274 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
CNS1.1A.T. Brunger, P.D. Adams, G.M. Clore, W.L. Delano, P. Gros, R.W. Grosse-Kunstleve, J.S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N.S. Pannu, R.J. Read, L.M.R ice, T. Simonson, G.L. Warren構造決定
XEASY1.3.13C. Bartels, T.H. Xia, M. Billeter, P. Gntert and K. Wthrichデータ解析
CNS1.1A.T. Brunger, P.D. Adams, G.M. Clore, W.L. Delano, P. Gros, R.W. Grosse-Kunstleve, J.S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N.S. Pannu, R.J. Read, L.M.R ice, T. Simonson, G.L. Warren精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was based on 423 NOE constraints (148 intranucleotide, 119 sequential, 66 medium to long range, and 90 RNA to ligand NOEs) and 219 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る