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- PDB-4tn9: Crystal structure of Clostridium histolyticum ColG collagenase po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tn9
タイトルCrystal structure of Clostridium histolyticum ColG collagenase polycystic kidney disease-like domain at 1.4 Angstrom resolution
要素Collagenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium histolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bauer, R. / Sakon, J. / Philominathan, S.T.L. / Matsushita, O. / Gann, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of three polycystic kidney disease-like domains from Clostridium histolyticum collagenases ColG and ColH.
著者: Bauer, R. / Janowska, K. / Taylor, K. / Jordan, B. / Gann, S. / Janowski, T. / Latimer, E.C. / Matsushita, O. / Sakon, J.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年3月11日ID: 3JQU
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagenase
B: Collagenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3462
ポリマ－18,3462
非ポリマー00
水7,476415
1
A: Collagenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1731
ポリマ－9,1731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collagenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1731
ポリマ－9,1731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.998, 71.763, 47.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 685 - 770 / Label seq-ID: 1 - 86

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質 Collagenase


分子量: 9172.991 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 797-881 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium histolyticum (バクテリア)
遺伝子: colG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X721
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 41-49% MPD, 100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 0.1-0.3% ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 30393 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.492 / Net I/av σ(I): 21.321 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 99029
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.452.40.35827380.68883.7
1.45-1.513.10.31231740.76497.7
1.51-1.583.40.23432520.8299.3
1.58-1.663.50.18932970.98199.7
1.66-1.763.50.14932491.21999.6
1.76-1.93.30.12326541.44881.2
1.9-2.093.30.132273.08298.4
2.09-2.393.20.06824901.89475.9
2.39-3.023.50.05133141.71699.9
3.02-503.20.0429982.04789.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.4→20.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.006 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 1539 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 28786 --
obs0.1696 28786 92.23 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.12 Å2 / Biso mean: 18.343 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.52 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→20.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1281 0 0 415 1696
Biso mean---31.18 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.9431808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6585171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74225.08857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24115242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.688156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7051.5851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8221375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3183492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5024.5433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.71231343
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
344TIGHT POSITIONAL0.120.05
271LOOSE POSITIONAL0.335
344TIGHT THERMAL0.80.5
271LOOSE THERMAL0.7810
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 94 -
Rwork0.283 1771 -
all-1865 -
obs--78.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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