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- PDB-4u61: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u61 | |||||||||
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Title | Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with 6'-sialyllactose | |||||||||
![]() | Structural protein VP1![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stroh, L.J. / Stehle, T. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Trichodysplasia spinulosa-Associated Polyomavirus Uses a Displaced Binding Site on VP1 to Engage Sialylated Glycolipids. Authors: Stroh, L.J. / Gee, G.V. / Blaum, B.S. / Dugan, A.S. / Feltkamp, M.C. / Atwood, W.J. / Stehle, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 879 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u5zSC ![]() 4u60C ![]() 4u62C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 30994.908 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 31-304 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: VP1 / Plasmid: pET28b / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose | ![]() #3: Sugar | ChemComp-SIA / ![]() #4: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.73 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100 mM Na-malonate pH 5.0, 10% PEG 3350, 10 mM 6'-sialyllactose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.65→30 Å / Num. obs: 368928 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.69 Å / Redundancy: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4U5Z Resolution: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.641 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.65→30 Å
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Refine LS restraints |
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