+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u5t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of VBP Leucine Zipper with Bound Arylstibonic Acid | ||||||
![]() | VBP leucine zipper | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION Inhibitor / leucine zipper / B-ZIP transcription factor / vitellogenin gene-binding protein (VBP) / inhibitor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chromatin => GO:0000785 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / rhythmic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stagno, J.R. / Ji, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: P6981, an arylstibonic acid, is a novel low nanomolar inhibitor of cAMP response element-binding protein binding to DNA. 著者: Zhao, J. / Stagno, J.R. / Varticovski, L. / Nimako, E. / Rishi, V. / McKinnon, K. / Akee, R. / Shoemaker, R.H. / Ji, X. / Vinson, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 16.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.499526, 0.866298, -0.001311), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4508.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-3CG / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M ammonium phos., 20% PEG3350, 3% trimethylamine N-oxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→34.42 Å / Num. obs: 3054 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 59.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.177 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 14.86 / Num. measured all: 12301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.709 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.301→34.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|