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- PDB-4u5t: Crystal Structure of VBP Leucine Zipper with Bound Arylstibonic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u5t
タイトルCrystal Structure of VBP Leucine Zipper with Bound Arylstibonic Acid
要素VBP leucine zipper
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION Inhibitor / leucine zipper / B-ZIP transcription factor / vitellogenin gene-binding protein (VBP) / inhibitor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin => GO:0000785 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / rhythmic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyrotroph embryonic factor / PAR basic leucine zipper protein / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3CG / Thyrotroph embryonic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Ji, X.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2012
タイトル: P6981, an arylstibonic acid, is a novel low nanomolar inhibitor of cAMP response element-binding protein binding to DNA.
著者: Zhao, J. / Stagno, J.R. / Varticovski, L. / Nimako, E. / Rishi, V. / McKinnon, K. / Akee, R. / Shoemaker, R.H. / Ji, X. / Vinson, C.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn ...pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / refine_hist
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VBP leucine zipper
B: VBP leucine zipper
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3353
ポリマ－9,0162
非ポリマー3191
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.840, 68.840, 77.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and backbone
211chain 'B' and backbone

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.499526, 0.866298, -0.001311), (0.866299, -0.499526, 0.000348), (-0.000353, -0.001309, -0.999999)
ベクター: -34.449299, 59.659698, 15.3086)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VBP leucine zipper


分子量: 4508.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q10587*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3CG / (2Z)-3-{3-[dihydroxy(oxido)-lambda~5~-stibanyl]phenyl}prop-2-enoic acid


分子量: 318.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9O5Sb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium phos., 20% PEG3350, 3% trimethylamine N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→34.42 Å / Num. obs: 3054 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 59.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.177 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 14.86 / Num. measured all: 12301
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.3-3.40.6230.4953.519402572380.57392.6
3.4-3.50.5360.4054.79532412310.46595.9
3.5-40.2460.2158.2834488798510.24896.8
4-4.50.140.11414.1720935315190.13297.7
4.5-50.1230.10815.5813103353190.12495.2
5-60.1840.14611.4315493873770.16897.4
6-100.0610.03931.515984244070.04696
10-200.0210.01860.51370103990.02196.1
200.0120.01375.24015130.01586.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.301→34.42 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 254 8.32 %
Rwork0.2601 --
obs0.2617 3054 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.709 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.4913 Å20 Å2-0 Å2
2--9.4913 Å20 Å2
3----18.9825 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→34.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数588 0 15 5 608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.622811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.14247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.301-4.15810.2791220.31551385X-RAY DIFFRACTION96
4.1581-34.42190.27741320.22351415X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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