PDB-4u5a: Sporozoite Protein for Cell Traversal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u5a

タイトル

Sporozoite Protein for Cell Traversal

要素

Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / four helix bundle

機能・相同性

Plasmodium host cell traversal SPECT1 / Plasmodium host cell traversal SPECT1 / Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Hamaoka, B.Y.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of the Essential Plasmodium Host Cell Traversal Protein SPECT1.
著者: Hamaoka, B.Y. / Ghosh, P.

履歴

登録	2014年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u5a.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u5a.ent.gz	116.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u5a_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u5a_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	4u5a_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	4u5a_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2i89-5 1ng7-d 5z7q-d 1in0-2 5dpo-1 3ggz-2 1lj0-5 3lqi-1 3ggz-1 5e5m-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

B: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

C: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

D: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

92.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Sporozoite microneme protein essential for cell traversal

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.179, 64.316, 233.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	SER	SER	chain A	A	A	48 - 240	8 - 200
2	ILE	ILE	ILE	ILE	chain B	B	B	50 - 239	10 - 199
3	LYS	LYS	ILE	ILE	chain C	C	C	47 - 239	7 - 199
4	LYS	LYS	SER	SER	chain D	D	D	47 - 240	7 - 200

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Sporozoite microneme protein essential for cell traversal 分子量: 23215.402 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP resiudes 42-241 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫) 遺伝子: spect / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75UY1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES 7.5, magnesium chloride, PEG 3350

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	1.0072
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.9792, 0.9790, 0.9610
シンクロトロン	APS	23-ID-B	3	1.008

検出器

タイプ	ID	日付	検出器
MARRESEARCH	1	2009年8月7日
MARRESEARCH	3	2010年3月21日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2		CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0072	1
2	0.9792	1
3	0.979	1
4	0.961	1
5	1.008	1

Reflection

冗長度: 5.1 % / 数: 23999 / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.25 / D res high: 3.52 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 4720 / % possible obs: 83.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.58	50	1	0.033	1.689	5.7
6.02	7.58	1	0.069	1.548	5.2
5.26	6.02	1	0.095	1.244	5.3
4.78	5.26	1	0.077	1.098	5.9
4.43	4.78	1	0.083	0.993	5.8
4.17	4.43	1	0.102	1.149	5.3
3.96	4.17	1	0.118	1.027	4.6
3.79	3.96	1	0.136	1.09	3.9
3.65	3.79	1	0.18	1.222	3.6
3.52	3.65	1	0.16	1.066	3.1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 22303 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 53.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Χ²: 1.046 / Net I/av σ(I): 13.143 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 251858

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	4.6	0.618	956	1.022	87.1
2.8-2.85	5.5	0.562	1013	1.08	93.4
2.85-2.9	6.2	0.464	1100	1.062	97.1
2.9-2.96	7.1	0.44	1073	1.031	98.7
2.96-3.03	7.9	0.431	1101	1.038	99.9
3.03-3.1	9	0.395	1110	1	100
3.1-3.17	10	0.378	1099	1.051	100
3.17-3.26	10.8	0.332	1133	1.067	100
3.26-3.36	11.5	0.286	1086	1.068	100
3.36-3.46	12.2	0.274	1126	1.078	100
3.46-3.59	13	0.266	1125	1	100
3.59-3.73	13.5	0.237	1105	1.09	100
3.73-3.9	14	0.21	1132	1.077	100
3.9-4.11	14.2	0.153	1122	1.031	100
4.11-4.36	14.4	0.124	1131	1.043	100
4.36-4.7	14.4	0.118	1142	1.072	100
4.7-5.17	14.4	0.114	1136	1.024	100
5.17-5.92	14	0.121	1159	1.02	100
5.92-7.46	13.8	0.102	1173	1.037	100
7.46-50	12.9	0.058	1281	1.024	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Coot		モデル構築
SOLVE		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.75→50 Å / FOM work R set: 0.7664 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	1923	9.1 %
R_work	0.2425	19217	-
obs	0.2453	21140	93.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.31 Å² / B_iso mean: 56.52 Å² / B_iso min: 21.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5587	0	0	0	5587
残基数	-	-	-	-	713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	7616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.757	2086

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3186	X-RAY DIFFRACTION	9.895	TORSIONAL
1	2	B	3186	X-RAY DIFFRACTION	9.895	TORSIONAL
1	3	C	3186	X-RAY DIFFRACTION	9.895	TORSIONAL
1	4	D	3186	X-RAY DIFFRACTION	9.895	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.8155	0.3386	105	0.3231	1012	1117	71
2.8155-2.8916	0.3913	126	0.3016	1207	1333	84
2.8916-2.9767	0.3638	127	0.2913	1272	1399	89
2.9767-3.0728	0.3819	137	0.2754	1359	1496	93
3.0728-3.1826	0.3028	135	0.2881	1348	1483	94
3.1826-3.31	0.3316	137	0.282	1378	1515	96
3.31-3.4606	0.2743	139	0.2532	1410	1549	96
3.4606-3.643	0.3162	141	0.2423	1390	1531	96
3.643-3.8711	0.2773	141	0.2312	1414	1555	97
3.8711-4.1699	0.2409	142	0.2113	1432	1574	98
4.1699-4.5893	0.2416	143	0.1959	1458	1601	98
4.5893-5.2527	0.2287	144	0.2152	1460	1604	99
5.2527-6.6155	0.2716	149	0.2916	1486	1635	99
6.6155-49.9056	0.226	157	0.2269	1591	1748	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)