PDB-5z7q: Crystal structure of Bacillus cereus flagellin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z7q

タイトル

Crystal structure of Bacillus cereus flagellin

要素

Flagellin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Bacteria / Flagellin / Adjuvant

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kim, M. / Hong, M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of Bacillus cereus flagellin and structure-guided fusion-protein designs
著者: Il Kim, M. / Lee, C. / Park, J. / Jeon, B.Y. / Hong, M.

履歴

登録	2018年1月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z7q.cif.gz	85.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z7q.ent.gz	63.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k8wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u5a-1 4u5a-4 4u5a-2 4niq-d 3mc9-2 5b0t-d 3lqi-1 4u5a-3 3ggy-2 5b0n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellin

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.724, 112.724, 40.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Flagellin 分子量: 18774.639 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-229 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_1658 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81FD4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Flagellin

分子量: 18774.639 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_1658 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81FD4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.67 % / 解説: rod shape
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M glycine, pH 10, 0.2M lithium sulfate, 1.2M sodium dihydrogen phosphate, and 0.8M di-potassium hydrogen phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 25160 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 2.354 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	5.5	0.245	1239	0.965	0.115	0.271	1.754	100
1.88-1.92	5.5	0.225	1268	0.968	0.106	0.249	1.835	100
1.92-1.95	5.5	0.187	1235	0.978	0.088	0.207	1.995	100
1.95-1.99	5.5	0.175	1267	0.982	0.082	0.193	2.056	100
1.99-2.04	5.6	0.153	1237	0.98	0.072	0.169	2.274	100
2.04-2.08	5.5	0.132	1243	0.984	0.062	0.146	2.277	100
2.08-2.14	5.5	0.121	1262	0.986	0.057	0.133	2.384	100
2.14-2.19	5.6	0.113	1241	0.987	0.053	0.125	2.425	100
2.19-2.26	5.5	0.104	1284	0.989	0.049	0.115	2.491	100
2.26-2.33	5.6	0.095	1223	0.99	0.045	0.105	2.447	100
2.33-2.41	5.6	0.09	1265	0.99	0.042	0.099	2.598	100
2.41-2.51	5.6	0.084	1280	0.989	0.04	0.093	2.501	100
2.51-2.63	5.6	0.078	1238	0.992	0.037	0.087	2.527	100
2.63-2.76	5.5	0.071	1266	0.993	0.033	0.079	2.536	100
2.76-2.94	5.6	0.065	1268	0.995	0.031	0.072	2.507	100
2.94-3.16	5.5	0.059	1275	0.994	0.028	0.065	2.592	100
3.16-3.48	5.5	0.053	1252	0.996	0.025	0.059	2.477	100
3.48-3.99	5.5	0.05	1297	0.995	0.024	0.056	2.555	99.9
3.99-5.02	5.4	0.046	1276	0.995	0.023	0.051	2.391	99.2
5.02-50	4.9	0.046	1244	0.996	0.023	0.052	2.452	93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K8W

3k8w

解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.626 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1958	1211	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1863	-	-	-
obs	0.1867	23911	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.11 Å² / B_iso mean: 27.198 Å² / B_iso min: 13.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	-0.38 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1294	0	0	153	1447
B_iso mean	-	-	-	33.77	-
残基数	-	-	-	-	176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.961	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.938	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.266	26.393	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.833	15	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.087	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1037

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	98	-
R_work	0.189	1738	-
all	-	1836	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1898	2.6129	0.802	1.2062	0.455	0.2474	-0.2936	0.4868	0.4465	-0.192	0.2103	0.2041	-0.1088	0.0599	0.0833	0.0758	-0.0476	-0.0619	0.0657	0.0729	0.1172	15.669	-41.985	4.889
2	5.5698	2.4779	-0.2988	1.7916	-0.1822	0.7253	-0.0704	-0.2471	0.6926	0.0151	0.0124	0.3224	-0.0708	-0.1204	0.058	0.0422	0.0161	-0.0255	0.0694	-0.0124	0.1759	3.767	-45.406	13.978
3	7.4612	4.3562	1.3105	3.003	0.8834	0.3105	-0.0251	-0.1081	-0.0397	-0.0489	0.0113	-0.1031	-0.0144	0.0037	0.0138	0.0259	-0.0033	-0.0056	0.0426	0.003	0.058	12.992	-52.067	11.594
4	2.0285	-2.0493	4.8228	2.8289	-5.2913	11.6989	0.2975	-0.1021	-0.217	0.2999	0.1452	0.0742	0.3735	-0.2858	-0.4427	0.532	0.0274	-0.0993	0.4072	0.0404	0.2208	-0.659	-73.516	13.998
5	3.9096	-2.5793	-2.721	1.7874	2.6679	14.5713	-0.2262	-0.3723	0.5073	0.2178	0.16	-0.2758	0.0954	-0.787	0.0663	0.2575	0.0021	0.0341	0.1628	-0.0776	0.1547	-15.559	-53.544	11.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	63 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	54 - 62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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