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- PDB-4u2x: Ebola virus VP24 in complex with Karyopherin alpha 5 C-terminus -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u2x

タイトル

Ebola virus VP24 in complex with Karyopherin alpha 5 C-terminus

要素

Importin subunit alpha-6
Membrane-associated protein VP24

キーワード

VIRAL PROTEIN / eVP24 / importin alpha6 / immune antagonist

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / modulation by virus of host cellular process / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.153 Å

データ登録者

Xu, W. / Leung, D. / Borek, D. / Amarasinghe, G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI107056	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI081914	米国

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2014
タイトル: Ebola Virus VP24 Targets a Unique NLS Binding Site on Karyopherin Alpha 5 to Selectively Compete with Nuclear Import of Phosphorylated STAT1.
著者: Xu, W. / Edwards, M.R. / Borek, D.M. / Feagins, A.R. / Mittal, A. / Alinger, J.B. / Berry, K.N. / Yen, B. / Hamilton, J. / Brett, T.J. / Pappu, R.V. / Leung, D.W. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2014年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u2x.cif.gz	483.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u2x.ent.gz	405.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4u2x_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u2x_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	4u2x_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	4u2x_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3m6w-d 5rya-d 3m6u-1 3u07-1 5rxp-d 5rw9-d 4tl3-d 1dk8-1 6cww-d 4oo0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (2) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

-
集合体

登録構造単位

A: Membrane-associated protein VP24

B: Membrane-associated protein VP24

C: Membrane-associated protein VP24

D: Importin subunit alpha-6

E: Importin subunit alpha-6

F: Importin subunit alpha-6

ヘテロ分子

132 kDa, 6 ポリマー
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A: Membrane-associated protein VP24

D: Importin subunit alpha-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
43.9 kDa, 2 ポリマー
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B: Membrane-associated protein VP24

E: Importin subunit alpha-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
43.9 kDa, 2 ポリマー
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C: Membrane-associated protein VP24

F: Importin subunit alpha-6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
43.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.925, 103.925, 333.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C
1	4	D
2	4	E
1	5	D
2	5	F
1	6	E
2	6	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ALA	ALA	A	A	16 - 229	1 - 214
2	1	ASP	ASP	ALA	ALA	B	B	16 - 229	1 - 214
1	2	ASP	ASP	THR	THR	A	A	16 - 231	1 - 216
2	2	ASP	ASP	THR	THR	C	C	16 - 231	1 - 216
1	3	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	16 - 230	1 - 215
2	3	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	16 - 230	1 - 215
1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	335 - 506	4 - 175
2	4	ILE	ILE	GLY	GLY	E	E	335 - 506	4 - 175
1	5	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	335 - 505	4 - 174
2	5	ILE	ILE	PHE	PHE	F	F	335 - 505	4 - 174
1	6	VAL	VAL	PHE	PHE	E	E	334 - 505	3 - 174
2	6	VAL	VAL	PHE	PHE	F	F	334 - 505	3 - 174

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

Biological assembly confirmed by multiangle light scattering

-
要素

#1: タンパク質	Membrane-associated protein VP24 分子量: 24421.334 Da / 分子数: 3 / 断片: eVP24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP24 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05322
#2: タンパク質	Importin subunit alpha-6 / Karyopherin subunit alpha-5 分子量: 19477.389 Da / 分子数: 3 / 断片: KPNA5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA5 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15131
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M ammonium chloride, 0.1 M Bis-Tris propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792601 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月17日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792601 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 35719 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 0.894 / Net I/av σ(I): 14.839 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 214292

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3.15-3.2	6	0.953	1735	0.7	98.1
3.2-3.26	6	0.83	1791	0.72	97.2
3.26-3.33	6	0.653	1794	0.72	98.1
3.33-3.39	6	0.576	1762	0.728	97.4
3.39-3.47	5.9	0.469	1788	0.793	97
3.47-3.55	6.1	0.36	1764	0.784	98.3
3.55-3.64	6	0.296	1791	0.819	97.4
3.64-3.73	5.9	0.234	1786	0.902	97.3
3.73-3.84	6	0.188	1794	0.901	97.1
3.84-3.97	6.1	0.165	1774	0.974	97.1
3.97-4.11	6.1	0.132	1787	1.019	96.5
4.11-4.27	6	0.109	1776	1.053	96.8
4.27-4.47	6	0.092	1792	1.072	96.9
4.47-4.7	6	0.09	1790	1.124	96.2
4.7-5	6.1	0.085	1779	1.222	95.3
5-5.38	6	0.075	1789	1.11	96.1
5.38-5.93	6	0.073	1791	0.983	95.6
5.93-6.78	5.9	0.055	1773	0.835	93.4
6.78-8.54	6	0.041	1817	0.788	93.4
8.54-50	5.8	0.032	1846	0.626	89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

解像度: 3.153→35.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 38.444 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2492	1555	5 %	RANDOM
R_work	0.2146	29294	-	-
obs	0.2163	30849	83.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 217.56 Å² / B_iso mean: 78.725 Å² / B_iso min: 7.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.04 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.153→35.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9163	0	2	24	9189
B_iso mean	-	-	71.82	28.91	-
残基数	-	-	-	-	1162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	9347
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.824	1.961	12673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.745	3	21197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.318	5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.37	25.061	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.505	15	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.455	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2109

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13564	0.05
1	2	B	13564	0.05
2	1	A	13379	0.07
2	2	C	13379	0.07
3	1	B	13356	0.07
3	2	C	13356	0.07
4	1	D	10384	0.08
4	2	E	10384	0.08
5	1	D	10508	0.07
5	2	F	10508	0.07
6	1	E	10577	0.08
6	2	F	10577	0.08

LS精密化シェル

解像度: 3.153→3.234 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	63	-
R_work	0.275	925	-
all	-	988	-
obs	-	-	37.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0452	-10.5208	2.1353	31.3168	-1.6491	6.6755	0.4334	-0.2232	0.1388	-0.2048	-0.2994	0.0936	0.0113	-0.4973	-0.134	0.1833	0.0028	0.0476	0.3518	0.008	0.2742	-18.2913	5.0279	-52.1522
2	5.5309	-6.0188	-1.9428	15.3203	4.3094	2.0688	0.0225	0.3235	-0.0564	0.0086	0.2662	-0.2334	0.3586	-0.2883	-0.2887	0.2219	-0.0859	-0.0804	0.2579	0.0035	0.3241	-9.44	-13.8318	-54.2943
3	2.7196	-4.1617	1.9361	9.0277	-4.0522	2.0895	0.0693	0.0873	-0.1473	-0.0584	0.0061	-0.039	0.1132	0.1182	-0.0754	0.183	0.0062	-0.0476	0.2231	-0.0734	0.398	-1.5144	-19.5497	-48.1825
4	20.725	1.4079	8.5895	6.5391	0.2029	3.6436	0.1807	-0.9193	-0.2445	-0.8906	-0.2144	0.5149	0.0958	-0.2637	0.0338	0.1505	0.0265	-0.1717	0.4115	0.1095	0.5025	10.987	-35.0664	-40.1674
5	10.9631	-3.9401	3.5124	3.2795	2.6362	9.3801	-0.3312	-0.2993	0.3066	0.2791	0.2391	-0.2284	0.0439	0.0195	0.092	0.2559	0.0507	-0.1651	0.3112	-0.0069	0.4266	7.5693	-25.4184	-34.2444
6	1.01	-0.8118	0.8012	0.7906	-0.0174	3.7927	0.0353	-0.5402	0.0704	-0.0907	0.4256	-0.1669	0.034	-0.3632	-0.461	0.1941	-0.0022	-0.0495	0.3434	-0.0272	0.4048	-4.2691	-15.966	-38.9646
7	23.2137	-0.6022	-22.795	26.953	-1.3805	22.5321	0.0995	-2.2697	0.8886	2.3352	0.6745	-0.6017	-0.2537	2.2104	-0.7741	0.5284	0.0624	-0.3355	0.5521	-0.1166	0.5241	-2.8579	3.8899	-34.3268
8	14.8076	-18.2193	18.3474	22.42	-22.5752	22.7351	-1.0357	-0.5084	0.2505	1.3219	0.6857	-0.3023	-1.3352	-0.6354	0.35	0.7156	-0.0695	0.1925	0.6724	-0.2396	0.5279	-12.1352	8.048	-33.8842
9	2.7424	0.8673	1.2288	1.5756	1.8803	2.5596	-0.0743	-0.2558	-0.0984	-0.1248	0.33	-0.1983	-0.1476	-0.0578	-0.2557	0.3312	-0.006	-0.0067	0.5386	0.0275	0.3549	-14.8417	-6.97	-40.7772
10	0.0248	0.2092	-0.6573	1.9118	-5.9316	18.449	0.0165	-0.0299	0.0111	0.0467	-0.043	-0.0404	-0.138	0.275	0.0265	0.2493	0.0863	0.0089	0.6065	-0.0302	0.5155	-22.7962	2.8458	-39.1489
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精密化 TLSグループ

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112	X-RAY DIFFRACTION	112	F	426 - 432
113	X-RAY DIFFRACTION	113	F	433 - 447
114	X-RAY DIFFRACTION	114	F	448 - 457
115	X-RAY DIFFRACTION	115	F	458 - 462
116	X-RAY DIFFRACTION	116	F	463 - 474
117	X-RAY DIFFRACTION	117	F	475 - 486
118	X-RAY DIFFRACTION	118	F	487 - 494
119	X-RAY DIFFRACTION	119	F	495 - 500
120	X-RAY DIFFRACTION	120	F	501 - 506

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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