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Yorodumi- PDB-3m6u: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m6u | ||||||
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Title | Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group 43 | ||||||
Components | rRNA methylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / rRNA methyltransferase / 5-methylcytidine / RsmF / AdoMet / Multi-specific / Methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / maturation of LSU-rRNA / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.402 Å | ||||||
Authors | Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
Citation | Journal: Rna / Year: 2010 Title: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus. Authors: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m6u.cif.gz | 373.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3m6u.ent.gz | 303.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m6u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3m6u_validation.pdf.gz | 441.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3m6u_full_validation.pdf.gz | 442.9 KB | Display | |
Data in XML | 3m6u_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3m6u_validation.cif.gz | 73 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3m6vC 3m6wC 3m6xC 2frxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50878.578 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: RsmF minus / Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: TTHA1387 / Plasmid: pLJ102 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): CP79 References: UniProt: Q5SII2, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch under oil / pH: 6.6 Details: 20% (w/v) PEG3350, 200 mM sodium sulfate decahydrate (pH 6.6), microbatch under oil, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2008 / Details: Variable vertical and horizontal slits | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→30 Å / Num. obs: 162166 / % possible obs: 90.1 % / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.681 / Net I/σ(I): 17.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2FRX Resolution: 1.402→29.962 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.88 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.435 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.66 Å2 / Biso mean: 26.617 Å2 / Biso min: 11.59 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.402→29.962 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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