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- PDB-4u0o: Crystal structure of Thermosynechococcus elongatus Lipoyl Synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0o
タイトルCrystal structure of Thermosynechococcus elongatus Lipoyl Synthase 2 complexed with MTA and DTT
要素Lipoyl synthase 2
キーワードTRANSFERASE / radical SAM / TIM barrel / sulfotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl synthase / lipoate synthase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoyl synthase / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Lipoyl synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Harmer, J.E. / Hiscox, M.J. / Dinis, P.C. / Sandy, J. / Roach, P.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J017302/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structures of lipoyl synthase reveal a compact active site for controlling sequential sulfur insertion reactions.
著者: Harmer, J.E. / Hiscox, M.J. / Dinis, P.C. / Fox, S.J. / Iliopoulos, A. / Hussey, J.E. / Sandy, J. / Van Beek, F.T. / Essex, J.W. / Roach, P.L.
履歴
登録2014年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lipoyl synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7605
ポリマ－32,6051
非ポリマー1,1554
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.880, 162.800, 58.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Lipoyl synthase 2 / Lip-syn 2 / Lipoate synthase 2 / Lipoic acid synthase 2 / Sulfur insertion protein lipA2


分子量: 32605.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: lipA2, tll0574 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DLC2, lipoyl synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM bicine pH 8.5, 15% PEG 20,000, 3% dextran sulfate sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→64.99 Å / Num. obs: 44264 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 194222
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.6-1.644.70.6012.11531932680.36298.6
7.16-64.994.30.03142.424475660.02398.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å64.62 Å
Translation2.5 Å64.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0P

4u0p


解像度: 1.6→64.988 Å / FOM work R set: 0.7454 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 2229 5.05 %Random selection
Rwork0.2027 41943 --
obs0.2045 44172 97.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.88 Å2 / Biso mean: 36.78 Å2 / Biso min: 19.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→64.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 69 181 2305
Biso mean--34.87 41.28 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9582959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.224782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.63480.441270.36742628275598
1.6348-1.67280.36431480.34762586273498
1.6728-1.71470.3481410.31682608274999
1.7147-1.7610.35671350.29462557269297
1.761-1.81290.29861480.27962594274298
1.8129-1.87140.3261570.25232591274898
1.8714-1.93830.28791120.24582474258693
1.9383-2.01590.23731660.21572583274997
2.0159-2.10760.27791340.2212520265495
2.1076-2.21880.26221400.20782659279999
2.2188-2.35780.25971170.20522627274497
2.3578-2.53980.2481370.1952669280699
2.5398-2.79540.22971260.19792659278598
2.7954-3.19990.21471550.20232669282499
3.1999-4.03150.20241550.1862677283298
4.0315-65.04130.23431310.17632842297399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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