PDB-4u0d: Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u0d

タイトル

Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form

要素

Gag polyprotein
Nuclear pore complex protein Nup153

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of RNA export from nucleus / nuclear pore complex assembly / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA ...negative regulation of RNA export from nucleus / nuclear pore complex assembly / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / molecular condensate scaffold activity / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral penetration into host nucleus / HCMV Early Events / protein import into nucleus / nuclear envelope / host cell / snRNP Assembly / viral nucleocapsid / nuclear membrane / amyloid fibril formation / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / nucleolus / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Price, A.J. / Jacques, D.A. / James, L.C.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Host Cofactors and Pharmacologic Ligands Share an Essential Interface in HIV-1 Capsid That Is Lost upon Disassembly.
著者: Price, A.J. / Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Fletcher, A.J. / Essig, S. / Chin, J.W. / Halambage, U.D. / Aiken, C. / James, L.C.

履歴

登録	2014年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u0d.cif.gz	955.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u0d.ent.gz	802.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u0aC 4u0bC 4u0cC 4u0eC 4u0fC 3h47S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h4e-1 4wym-2 5tsx-1 5tsx-2 6bht-2 6bht-1 4wym-1 5tsv-1 3h4e-2 4qnb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (26) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (5) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (26)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (6)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (4)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (4)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (2)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
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人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Gag polyprotein

B: Gag polyprotein

C: Gag polyprotein

D: Gag polyprotein

E: Gag polyprotein

F: Gag polyprotein

G: Gag polyprotein

H: Gag polyprotein

I: Gag polyprotein

J: Gag polyprotein

K: Gag polyprotein

L: Gag polyprotein

M: Nuclear pore complex protein Nup153

N: Nuclear pore complex protein Nup153

O: Nuclear pore complex protein Nup153

P: Nuclear pore complex protein Nup153

Q: Nuclear pore complex protein Nup153

R: Nuclear pore complex protein Nup153

ヘテロ分子

316 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gag polyprotein

B: Gag polyprotein

C: Gag polyprotein

D: Gag polyprotein

E: Gag polyprotein

F: Gag polyprotein

M: Nuclear pore complex protein Nup153

O: Nuclear pore complex protein Nup153

P: Nuclear pore complex protein Nup153

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 9 ポリマー
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2

G: Gag polyprotein

H: Gag polyprotein

I: Gag polyprotein

J: Gag polyprotein

K: Gag polyprotein

L: Gag polyprotein

N: Nuclear pore complex protein Nup153

Q: Nuclear pore complex protein Nup153

R: Nuclear pore complex protein Nup153

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 9 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.380, 138.060, 211.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Gag polyprotein / Pr55Gag 分子量: 25461.271 Da / 分子数: 12 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear pore complex protein Nup153 / 153 kDa nucleoporin / Nucleoporin Nup153 分子量: 1687.721 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 1407-1423 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49790
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→46.07 Å / Num. obs: 77432 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
3-3.06	3.1	0.664	1.7	13499	4390	0.577	0.436	97.3
15.3-46.07	3.3	0.021	33.8	2154	651	0.999	0.014	95.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	46.07 Å
Translation	3 Å	46.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.7	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定
iMOSFLM		データ削減
REFMAC	5.8.0073	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H47

3h47

解像度: 3→115.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.2402 / WR_factor R_work: 0.2209 / FOM work R set: 0.7754 / SU B: 46.735 / SU ML: 0.376 / SU R Cruickshank DPI: 0.3986 / SU R_free: 0.4221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	3884	5 %	RANDOM
R_work	0.2457	73490	-	-
obs	0.2468	77374	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.14 Å² / B_iso mean: 77.183 Å² / B_iso min: 33.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→115.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19254	0	1	0	19255
B_iso mean	-	-	58.41	-	-
残基数	-	-	-	-	2512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	19708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	18755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.651	1.959	26808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.656	3	43214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.526	5.016	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.511	24.901	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.163	15	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.949	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	22048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.286	6.12	10012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.285	6.12	10011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	10.306	12440

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
1	2	B	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
1	3	C	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	4	D	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
1	5	E	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	6	F	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
1	7	G	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
1	8	H	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
1	9	I	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	10		1180	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
1	11	A	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	12	B	1180	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	1	A	1180	MEDIUM THERMAL	7.42	2
1	2	B	1180	MEDIUM THERMAL	6.78	2
1	3	C	1180	MEDIUM THERMAL	6.02	2
1	4	D	1180	MEDIUM THERMAL	5.42	2
1	5	E	1180	MEDIUM THERMAL	6.47	2
1	6	F	1180	MEDIUM THERMAL	5.09	2
1	7	G	1180	MEDIUM THERMAL	5.24	2
1	8	H	1180	MEDIUM THERMAL	8.1	2
1	9	I	1180	MEDIUM THERMAL	6.98	2
1	10		1180	MEDIUM THERMAL	5.58	2
1	11	A	1180	MEDIUM THERMAL	14.5	2
1	12	B	1180	MEDIUM THERMAL	11.4	2
2	1	A	871	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
2	2	B	871	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
2	3	C	871	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
2	4	D	871	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
2	5	E	871	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
2	6	F	871	LOOSE POSITIONAL	0.57	5
2	7	G	871	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
2	8	H	871	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
2	9	I	871	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
2	10		871	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
2	11	A	871	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
2	12	B	871	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
2	1	A	871	LOOSE THERMAL	6.56	10
2	2	B	871	LOOSE THERMAL	10.86	10
2	3	C	871	LOOSE THERMAL	3.01	10
2	4	D	871	LOOSE THERMAL	10.28	10
2	5	E	871	LOOSE THERMAL	11.47	10
2	6	F	871	LOOSE THERMAL	10.54	10
2	7	G	871	LOOSE THERMAL	14.49	10
2	8	H	871	LOOSE THERMAL	5.81	10
2	9	I	871	LOOSE THERMAL	6.58	10
2	10		871	LOOSE THERMAL	14.97	10
2	11	A	871	LOOSE THERMAL	22.25	10
2	12	B	871	LOOSE THERMAL	8.81	10
3	1	A	681	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
3	2	B	681	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	3	C	681	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
3	4	D	681	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
3	5	E	681	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
3	6	F	681	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
3	7	G	681	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
3	8	H	681	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
3	9	I	681	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
3	10		681	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	11	A	681	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
3	12	B	681	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
3	1	A	681	MEDIUM THERMAL	10.44	2
3	2	B	681	MEDIUM THERMAL	5.42	2
3	3	C	681	MEDIUM THERMAL	4.83	2
3	4	D	681	MEDIUM THERMAL	3.47	2
3	5	E	681	MEDIUM THERMAL	8.36	2
3	6	F	681	MEDIUM THERMAL	4.46	2
3	7	G	681	MEDIUM THERMAL	5.6	2
3	8	H	681	MEDIUM THERMAL	11.75	2
3	9	I	681	MEDIUM THERMAL	4.6	2
3	10		681	MEDIUM THERMAL	6.02	2
3	11	A	681	MEDIUM THERMAL	14.32	2
3	12	B	681	MEDIUM THERMAL	13.65	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	252	-
R_work	0.365	5439	-
all	-	5691	-
obs	-	-	96.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0213	0.0293	-0.352	2.9373	0.5315	3.5548	-0.0033	0.0324	0.2198	-0.0293	0.0135	-0.4005	-0.4745	0.249	-0.0103	0.1635	-0.051	-0.1089	0.1382	0.0553	0.2033	-35.5389	-30.8352	9.5396
2	2.5381	-0.456	-2.0783	2.1314	0.9484	3.6231	-0.1492	-0.429	0.2477	0.1814	0.1522	-0.0874	-0.0774	0.3179	-0.0031	0.2128	0.0862	-0.172	0.1042	-0.0814	0.1518	-40.4188	-29.4798	37.4783
3	2.4769	0.8769	0.1193	1.9104	0.6104	1.9651	-0.1349	-0.524	0.2929	0.2162	0.0683	0.1049	-0.0932	-0.396	0.0666	0.1633	0.1852	0.0201	0.3321	-0.0209	0.0973	-56.7586	-47.1484	48.9212
4	2.2574	-0.0218	0.8246	0.5525	-0.3166	3.5812	-0.0968	0.0255	-0.2473	-0.0227	0.1636	0.0459	0.3288	-1.0155	-0.0668	0.0529	-0.0937	0.0224	0.3792	0.0106	0.0526	-71.0031	-64.7469	33.7449
5	0.9775	-0.4784	0.5773	0.8523	-1.0501	6.3262	0.0612	0.0273	-0.0983	-0.0401	0.0898	0.0939	0.8407	-0.5008	-0.1509	0.1522	-0.1132	-0.0122	0.1824	0.0337	0.0494	-67.8825	-64.5145	6.1992
6	1.0993	0.9055	0.5861	4.0687	-0.2168	1.8734	-0.0687	0.1269	-0.0693	-0.2503	-0.0176	-0.0529	-0.0794	0.0319	0.0863	0.0289	-0.0008	-0.0078	0.171	0.0293	0.029	-50.2339	-48.0406	-5.7548
7	4.753	0.2221	0.5426	0.8727	-0.4644	1.7094	0.0767	-0.1893	0.1003	0.0048	-0.0287	0.0202	0.0284	-0.0052	-0.048	0.0494	0.0341	0.0137	0.1569	0.0907	0.0683	-13.2656	-85.4122	58.7519
8	3.9562	-0.378	0.1933	1.4066	0.4032	3.2742	0.011	0.2653	0.7743	-0.0792	-0.0989	-0.3637	-0.2963	0.5226	0.0879	0.0907	0.0027	0.0482	0.3014	0.2633	0.3757	2.8652	-70.1945	44.1887
9	1.8109	0.7344	-0.4646	2.8023	0.8234	4.202	0.1825	0.2962	0.0515	-0.43	-0.3234	-0.4698	-0.1642	0.3981	0.1409	0.2149	0.2954	0.2379	0.5212	0.375	0.3008	4.5844	-74.547	16.9582
10	1.3259	0.7539	-0.0947	3.1274	-0.2116	2.787	0.1067	0.3446	-0.1873	-0.7472	-0.3517	-0.314	1.049	0.1623	0.2449	0.7072	0.3653	0.1918	0.3636	0.0911	0.107	-11.5281	-90.7985	4.7147
11	0.8836	0.2993	-0.1821	3.3134	-1.7129	4.0844	0.2921	0.11	-0.0314	-0.5025	0.0175	0.2251	1.4935	-0.4485	-0.3096	0.8644	-0.0568	-0.1094	0.2044	0.0618	0.0429	-28.8262	-105.5092	18.7843
12	1.0899	-0.608	1.1874	1.3208	-0.4798	7.934	0.1241	-0.0442	0.0367	-0.1655	-0.0068	-0.0472	0.7008	-1.2311	-0.1173	0.1943	-0.1631	-0.0677	0.2755	0.0809	0.0544	-28.823	-103.4586	46.9323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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