PDB-4txz: Crystal structure of Vibrio cholerae DncV cyclic AMP-GMP synthase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4txz

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae DncV cyclic AMP-GMP synthase in complex with nonhydrolyzable GTP

要素

Cyclic AMP-GMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / nucleotidyl transferase / cyclic nucleotide synthase / cGAS

機能・相同性

機能・相同性情報

3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kranzusch, P.J. / Lee, A.S.Y. / Wilson, S.C. / Solovykh, M.S. / Vance, R.E. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Reprogramming of Human cGAS Dinucleotide Linkage Specificity.
著者: Kranzusch, P.J. / Lee, A.S. / Wilson, S.C. / Solovykh, M.S. / Vance, R.E. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2014年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4txz.cif.gz	309.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4txz.ent.gz	252.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4txz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4txz_validation.pdf.gz	988.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4txz_full_validation.pdf.gz	995.2 KB	表示
XML形式データ	4txz_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	4txz_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4txyC 4ty0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ty0-2 5go3-2 5go3-1 6we4-d 4eki-d 1nw3-d 3qox-d 3upn-2 3mtj-d 2xlf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic AMP-GMP synthase

B: Cyclic AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cyclic AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cyclic AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.041, 59.373, 103.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV 分子量: 46966.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KVG7, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP 分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30 mM HEPES-KOH pH 7.5, 200-300 mM Mg(OAc)2 and 20-22% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→45.19 Å / Num. obs: 20746 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 5.8

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.185 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2422	528	2.56 %	10
R_work	0.2283	-	-	-
obs	0.2287	20664	97.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5884	0	68	5	5957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	8191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.401	2321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	894
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-3.0818	0.3551	125	0.3313	4953	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0818-3.5275	0.2962	141	0.2765	5077	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5275-4.4437	0.2085	126	0.2129	4946	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4437-45.1905	0.2021	136	0.1846	5160	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3274	0.4823	0.8187	1.8292	-0.6756	0.7028	-0.4364	0.1053	0.1901	0.2486	0.15	0.3429	0.1299	1.0588	-0.1157	0.4333	0.0349	0.0216	0.4234	-0.0097	0.4125	12.9417	19.6638	-35.8584
2	2.3429	0.4494	1.5495	3.3377	1.1681	4.7984	0.3344	1.2285	-0.0543	-0.1309	0.2015	-0.1638	0.1474	0.8235	-0.6303	0.3352	-0.0552	0.0368	0.401	0.0589	0.2615	-8.3838	8.4214	-65.8459
3	4.0616	-1.2347	0.6965	2.5701	0.5748	3.3339	-0.284	0.4562	-1.0028	-0.1448	0.4497	0.9617	0.4066	-0.6451	-0.1635	0.5649	-0.1724	-0.0383	0.6529	-0.0218	0.7975	-24.4845	-2.9336	-69.5663
4	2.5277	-0.0122	0.6558	2.6192	0.0398	4.1423	-0.5766	0.2077	1.0854	0.1938	0.0471	0.6524	-0.4088	-0.322	-0.0039	0.6529	0.0112	0.0368	0.585	0.0806	0.7181	-17.0136	15.4269	-64.4788
5	0.373	-0.137	1.3751	1.6335	-1.2594	3.902	-0.0801	-0.0513	-0.1515	-0.0035	0.0394	0.1247	0.0808	-0.3104	0.2193	0.4674	0.0188	0.0347	0.3709	-0.0017	0.4157	-8.3813	12.7083	-51.1173
6	0.9652	-0.3229	1.3381	3.676	-1.1592	1.7706	-0.1561	-0.1424	-0.1401	0.5858	0.2404	0.2347	-0.0205	-0.1391	-0.2141	0.4967	-0.015	0.0545	0.4327	0.0389	0.3536	-11.7338	1.8765	-55.5061
7	2.9825	-1.5699	1.4856	3.1101	-0.7154	3.7472	-0.0472	-0.3904	0.1025	0.202	0.12	0.5412	-0.8034	-0.5845	0.291	0.5075	0.0813	-0.0248	0.5822	0.0237	0.5171	-16.3845	19.008	-56.9305
8	4.1427	-0.1995	2.5265	1.6467	1.6763	3.298	-0.4631	0.2007	0.1994	-0.216	0.1612	0.3852	-0.0913	-0.1364	0.2636	0.648	0.1791	0.1108	0.5366	0.0891	0.6506	-13.9876	22.7457	-48.2217
9	2.829	0.1497	-0.8305	2.6784	0.2808	1.6827	-0.0512	-0.2273	0.2078	0.1807	0.2486	0.1665	-0.2051	-0.1081	-0.1022	0.3906	0.0731	-0.0418	0.4234	0.0077	0.3438	-1.7304	23.1723	-32.8464
10	2.358	0.503	-1.6294	7.1354	-2.2337	7.534	-0.1141	-0.2128	-0.1648	-0.4872	-0.0457	0.5635	-0.0268	-1.4204	-0.1908	0.4226	0.1112	-0.0459	0.6729	0.0273	0.5929	-18.8611	22.4054	-33.8853
11	6.1771	0.195	0.0117	1.7509	-0.9679	2.2584	0.1936	-1.386	-0.6767	-0.0097	-0.0656	-0.0435	0.1134	-0.5428	-0.206	0.5108	0.1109	0.0226	0.575	0.0466	0.3229	-3.9997	16.3921	-23.1215
12	4.5878	0.8638	0.1676	4.0587	-0.0366	2.3443	0.1019	-0.874	-0.2497	0.6337	-0.0003	-0.2232	-0.1308	0.3104	-0.0779	0.5477	0.1113	0.038	0.5892	-0.0006	0.4142	14.5907	16.9561	-25.948
13	5.1108	-1.6267	-0.4503	5.2193	0.0864	2.1531	0.4769	0.1437	-0.4582	-0.0659	-0.3788	-0.3527	-0.5686	0.0989	0.1547	0.3875	-0.0087	0.0025	0.4167	0.0501	0.4327	20.3495	20.725	-88.3977
14	1.5063	0.4477	-0.3703	4.0335	2.0329	3.7698	0.1893	0.7582	-0.3781	-0.3314	0.2176	-0.2691	-0.2021	0.0678	-0.356	0.3936	0.0843	-0.0005	0.3642	0.051	0.3744	-4.3831	9.7073	-115.7459
15	3.1307	-1.2759	2.754	1.5927	-0.3945	4.4863	0.2567	-0.2771	-0.4716	-0.0943	0.0585	0.6829	0.2431	-0.9041	-0.6162	0.6189	-0.1407	-0.0985	0.8099	-0.0995	0.9014	-21.0822	-1.3908	-117.4382
16	2.915	1.2155	-0.0686	3.8376	0.1436	4.9871	-0.9445	0.6891	0.9415	-0.8472	0.2899	0.847	-1.3516	-0.0533	0.3336	0.7853	0.1325	-0.1689	0.5924	-0.1234	0.741	-12.7765	16.8735	-113.3349
17	2.1161	0.5226	1.738	0.5843	0.0998	2.8745	-0.0688	0.4733	-0.0718	0.3476	-0.1357	0.1937	-0.3248	0.1561	0.0345	0.4972	-0.0013	-0.0442	0.3966	-0.0543	0.6047	-1.0145	13.8225	-100.2135
18	2.9295	-0.455	0.5642	6.2492	1.9825	3.4064	-0.1554	-0.4693	-0.3295	0.5685	0.1884	0.6119	0.2191	-0.5869	-0.0732	0.4059	0.011	0.085	0.514	-0.0118	0.4097	-6.714	3.1847	-104.919
19	4.1145	0.322	0.5086	3.4923	2.316	5.204	-0.5262	-0.0047	0.9027	-0.2026	-0.1315	0.5989	-1.0046	-0.9892	0.196	0.6313	0.125	-0.165	0.5639	-0.054	0.6802	-11.3915	19.4783	-105.7452
20	4.3176	1.4888	1.8185	1.2558	0.8655	4.4294	-0.5671	0.3338	0.2181	-0.198	0.1074	0.2734	-0.5563	-0.6085	0.3707	0.6102	0.2419	0.0539	0.6174	-0.0239	0.6484	-7.6419	24.2138	-97.647
21	2.3042	0.3355	1.6071	3.7615	1.6733	3.1455	0.0599	-0.2584	-0.0028	0.4928	-0.0601	0.274	0.0747	-0.1244	-0.0056	0.3947	-0.0898	0.0123	0.3891	-0.0329	0.3718	6.1625	24.5615	-83.7729
22	2.3483	-1.1012	0.4369	6.3107	-4.6497	3.8465	0.3705	0.0176	0.3379	0.1956	0.076	1.1545	-0.5928	-1.4332	-2.5239	0.6331	-0.1044	0.1752	0.7646	-0.1615	0.8137	-10.8613	24.0951	-83.0608
23	6.4602	0.4585	0.9627	2.9301	-0.2568	2.2759	0.315	-1.5647	-0.3024	-0.0442	-0.4083	-0.0984	-0.2295	-0.3299	-0.1934	0.5557	-0.1544	0.0381	0.6145	0.0243	0.3546	5.0135	17.9497	-73.8043
24	4.1291	0.2085	-0.3004	2.4211	-0.3757	4.5213	0.4876	-1.0991	-0.3686	0.9799	-0.2411	-0.9882	0.3624	0.5385	-0.1631	0.6692	-0.0431	-0.1599	0.6837	0.1545	0.6708	23.0648	17.9262	-78.7775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 189 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 190 through 249 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 250 through 278 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 279 through 339 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 340 through 361 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 362 through 382 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 383 through 413 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 5 through 26 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 27 through 60 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 61 through 94 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 95 through 118 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 119 through 151 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 152 through 189 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 190 through 249 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 250 through 278 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 279 through 339 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 340 through 361 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 362 through 382 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 383 through 413 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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