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- PDB-4txo: Crystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4txo
タイトルCrystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-like TlpAs(C110S) and copper chaperone ScoIs(C74S)
要素
  • Blr1131 protein
  • Thiol:disulfide interchange protein TlpA
キーワードOXIDODREDUCTASE/COPPER BINDING PROTEIN / mixed disulfide / soluble domain of membrane protein / thioredoxin fold / copper protein / protein binding / OXIDODREDUCTASE-COPPER BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Copper chaperone SCO1/SenC / SCO1/SenC / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Copper chaperone SCO1/SenC / SCO1/SenC / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Thiol:disulfide interchange protein TlpA / Blr1131 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Scharer, M.A. / Abicht, H.K. / Glockshuber, R. / Hennecke, H.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
Promedica Foundation, Chur, SwitzerlandGHDE KXQ7-DZZ [1276/M)] スイス
ETH Zurich スイス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: How Periplasmic Thioredoxin TlpA Reduces Bacterial Copper Chaperone ScoI and Cytochrome Oxidase Subunit II (CoxB) Prior to Metallation.
著者: Abicht, H.K. / Scharer, M.A. / Quade, N. / Ledermann, R. / Mohorko, E. / Capitani, G. / Hennecke, H. / Glockshuber, R.
履歴
登録2014年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
D: Blr1131 protein
A: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
B: Blr1131 protein
E: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
F: Blr1131 protein
G: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
H: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,68613
ポリマ－155,4188
非ポリマー2685
水10,629590
1
C: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
D: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0194
ポリマ－38,8542
非ポリマー1642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
2
A: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
B: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9595
ポリマ－38,8542
非ポリマー1043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
3
E: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
F: Blr1131 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8542
ポリマ－38,8542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
4
G: Thiol:disulfide interchange protein TlpA
H: Blr1131 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8542
ポリマ－38,8542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.030, 173.220, 66.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 CAEGDBFH

#1: タンパク質
Thiol:disulfide interchange protein TlpA / Cytochrome c biogenesis protein TlpA


分子量: 19528.553 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 38-221 / 変異: C110S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: tlpA, bll1380 / プラスミド: pMal-p/TlpASC110S / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P43221
#2: タンパク質
Blr1131 protein / ScoI S


分子量: 19325.930 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 30-196 / 変異: C74S, WSHPQFEK: StrepII purification tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: blr1131 / プラスミド: pRJ8336 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89VB6

-
非ポリマー , 4種, 595分子

#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals were grown with the sitting-drop vapor diffusion technique by mixing 0.75 ul of the TlpA-ScoI complex (10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl, pH 8) with 0.75 ul of precipitant solution (final ...詳細: Crystals were grown with the sitting-drop vapor diffusion technique by mixing 0.75 ul of the TlpA-ScoI complex (10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl, pH 8) with 0.75 ul of precipitant solution (final concentration: 3% glycerol, 0.2 M NaSCN and 16.0% (w/v) PEG 3350) and equilibration over 100 ul of well solution (3% Glycerol, 0.2 M NaSCN, 28% PEG 3350).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月26日
放射モノクロメーター: Barrtels MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 68110 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 10.55 / Num. measured all: 512163
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.30.4821.1651.3236432862081611.31994.7
2.3-2.40.5740.9931.7737030720870781.10498.2
2.4-2.50.7180.7732.4935453608660160.84898.8
2.5-30.9090.4764.5614324219751196680.51299.6
3-3.50.9860.18511.778809010021100000.19799.8
3.5-40.9960.1120.0657643566156600.116100
4-60.9980.07128.4479261809880980.075100
6-80.9980.06131.9920066196419640.064100
8-100.9990.04743.0875807237230.049100
10-200.9990.04347.6366086516510.045100
20-3010.03942.7461769690.041100
30-4010.03343.4811014140.035100
4010.03332.38311480.03857.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1jfu, 1xzo

1jfu

1xzo


解像度: 2.2→49.338 Å / FOM work R set: 0.8556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 1371 2.01 %Random
Rwork0.1742 66738 --
obs0.1749 68109 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.77 Å2 / Biso mean: 43.43 Å2 / Biso min: 6.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10193 0 15 590 10798
Biso mean--34.98 30.58 -
残基数----1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0814132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1363909
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.27880.34171300.27836332646292
2.2788-2.370.30381350.24816606674196
2.37-2.47790.30081350.22666654678997
2.4779-2.60850.26721360.22556666680297
2.6085-2.77190.26091370.2136704684198
2.7719-2.98590.21231380.19396746688498
2.9859-3.28630.22411360.17376676681298
3.2863-3.76160.18611390.15746798693798
3.7616-4.73840.16091370.13326743688098
4.7384-44.63850.14871400.14326813695398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3678-0.13111.05680.9131-0.05791.34090.09690.1023-0.19240.02870.0034-0.10980.10880.1418-0.09560.13020.0026-0.02120.3969-0.02190.387641.1585-12.6935-2.9235
21.6250.2638-1.48161.150.11941.4823-0.007-0.112-0.04580.0488-0.0402-0.02210.10320.0960.04510.11790.0176-0.0190.35270.01860.281317.3423-13.0093-19.7317
32.9049-0.83-0.50372.6086-0.15773.23710.04940.04350.3128-0.02030.1058-0.0039-0.1713-0.4098-0.12920.151-0.02080.01070.21130.01370.3084-11.28851.688330.536
42.6532-0.27350.17070.3397-0.09511.9695-0.06290.0070.17180.15650.03830.0748-0.16520.0650.01710.2205-0.0113-0.00110.0984-0.01240.292412.76992.286313.6185
52.8611-1.02190.40630.3953-0.25021.90510.16670.1513-0.3553-0.0246-0.0958-0.10510.3285-0.0685-0.05390.5107-0.0211-0.01810.2126-0.01960.52776.0403-37.818618.3928
61.92660.1821-0.74243.78050.46013.3786-0.0278-0.0344-0.58690.0428-0.0399-0.06340.31650.36090.05780.29710.07880.01350.24860.03340.492921.1348-39.864743.6191
72.3689-0.1848-0.80693.92812.66373.15850.15580.06980.4254-0.27880.0066-0.3343-0.4488-0.0351-0.15320.3731-0.01870.0390.27020.06940.424223.985827.1095-14.881
81.2362-0.2793-0.00283.33210.62933.7141-0.0997-0.03340.3237-0.07160.10090.2067-0.2950.17520.01490.33280.00110.02210.19090.01680.60918.361929.071510.3352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA39 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB39 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC40 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD38 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE39 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF39 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG40 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH40 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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