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- PDB-4tx4: Crystal Structure of a Single-Domain Cysteine Protease Inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx4
タイトルCrystal Structure of a Single-Domain Cysteine Protease Inhibitor from Cowpea (Vigna unguiculata)
要素Cysteine proteinase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Cysteine Protease Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna unguiculata (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Valadares, N. / Monteiro-Junior, J.E. / Carvalho, C.P.S. / Grangeiro, T.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: Expression in Escherichia coli of cysteine protease inhibitors from cowpea (Vigna unguiculata): The crystal structure of a single-domain cystatin gives insights on its thermal and pH stability.
著者: Monteiro Junior, J.E. / Valadares, N.F. / Pereira, H.D. / Dyszy, F.H. / da Costa Filho, A.J. / Uchoa, A.F. / de Oliveira, A.S. / da Silveira Carvalho, C.P. / Grangeiro, T.B.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cysteine proteinase inhibitor
A: Cysteine proteinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9273
ポリマ－18,8312
非ポリマー961
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.830, 64.640, 87.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine proteinase inhibitor / Cystatin


分子量: 9415.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna unguiculata (マメ科) / プラスミド: pET302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) / 参照: UniProt: Q06445
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM ammonium sulphate, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月17日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 17850 / Num. obs: 17574 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.81 % / Rmerge F obs: 0.104 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 16.79 / Num. measured all: 66981
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-2.073.470.4570.353.429487283127340.40796.6
2.07-2.210.2610.2315.7210224265926540.26599.8
2.21-2.390.1910.1618.169548246524630.18599.9
2.39-2.610.1330.11311.458949230222980.1399.8
2.61-2.920.0810.07117.388114208220810.081100
2.92-3.360.0470.04625.67115185418460.05399.6
3.36-4.10.0280.03136.566062159515730.03598.6
4.1-5.740.020.02543.434792127112200.02896
5.740.020.02442.8326907917050.02889.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→27.339 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 879 5 %
Rwork0.173 16694 -
obs0.1742 17573 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.98 Å2 / Biso mean: 29.735 Å2 / Biso min: 13.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→27.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1298 0 5 157 1460
Biso mean--37.65 41.76 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3221788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.566486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9503-2.07240.23111410.20052676281797
2.0724-2.23230.22251460.174327742920100
2.2323-2.45690.25421470.172127932940100
2.4569-2.81210.18771470.17628002947100
2.8121-3.54170.19571480.173628192967100
3.5417-27.34160.16881500.16582832298295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0059-0.3350.39772.9489-1.20326.727-0.3674-0.22590.40790.46590.3067-0.017-0.3296-0.1281-0.00260.20310.0442-0.02410.2086-0.06050.2479-6.0525-6.204716.4632
21.23981.0504-0.52521.72690.20660.43090.0039-0.0297-0.29990.16360.1006-0.13070.03810.1501-0.02710.1762-0.0027-0.0040.2093-0.0490.2037-1.5492-11.183818.8491
31.80870.0385-1.22511.26330.43283.4025-0.0426-0.15080.1561-0.03180.00440.0436-0.3733-0.29730.01010.1390.0456-0.03350.1718-0.04650.201518.6114-1.1948.9981
43.49580.71770.39872.68010.59353.9535-0.1363-0.3804-0.01020.0369-0.0392-0.14030.0772-0.27980.10710.17860.0405-0.00640.1792-0.00970.195223.0412-5.79947.1615
51.98390.2393-2.40910.6465-0.66793.90120.3004-0.16160.6708-0.1166-0.01060.1778-0.55090.0419-0.20870.2603-0.0116-0.01420.207-0.06590.259420.24164.630513.1645
61.40230.7560.20923.21221.20011.6581-0.0070.1069-0.13390.11130.2053-0.09820.06840.06370.03420.13210.0125-0.01310.1605-0.03210.1581-0.9821-9.94817.5735
71.1590.96690.52097.2353.14113.2279-0.0968-0.0823-0.0056-0.25810.3474-0.207-0.17390.14680.02560.15720.0063-0.00970.2058-0.00410.17230.0287-10.269113.6957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 16 through 34 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 35 through 53 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 54 through 94 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 15 through 39 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 40 through 53 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 54 through 81 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 82 through 97 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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