+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v8w | |||||||||
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Title | Crystal structure of human Integrator IntS9-IntS11 CTD complex | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / snRNA processing / integrator complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleoplasm ...snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Wu, Y. / Tong, L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Molecular basis for the interaction between Integrator subunits IntS9 and IntS11 and its functional importance. Authors: Wu, Y. / Albrecht, T.R. / Baillat, D. / Wagner, E.J. / Tong, L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v8w.cif.gz | 301.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v8w.ent.gz | 256.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9003.422 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 582-658) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: INTS9, RC74 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NV88 #2: Protein | Mass: 12673.415 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 491-600) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CPSF3L, INTS11, RC68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5TA45, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 21-24% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→25 Å / Num. obs: 51362 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5038 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.1→24.83 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.03
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→24.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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