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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5v8w | |||||||||
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| Title | Crystal structure of human Integrator IntS9-IntS11 CTD complex | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / snRNA processing / integrator complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsnRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Wu, Y. / Tong, L. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017Title: Molecular basis for the interaction between Integrator subunits IntS9 and IntS11 and its functional importance. Authors: Wu, Y. / Albrecht, T.R. / Baillat, D. / Wagner, E.J. / Tong, L. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5v8w.cif.gz | 305 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5v8w.ent.gz | 250.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5v8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5v8w_validation.pdf.gz | 475.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5v8w_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | Display | |
| Data in XML | 5v8w_validation.xml.gz | 30.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 5v8w_validation.cif.gz | 44.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8w | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9003.422 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 582-658) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: INTS9, RC74 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 12673.415 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 491-600) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CPSF3L, INTS11, RC68 / Production host: ![]() References: UniProt: Q5TA45, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.45 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 21-24% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→25 Å / Num. obs: 51362 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5038 / % possible all: 96.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.1→24.83 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.03
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→24.83 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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