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- PDB-4twt: Human TNFa dimer in complex with the semi-synthetic bicyclic pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twt
タイトルHuman TNFa dimer in complex with the semi-synthetic bicyclic peptide M21
要素
  • ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY
  • Tumor necrosis factor
キーワードCytokine/inhibitor / Tumor Necrosis Factor-alpha / Bicyclo Compounds / Peptides / cytokine-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of systemic arterial blood pressure / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2,4,6-trimethylbenzene-1,3,5-triyl)trimethanol / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Luzi, S. / Kondo, Y. / Bernard, E. / Stadler, L. / Winter, G. / Holliger, P.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2015
タイトル: Subunit disassembly and inhibition of TNF alpha by a semi-synthetic bicyclic peptide.
著者: Luzi, S. / Kondo, Y. / Bernard, E. / Stadler, L.K. / Vaysburd, M. / Winter, G. / Holliger, P.
履歴
登録2014年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
E: ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY
F: ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,03514
ポリマ－72,0626
非ポリマー9738
水64936
1
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
E: ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6108
ポリマ－36,0313
非ポリマー5795
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
2
F: ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4256
ポリマ－36,0313
非ポリマー3943
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.444, 78.444, 230.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16E
26F
17C
27D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEUAA10 - 15710 - 157
21ASPASPLEULEUBB10 - 15710 - 157
12SERSERLEULEUAA9 - 1579 - 157
22SERSERLEULEUCE9 - 1579 - 157
13SERSERLEULEUAA9 - 1579 - 157
23SERSERLEULEUDF9 - 1579 - 157
14ASPASPLEULEUBB10 - 15710 - 157
24ASPASPLEULEUCE10 - 15710 - 157
15ASPASPLEULEUBB10 - 15710 - 157
25ASPASPLEULEUDF10 - 15710 - 157
16ALAALAGLYGLYEC1 - 121 - 12
26ALAALAGLYGLYFD1 - 121 - 12
17SERSERLEULEUCE9 - 1579 - 157
27SERSERLEULEUDF9 - 1579 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17370.658 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 77-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: タンパク質・ペプチド ALA-CYS-PRO-PRO-CYS-LEU-TRP-GLN-VAL-LEU-CYS-GLY / peptide M21


分子量: 1289.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-38A / (2,4,6-trimethylbenzene-1,3,5-triyl)trimethanol / 2,4,6-トリメチルベンゼン-1,3,5-トリスメタノ-ル


分子量: 210.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25.5% PEG 8000, 0.085 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.17M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.08 Å / Num. obs: 19797 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.247 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TNF

1tnf


解像度: 2.85→76.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 18.94 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.012 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28601 1005 5.1 %RANDOM
Rwork0.22593 ---
obs0.22887 18737 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å20 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→76.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 60 36 4629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.9786383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5963.00110315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50724.55200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15115726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9421522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8018.1722331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.8018.1722331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.17312.2192892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.17112.222893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7018.4422365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6938.4432365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.72212.5213492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.88176.39318211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.88176.39418210
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A72530.16
12B72530.16
21A75400.16
22C75400.16
31A65670.18
32D65670.18
41B70420.17
42C70420.17
51B67910.16
52D67910.16
61E4760.12
62F4760.12
71C66210.18
72D66210.18
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 74 -
Rwork0.371 1360 -
obs--98.9 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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