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- PDB-5f35: Structure of quinolinate synthase in complex with citrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f35
タイトルStructure of quinolinate synthase in complex with citrate
要素Quinolinate synthase A
キーワードTRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / IRON SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NadA-like / Quinolinate synthetase A / Quinolinate synthase A, type 2 / Quinolinate synthetase A superfamily / Quinolinate synthetase A protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / IRON/SULFUR CLUSTER / Quinolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BS07-0018-01 フランス
French National Research AgencyANR-11-LABX-0003-01 フランス
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Quinolinate Synthase in Complex with a Substrate Analogue, the Condensation Intermediate, and Substrate-Derived Product.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J.AM.CHEM.SOC. / 年: 2014
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FE4S4 QUINOLINATE SYNTHASE UNRAVELS AN ENZYMATIC DEHYDRATION MECHANISM THAT USES TYROSINE AND A HYDROLASE-TYPE TRIAD
著者: Cherrier, M.V. / Chan, A. / Darnaux, C. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2224
ポリマ－34,6571
非ポリマー5653
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.948, 49.300, 62.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Quinolinate synthase A


分子量: 34656.598 Da / 分子数: 1 / 変異: K219R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: nadA, TM_1644 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X7, quinolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: PEG4000, Na3citrate, NH4acetate, NaCl, anaerobic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→49.3 Å / Num. obs: 40043 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.57→1.62 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
Aimless0.5.2データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P3X

4p3x


解像度: 1.6→27.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.345 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17701 1896 4.9 %RANDOM
Rwork0.12793 ---
obs0.13038 36433 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-0.6 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 22 282 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192666
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5572.0043638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0113.0016222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1765351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64624.912114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50515528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.851514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8011.6321270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8021.6281269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.413.0631601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4113.0661602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.612.0861396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6112.0871392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2063.6962002
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.40622.6363082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.01421.3232950
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.62935336
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.092590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.2655452
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 134 -
Rwork0.284 2679 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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