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Yorodumi- PDB-6ora: An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolina... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ora | |||||||||||||||
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Title | An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase | |||||||||||||||
Components | Quinolinate synthase A | |||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / BIOSYNTHESIS | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / NAD biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||||||||
Authors | Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Silakov, A. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2019 Title: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase. Authors: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ora.cif.gz | 263.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ora.ent.gz | 212.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ora.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6ora ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6ora | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6nsoC 6nsuC 6or8C 1wzuS 4zkz 5fev 5ffk C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34189.043 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E198Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (archaea) Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: nadA, PH0013 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): ROSETTA 2 (DE3) / References: UniProt: O57767, quinolinate synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 269 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-5XW / ( | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-5XR / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 30% PEG 4000, 10 MM OAA, 10 MM DHAP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K PH range: 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 25676 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1766 / % possible all: 94.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WZU Resolution: 2.2→45.945 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.945 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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