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- PDB-4twk: Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twk
タイトルCrystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK1 (K2P2.1)
要素Potassium channel subfamily K member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル) / Membrane protein (膜タンパク質) / K2P
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / : / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity ...TWIK related potassium channel (TREK) / : / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / outward rectifier potassium channel activity / cochlea development / plasma membrane => GO:0005886 / ヘルト萼状シナプス / response to axon injury / response to mechanical stimulus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / 記憶 / cellular response to hypoxia / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / 小胞体 / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / イオンチャネル / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Octyl Glucose Neopentyl Glycol / : / Potassium channel subfamily K member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Dong, Y.Y. / Tessitore, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. ...Pike, A.C.W. / Dong, Y.Y. / Tessitore, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. / Grieben, M. / Shrestha, L. / Ang, J.H. / Mackenzie, A. / Quigley, A. / Bushell, S.R. / Shintre, C.A. / Faust, B. / Chu, A. / Dong, L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Burgess-Brown, N.A. / Carpenter, E.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK1 (K2P2.1)
著者: Pike, A.C.W. / Dong, Y.Y. / Tessitore, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. / Grieben, M. / Shrestha, L. / Ang, J.H. / ...著者: Pike, A.C.W. / Dong, Y.Y. / Tessitore, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. / Grieben, M. / Shrestha, L. / Ang, J.H. / Mackenzie, A. / Quigley, A. / Bushell, S.R. / Shintre, C.A. / Faust, B. / Chu, A. / Dong, L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Burgess-Brown, N.A. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 2
B: Potassium channel subfamily K member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,66512
ポリマ－62,4592
非ポリマー3,20610
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12740 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area25620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.470, 105.975, 128.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 2 / Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore domain ...Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore domain potassium channel TREK-1 / Two pore potassium channel TPKC1


分子量: 31229.432 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK2, TREK, TREK1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95069
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 36分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-37X / Octyl Glucose Neopentyl Glycol


分子量: 568.695 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O12
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 % / 解説: Rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.25M magnesium formate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 17% PEG3000, 5% PEG400
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.65 Å / Num. all: 31773 / Num. obs: 31773 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 74.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.836 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BW5

4bw5


解像度: 2.6→33.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8909 / SU R Cruickshank DPI: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Blow DPI: 0.23 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
詳細: DIFFRACTION DATA WERE SEVERELY ANISOTROPIC ALL DATA TO 2.6A WAS USED IN REFINEMENT WITHOUT TRUNCATION. NOMINAL RESOLUTION IS 2.8A BASED ON MN (I)/SD(I)>2 CRITERIA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1607 5.07 %RANDOM
Rwork0.2308 ---
obs0.2322 31710 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 113.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0728 Å20 Å20 Å2
2---20.667 Å20 Å2
3---28.7397 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.522 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→33.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3746 0 168 27 3941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094005HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15468HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1769SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes571HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4005HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion592SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4902SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 151 5.59 %
Rwork0.1901 2549 -
all0.1897 2700 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9839-0.8042-1.32812.38190.83967.3875-0.20220.1107-0.09810.05850.10140.02420.0098-0.7110.1008-0.39020.0587-0.0463-0.2826-0.0544-0.3534Chain A14.2202-1.5973-24.9434
22.3033-0.7249-0.97811.8665-0.00636.9659-0.1476-0.41460.05970.25630.2551-0.4413-0.50920.7804-0.1074-0.39440.0612-0.1044-0.3104-0.1166-0.3706Chain B24.6672.8693-17.0848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|38 - 408}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|42 - 750} Includes NAG glycosylation on B95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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