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- PDB-4tw0: Crystal Structure of SCARB2 in Acidic Condition (pH4.8) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tw0
タイトルCrystal Structure of SCARB2 in Acidic Condition (pH4.8)
要素Scavenger receptor class B member 2
キーワードPROTEIN BINDING / lipid binding tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of lysosome organization / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / scavenger receptor activity ...regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of lysosome organization / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / scavenger receptor activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / receptor-mediated endocytosis / lysosomal lumen / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of neuron projection development / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / virus receptor activity / endosome membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysosome membrane protein II / CD36 family / CD36 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosome membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.648 Å
Model detailsThe protein was expressed in 293T cell
データ登録者Dang, M.H. / Wang, X.X. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Institute of Biophysics, Chinese Academy of Science2014CB542800 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism of SCARB2-mediated attachment and uncoating of EV71
著者: Dang, M. / Wang, X. / Wang, Q. / Wang, Y. / Lin, J. / Sun, Y. / Li, X. / Zhang, L. / Lou, Z. / Wang, J. / Rao, Z.
履歴
登録2014年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Derived calculations
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scavenger receptor class B member 2
B: Scavenger receptor class B member 2
C: Scavenger receptor class B member 2
D: Scavenger receptor class B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,73332
ポリマ－180,4204
非ポリマー14,31328
水00
1
A: Scavenger receptor class B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6838
ポリマ－45,1051
非ポリマー3,5787
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Scavenger receptor class B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6838
ポリマ－45,1051
非ポリマー3,5787
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Scavenger receptor class B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6838
ポリマ－45,1051
非ポリマー3,5787
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Scavenger receptor class B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6838
ポリマ－45,1051
非ポリマー3,5787
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.990, 99.636, 125.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999986, 0.003649, -0.003718), (-0.003662, 0.999987, -0.0035), (0.003705, 0.003514, 0.999987)-51.8657, 0.302533, 33.444801
2given(-0.999999, -0.001043, -0.00026), (0.001043, -0.999999, -0.001358), (-0.000259, -0.001359, 0.999999)51.916901, -43.257099, -0.025408
3given(-0.999994, -0.002309, -0.002406), (0.00232, -0.999986, -0.004777), (-0.002395, -0.004783, 0.999986)103.971001, -43.417999, 33.718102

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Scavenger receptor class B member 2 / Lysosome membrane protein 2 / 85 kDa lysosomal membrane sialoglycoprotein / LGP85 / CD36 antigen- ...Lysosome membrane protein 2 / 85 kDa lysosomal membrane sialoglycoprotein / LGP85 / CD36 antigen-like 2 / Lysosome membrane protein II / LIMP II


分子量: 45104.969 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain, UNP residues 37-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCARB2, CD36L2, LIMP2, LIMPII / プラスミド: pFastBac_Bee
詳細 (発現宿主): modified from pFastBac-one and can express recombinant protein with a melittin tag at the N-terminus and a 6x his-tag at the C-terminus
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14108

-
糖 , 5種, 28分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 mol/L ammonium sulfate, 0.1 mol/L sodium acetate trihydrate(pH 4.8), 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.91998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.648→50 Å / Num. obs: 28909 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 62.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.65-3.712.90.70714081.40498.1
3.71-3.7830.76314331.27999.1
3.78-3.852.90.65114481.25498.1
3.85-3.932.90.51814481.40397.9
3.93-4.022.90.54414101.21598
4.02-4.112.90.41614291.16998.8
4.11-4.2130.35214581.17798.3
4.21-4.332.90.28814361.11898.8
4.33-4.4530.21314521.16699
4.45-4.630.22514331.13498.5
4.6-4.762.90.1714341.08898.6
4.76-4.9530.13914411.05598.5
4.95-5.1830.12514721.03798.9
5.18-5.4530.15314381.03198.8
5.45-5.792.90.14814521.08698.7
5.79-6.242.90.11514601.11298.8
6.24-6.8630.09114471.11897.9
6.86-7.852.90.07214651.08598.7
7.85-9.882.90.04914651.03397.9
9.88-502.80.0414800.98996.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
SCALEPACKデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7B

4f7b


解像度: 3.648→48.06 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3035 1166 5.06 %Random selection
Rwork0.2492 21869 --
obs0.2519 23035 79.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.69 Å2 / Biso mean: 60.2779 Å2 / Biso min: 15.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.648→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12187 0 948 0 13135
Biso mean--88.61 --
残基数----1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28118592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4744751
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6481-3.81410.4133500.345592097027
3.8141-4.01510.36780.32391783186152
4.0151-4.26650.32181310.27242523265474
4.2665-4.59570.31061580.25573211336994
4.5957-5.05770.2742090.22533328353799
5.0577-5.78850.27161650.24543416358199
5.7885-7.28890.31531850.24673362354798
7.2889-48.06450.29861900.21883326351695

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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