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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tvz | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of SCARB2 in Neural Condition (pH7.5) | ||||||||||||
要素 | Scavenger receptor class B member 2 | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / lipid binding tunnel | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of endosome organization / regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / aminophospholipid transport / regulation of lysosome organization / endosome to plasma membrane protein transport / scavenger receptor activity / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity ...regulation of endosome organization / regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / aminophospholipid transport / regulation of lysosome organization / endosome to plasma membrane protein transport / scavenger receptor activity / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / lysosomal lumen / receptor-mediated endocytosis / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of neuron projection development / endocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / virus receptor activity / endosome membrane / lysosomal membrane / Golgi membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.006 Å | ||||||||||||
Model details | The protein was expressed in 293T cell | ||||||||||||
データ登録者 | Dang, M.H. / Wang, X.X. / Rao, Z.H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014 タイトル: Molecular mechanism of SCARB2-mediated attachment and uncoating of EV71 著者: Dang, M. / Wang, X. / Wang, Q. / Wang, Y. / Lin, J. / Sun, Y. / Li, X. / Zhang, L. / Lou, Z. / Wang, J. / Rao, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tvz.cif.gz | 185 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tvz.ent.gz | 148.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4tvz_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4tvz_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4tvz_validation.xml.gz | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4tvz_validation.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999919, 0.003412, -0.012247), ベクター: 詳細 | biological unit is the same as asym. | |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45219.070 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain, UNP residue 37-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCARB2, CD36L2, LIMP2, LIMPII / プラスミド: PHL_Sec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14108 |
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-糖 , 7種, 16分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 mol/L HEPES, 25%(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 24297 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4F7B 解像度: 3.006→34.883 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.56 Å2 / Biso mean: 39.8847 Å2 / Biso min: 6.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.006→34.883 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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