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- PDB-6dre: ADP-ribosyltransferase toxin/immunity pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dre
タイトルADP-ribosyltransferase toxin/immunity pair
要素
  • ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
  • PAAR repeat-containing protein
キーワードTOXIN / Immunity / Type VI secretion / ADP ribosyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein ADP-ribosylarginine] hydrolase / ADP-ribosylarginine hydrolase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / host cell cytoplasm / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / : / ADP-ribosylglycohydrolase fold / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / PAAR motif / PAAR motif / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase ...: / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / : / ADP-ribosylglycohydrolase fold / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / PAAR motif / PAAR motif / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(+)--protein-arginine ADP-ribosyltransferase Tre1 / ADP-ribosylarginine hydrolase Tri1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Ting, S. / Allaire, M. / Mougous, J.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Bifunctional Immunity Proteins Protect Bacteria against FtsZ-Targeting ADP-Ribosylating Toxins.
著者: Ting, S.Y. / Bosch, D.E. / Mangiameli, S.M. / Radey, M.C. / Huang, S. / Park, Y.J. / Kelly, K.A. / Filip, S.K. / Goo, Y.A. / Eng, J.K. / Allaire, M. / Veesler, D. / Wiggins, P.A. / Peterson, S.B. / Mougous, J.D.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
B: PAAR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2823
ポリマ－60,2582
非ポリマー241
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.355, 51.036, 94.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase


分子量: 41399.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_3018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8GG79, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase
#2: タンパク質 PAAR repeat-containing protein


分子量: 18858.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_3017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GG78
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Na2HPO4, 1.6 M citric acid pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67 Å / Num. obs: 95211 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/av σ(I): 33.2 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1081 / % possible all: 93

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→66.899 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 3866 4.06 %
Rwork0.1509 --
obs0.1527 95211 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.52 Å2 / Biso mean: 24.8286 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→66.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4185 0 1 599 4785
Biso mean--22.73 34.21 -
残基数----535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0815822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8753265
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8220.28281330.22313165329893
1.822-1.8450.23651340.2063094322894
1.845-1.86930.19431350.19433260339595
1.8693-1.89490.28171380.20673192333095
1.8949-1.9220.24361360.19283235337195
1.922-1.95070.23131360.18413202333895
1.9507-1.98120.22671380.17223249338796
1.9812-2.01370.20581380.17663258339696
2.0137-2.04840.20151380.16173233337196
2.0484-2.08560.21781360.15543209334596
2.0856-2.12580.19391380.15153288342696
2.1258-2.16920.22291360.14423213334996
2.1692-2.21630.21941400.14723332347296
2.2163-2.26790.18561370.15433183332096
2.2679-2.32460.23471370.16313278341596
2.3246-2.38750.20661340.15253235336997
2.3875-2.45770.2371370.15863272340997
2.4577-2.5370.22261380.15423302344097
2.537-2.62770.2121400.15013284342497
2.6277-2.73290.19011370.15623267340497
2.7329-2.85730.18351400.15833281342197
2.8573-3.0080.22971440.16513368351298
3.008-3.19640.211380.16143271340998
3.1964-3.44320.17051400.1433299343998
3.4432-3.78970.18691400.12993320346099
3.7897-4.3380.15511430.11833348349199
4.338-5.4650.13781400.12133346348699
5.465-66.94480.16591450.1483361350699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62871.159-1.62433.35331.77587.38090.19020.03530.1896-0.0933-0.10360.2146-0.6733-0.8956-0.07470.21080.06390.00890.2920.00150.193830.160250.380827.264
23.58521.8256-4.73183.9558-2.04446.27440.08240.12470.1947-0.0048-0.02220.3128-0.1742-0.3599-0.02230.1983-0.0198-0.01940.3383-0.0460.219713.014436.398118.9549
30.9054-0.0394-0.40410.1643-0.02691.4772-0.05890.37650.0303-0.04680.0039-0.0081-0.0265-0.10820.04630.1792-0.0153-00.060.02770.15939.092338.13698.7787
42.5223-0.8999-1.13113.4092.24532.9387-0.1254-0.1956-0.01380.05890.1712-0.0908-0.00560.337-0.05770.1049-0.023-0.02060.19930.04340.153163.908341.334226.2242
51.79540.1030.27011.8055-0.07933.8930.0988-0.0932-0.45830.0583-0.0314-0.20970.39930.069-0.03550.1792-0.00510.010.08730.04160.219650.156122.112418.5943
66.16272.9623-4.01013.2965-1.193.77770.0614-0.8976-0.52040.2555-0.1705-0.09560.12320.45610.10620.20270.0069-0.03570.25880.11570.218652.899822.967328.4014
70.98390.10590.03720.34670.04971.1891-0.0180.03330.052-0.0389-0.0278-0.0083-0.0392-0.00980.0490.133-0.02-0.0030.0940.02060.138945.958939.31216.1057
87.76815.02180.77277.9584-0.21453.1151-0.08860.3208-0.4153-0.16140.086-0.05630.3087-0.2920.00290.2045-0.05730.01160.1886-0.0590.123122.849917.953312.6505
92.390.0761-1.36232.3064-0.04891.2343-0.0362-0.0553-0.40510.0398-0.0930.02710.2395-0.15740.14030.1903-0.0678-0.00040.2003-0.02660.149124.672818.528320.125
109.45762.5454-7.69453.7064-3.47138.4707-0.00290.21530.1606-0.02470.11430.13270.1052-0.2911-0.11010.1365-0.0701-0.02940.2106-0.01110.16927.076324.834924.4955
112.02750.1559-0.20722.829-0.5371.035-0.0437-0.1459-0.19670.10640.0053-0.04160.1026-0.06280.06040.1554-0.04460.02660.2507-0.01070.120.047724.887127.8103
127.85040.89356.25830.45420.81835.0295-0.152-0.59590.1098-0.0175-0.14870.5612-0.1677-1.13250.24030.16730.02120.00240.3756-0.05830.3188.762943.767436.1437
130.2157-0.1356-0.76220.07390.44512.62170.2706-0.39060.22040.2626-0.35670.1587-0.3365-0.03450.02260.2723-0.10880.01330.3312-0.08470.203515.688232.393731.4663
141.1975-0.8144-1.28532.1872.25093.4833-0.0714-0.00550.0683-0.08760.01470.0576-0.0792-0.07460.04760.0918-0.0379-0.0190.1711-0.02060.13521.749335.43626.858
157.0137-1.471.79263.7854-4.92686.4902-0.20440.20630.45960.10160.08650.0191-0.37780.11950.11970.2467-0.0124-0.05180.2408-0.06350.15219.260744.441433.8723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )A2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 39 )A22 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 89 )A40 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 116 )A90 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 150 )A117 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 176 )A151 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 177 through 366 )A177 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 19 )B4 - 19
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 20 through 39 )B20 - 39
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 40 through 58 )B40 - 58
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 59 through 86 )B59 - 86
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 87 through 100 )B87 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 101 through 111 )B101 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 112 through 158 )B112 - 158
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 159 through 172 )B159 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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