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- PDB-4tvs: LAP1(aa356-583), H.sapiens, bound to VHH-BS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvs
タイトルLAP1(aa356-583), H.sapiens, bound to VHH-BS1
要素
  • Torsin-1A-interacting protein 1
  • VHH Domain BS-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / nuclear envelope protein / AAA+-associated / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear membrane organization / protein localization to nuclear envelope / lamin binding / positive regulation of ATP-dependent activity / nuclear inner membrane / ATPase activator activity / protein localization to nucleus / cytoskeletal protein binding / ATPase binding / nuclear membrane ...nuclear membrane organization / protein localization to nuclear envelope / lamin binding / positive regulation of ATP-dependent activity / nuclear inner membrane / ATPase activator activity / protein localization to nucleus / cytoskeletal protein binding / ATPase binding / nuclear membrane / membrane => GO:0016020 / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12190 / Torsin-1A-interacting protein 1/2 / Lamina-associated polypeptide 1, AAA+ activator domain / LAP1C-like, C-terminal domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Torsin-1A-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sosa, B.A. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Dystonia Medical Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Elife / : 2014
タイトル: How lamina-associated polypeptide 1 (LAP1) activates Torsin.
著者: Sosa, B.A. / Demircioglu, F.E. / Chen, J.Z. / Ingram, J. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32014年10月29日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Torsin-1A-interacting protein 1
B: Torsin-1A-interacting protein 1
a: VHH Domain BS-1
b: VHH Domain BS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8479
ポリマ-81,3834
非ポリマー4645
11,043613
1
A: Torsin-1A-interacting protein 1
a: VHH Domain BS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8754
ポリマ-40,6912
非ポリマー1842
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Torsin-1A-interacting protein 1
b: VHH Domain BS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9725
ポリマ-40,6912
非ポリマー2803
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.786, 74.021, 85.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Torsin-1A-interacting protein 1 / Lamin-associated protein 1B / LAP1B


分子量: 26001.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 356-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOR1AIP1, LAP1 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5JTV8
#2: 抗体 VHH Domain BS-1


分子量: 14690.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3)RIL
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, 20% 0.1M BIS-TRIS 0.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2548 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→66.1 Å / Num. all: 105976 / Num. obs: 105565 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BZQ
解像度: 1.6→66.068 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 2810 2.66 %Random selection
Rwork0.1811 ---
obs0.1824 105565 97.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→66.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5504 0 29 613 6146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0195655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6567646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.372069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62730.41621340.3944791X-RAY DIFFRACTION91
1.6273-1.65690.38491360.37554990X-RAY DIFFRACTION95
1.6569-1.68880.3781390.36745082X-RAY DIFFRACTION96
1.6888-1.72330.42661400.37285073X-RAY DIFFRACTION96
1.7233-1.76070.37411350.32945039X-RAY DIFFRACTION96
1.7607-1.80170.28731390.28015111X-RAY DIFFRACTION97
1.8017-1.84680.28841410.24155141X-RAY DIFFRACTION98
1.8468-1.89670.23221420.22375162X-RAY DIFFRACTION98
1.8967-1.95250.25261400.20275130X-RAY DIFFRACTION98
1.9525-2.01550.26141390.19095107X-RAY DIFFRACTION97
2.0155-2.08760.21881410.18255142X-RAY DIFFRACTION98
2.0876-2.17120.25561430.16865191X-RAY DIFFRACTION98
2.1712-2.270.22811400.15845182X-RAY DIFFRACTION98
2.27-2.38970.22981420.16345185X-RAY DIFFRACTION98
2.3897-2.53940.21421410.16595137X-RAY DIFFRACTION97
2.5394-2.73550.21981430.17135254X-RAY DIFFRACTION99
2.7355-3.01080.23771440.17565242X-RAY DIFFRACTION99
3.0108-3.44640.23231430.16975251X-RAY DIFFRACTION99
3.4464-4.3420.18481420.14995234X-RAY DIFFRACTION98
4.342-66.12470.2011460.15815311X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.00030.91290.9191.32790.36353.00120.1213-0.5606-0.49160.2432-0.0664-0.00310.3808-0.1242-0.00650.327-0.0358-0.00490.23030.02140.302181.2525.645215.3086
23.44970.83280.84894.9934-0.14783.5161-0.08560.2467-0.1238-0.26470.007-0.14820.30410.30390.04830.2710.0174-0.00650.2583-0.04160.304887.116928.74366.7642
32.1061-0.59951.80342.9683-0.96834.0783-0.00490.4887-0.0834-0.1593-0.0381-0.33490.08120.41180.02910.2293-0.00990.03370.3145-0.0520.256979.216528.9685-7.4589
40.66060.04240.87570.3190.1272.3712-0.04690.1568-0.05240.07320.0074-0.0594-0.0377-0.12890.03240.2224-0.00250.02230.1494-0.0330.280874.377131.52850.2589
55.8003-0.1851-0.96161.2982-0.0882.9445-0.3985-0.89530.58660.4642-0.0762-0.6949-1.15660.73090.25580.6354-0.0234-0.16940.2901-0.00570.580386.930547.837611.9371
63.1781-0.27752.34071.8827-0.90318.3047-0.5184-0.29240.63570.2506-0.00590.1644-1.2792-0.66210.49530.50220.0599-0.06630.2191-0.06190.401576.139847.12856.3626
70.8628-0.24621.421.3872-0.36073.34710.02120.2020.089-0.1433-0.0757-0.0955-0.12630.12540.03760.26270.0052-0.00270.208-0.03210.249978.177839.40132.1957
86.59154.22560.75536.2214-0.22123.35140.52060.0012-1.18950.7785-0.053-0.57110.56030.5751-0.43430.39740.007-0.08330.64970.15470.6112110.8327-17.764136.9181
96.56280.52460.64861.4192-0.92362.85740.1336-1.2491-0.06530.45240.07370.3006-0.3137-0.3761-0.16430.447-0.0144-0.00280.65480.09340.3556105.3584-9.217338.9414
106.14790.01430.28573.63840.33354.6680.3941-0.5874-1.01911.0673-0.34620.24710.5389-0.3701-0.14430.3376-0.0209-0.00140.38940.02180.401496.3325-10.360230.7376
113.3842-0.28411.0694.04860.29173.1726-0.0514-0.0574-0.0032-0.06710.1231-0.24550.00830.5601-0.08420.27480.0216-0.01980.5142-0.03330.327110.6514-7.983927.9344
122.35510.551.49980.6992-0.32352.76620.03960.6673-0.00950.0996-0.4785-0.3043-0.2191.22510.37540.322-0.00880.02260.5461-0.05110.4324106.9405-5.754415.7431
131.4226-0.65010.79726.0946-3.34973.49460.03980.4102-0.2936-0.4491-0.1438-0.13670.48440.21920.09230.34260.01930.02070.3547-0.05430.320698.6103-9.563112.0609
141.5672-0.28460.75360.53850.1492.0306-0.00780.1042-0.10580.10240.0093-0.006-0.07240.07870.01620.2576-0.00470.0160.2582-0.02650.279297.451-5.89921.6891
156.8880.50312.1432.5629-0.17344.4843-0.3325-1.00771.07040.3350.02510.1818-1.0343-0.13880.3410.7160.0129-0.08280.4455-0.15160.5152102.83749.379632.4812
161.4331-0.8116-0.16491.8284-0.85532.4109-0.4522-0.00521.21260.5852-0.11640.0186-1.6253-0.10920.4650.80630.022-0.12180.5819-0.07690.568291.52478.67212.1311
174.7325-1.34053.24281.2084-1.11784.1615-0.2199-0.89520.04080.11880.34970.0323-0.7632-0.5474-0.0970.4020.0582-0.00330.3785-0.05220.300393.06251.695728.0227
186.2705-0.8053-0.02086.61181.9443.03620.26370.6384-0.0333-0.8113-0.7998-0.1557-0.71070.17890.35480.45990.0241-0.08960.69220.05260.3787120.0048-2.246629.9628
195.89550.9076-2.17691.892-1.55325.7952-0.1346-0.04281.1790.266-0.0628-0.2285-1.25460.7170.03640.4828-0.0605-0.11910.2146-0.0590.551550.454447.005710.5222
202.61030.0458-0.24992.4372-1.61533.1579-0.2598-0.01950.31010.05220.1798-0.1128-0.2121-0.42290.03470.28230.0337-0.01960.2369-0.05240.263539.508338.181212.7095
212.1747-0.0462-0.060.5285-1.07944.40970.0119-0.01920.26630.2231-0.1524-0.0279-0.40490.632-0.02280.2785-0.02340.01660.18670.00990.291250.501636.35429.4322
220.9917-0.1947-0.49780.82011.24732.5022-0.4332-0.5193-0.06620.3156-0.0995-0.12380.00521.11720.43650.27790.03360.00710.37720.01530.245851.003129.597317.7452
234.00750.6785-0.32133.1097-1.17193.5324-0.11310.49-0.1837-0.0783-0.0598-0.16930.19490.58160.11440.22490.02180.01750.31980.00790.221949.294429.88291.2721
242.37251.7182-0.7732.6515-1.2844.1956-0.03730.1454-0.0451-0.1250.10190.18720.4004-0.2409-0.0230.2461-0.02060.03450.1757-0.00220.269342.832530.48876.8424
253.05842.8324-1.19995.7939-2.61762.61360.0622-0.1350.28510.0794-0.2989-0.1632-0.1788-0.05010.18370.26030.00860.00140.20510.02090.302841.011736.88917.6851
265.13720.7233.06562.3950.41877.72510.2708-0.299-0.92130.27030.2490.01810.9514-0.1251-0.44230.3249-0.0242-0.01580.35620.03260.317338.166125.913619.59
272.38870.1324-1.09630.5751-0.23753.1072-0.04070.26510.1184-0.098-0.0346-0.1939-0.02230.18340.09930.19790.00110.01480.2730.02590.229154.442933.71037.127
283.1649-0.37520.62495.351-0.53284.5982-0.16170.16190.83450.2836-0.107-0.4273-0.66170.64880.19740.3163-0.0509-0.04280.3126-0.00640.326155.504939.056112.9131
297.21840.01860.81734.53691.78335.05320.4968-0.75430.13750.62740.01410.0124-0.1107-0.6516-0.4280.28690.02490.00720.46320.01250.218338.022332.93823.8105
308.0822.8496-2.92665.4225-1.40495.2656-0.21190.04131.0918-0.14950.05810.0662-0.57350.34140.29740.51990.0222-0.05230.29130.01750.376974.01079.307831.8621
312.54141.1070.48942.4578-0.99943.4837-0.1415-0.24290.252-0.07560.10090.1483-0.1324-0.40180.03970.26750.04680.0060.3594-0.00910.250663.11910.833934.6772
321.05150.198-0.55550.9551-1.66413.363-0.0302-0.02190.04070.105-0.2523-0.1425-0.28950.35820.17710.2774-0.02990.01190.33540.04230.243873.8386-1.436231.0279
330.63060.34170.24990.29661.12548.5443-0.0347-0.2586-0.1350.1631-0.0487-0.07790.13891.03650.08420.27190.0204-0.00910.43550.03060.24374.1366-8.064739.3956
342.36510.3359-0.90352.283-1.66014.33370.08910.36510.075-0.4327-0.07590.06640.40770.4445-0.03290.28470.0131-0.00590.37270.00850.224572.2882-7.881222.8197
352.29751.5393-0.69832.8257-0.12994.1671-0.0338-0.1772-0.0814-0.1699-0.01090.02530.3678-0.2147-0.01540.2702-0.0302-0.01450.27460.04310.274866.0404-6.988628.4293
362.48981.2519-0.57614.0016-1.95143.7934-0.1408-0.18370.0781-0.09890.1139-0.0318-0.0675-0.51690.04580.24090.0311-0.03990.34340.04460.272664.339-0.54829.3353
371.796-0.59810.8540.29630.00412.22480.0026-0.1538-0.1321-0.07710.09530.07320.2051-0.3501-0.0860.276-0.04490.00970.42440.03540.243468.0025-5.806837.7226
382.18191.6344-2.00522.8922-0.09425.70440.0013-0.0145-0.0097-0.1853-0.2772-0.40740.20960.55630.22930.29850.06350.04840.42940.04090.28980.4828-7.108823.6811
393.3284-0.0676-1.12662.3602-0.1384.3918-0.0040.39270.36360.1467-0.1466-0.3957-0.40230.22770.20220.2757-0.026-0.02020.42070.03590.272779.06350.911134.3405
406.42220.35530.27753.67251.59634.05480.4116-0.7863-0.23880.488-0.24520.33350.4402-0.7479-0.07910.3343-0.0297-0.01370.60310.0710.263561.0929-4.459645.239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 360 through 415 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 416 through 437 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 438 through 471 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 472 through 513 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 514 through 524 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 525 through 542 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 543 through 583 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 362 through 378 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 379 through 399 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 400 through 415 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 416 through 437 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 438 through 453 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 454 through 471 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 472 through 513 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 514 through 539 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 540 through 553 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 554 through 570 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 571 through 583 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'a' and (resid 1 through 8 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'a' and (resid 9 through 29 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'a' and (resid 30 through 40 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'a' and (resid 41 through 52 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'a' and (resid 53 through 61 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'a' and (resid 62 through 77 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'a' and (resid 78 through 84 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'a' and (resid 85 through 92 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'a' and (resid 93 through 111 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'a' and (resid 112 through 121 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'a' and (resid 122 through 128 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'b' and (resid 1 through 8 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'b' and (resid 9 through 29 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'b' and (resid 30 through 40 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'b' and (resid 41 through 52 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'b' and (resid 53 through 61 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'b' and (resid 62 through 77 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'b' and (resid 78 through 84 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'b' and (resid 85 through 101 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'b' and (resid 102 through 111 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'b' and (resid 112 through 121 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'b' and (resid 122 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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