[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4tvb: Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blast... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tvb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blastochloris viridis in Complex with NAD, Putrescine and sym-Homospermidine | ||||||
![]() | Homospermidine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / homospermidine synthase / oxidoreductase / rossman fold | ||||||
Function / homology | ![]() homospermidine synthase (spermidine-specific) activity / homospermidine synthase / homospermidine synthase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krossa, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Comprehensive Structural Characterization of the Bacterial Homospermidine Synthase-an Essential Enzyme of the Polyamine Metabolism. Authors: Krossa, S. / Faust, A. / Ober, D. / Scheidig, A.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 386.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 313.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 74.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4plpSC ![]() 4xq9C ![]() 4xqcC ![]() 4xqeC ![]() 4xqgC ![]() 4xr4C ![]() 4xrgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52980.441 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 1303 molecules ![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/37Z.gif)
![](data/chem/img/1PS.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/37Z.gif)
![](data/chem/img/1PS.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NAI / |
---|---|
#3: Chemical | ChemComp-37Z / |
#4: Chemical | ChemComp-1PS / |
#5: Chemical | ChemComp-NAD / |
#6: Chemical | ChemComp-PUT / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Nonpolymer details | According to the author the molecule 37Z present in the entry depicts the transition state between ...According to the author the molecule 37Z present in the entry depicts the transition state between the oxidised sym-homospermidine and its regular form. The author also suggest that ligand PUT is representing a transition state between 1,4-diaminobutane and non-hydrolysed 4-aminobutanal. |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: Na-acetate, ammoniumacetate, PEG 10000, NDSB-201, 1,3-diaminopropane PH range: 4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23953 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.689→89.717 Å / Num. all: 113442 / Num. obs: 113442 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 12.8 % / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.252 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 1454896 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4PLP Resolution: 1.689→9.988 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.12 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.83 Å2 / Biso mean: 23.1095 Å2 / Biso min: 7.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.689→9.988 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|