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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tvb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blastochloris viridis in Complex with NAD, Putrescine and sym-Homospermidine | ||||||
要素 | Homospermidine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / homospermidine synthase / oxidoreductase (酸化還元酵素) / rossman fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homospermidine synthase (spermidine-specific) activity / homospermidine synthase / homospermidine synthase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Blastochloris viridis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.689 Å | ||||||
データ登録者 | Krossa, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Comprehensive Structural Characterization of the Bacterial Homospermidine Synthase-an Essential Enzyme of the Polyamine Metabolism. 著者: Krossa, S. / Faust, A. / Ober, D. / Scheidig, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tvb.cif.gz | 386.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tvb.ent.gz | 313.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52980.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア) 遺伝子: hss / プラスミド: pETM14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32323, homospermidine synthase |
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-非ポリマー , 6種, 1303分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAI / |
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#3: 化合物 | ChemComp-37Z / |
#4: 化合物 | ChemComp-1PS / |
#5: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#6: 化合物 | ChemComp-PUT / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | According to the author the molecule 37Z present in the entry depicts the transition state between ...According to the author the molecule 37Z present in the entry depicts the transition state between the oxidised sym-homospermidine and its regular form. The author also suggest that ligand PUT is representing a transition state between 1,4-diaminobutane and non-hydrolysed 4-aminobutanal. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: Na-acetate, ammoniumacetate, PEG 10000, NDSB-201, 1,3-diaminopropane PH範囲: 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.23953 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.689→89.717 Å / Num. all: 113442 / Num. obs: 113442 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.8 % / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.252 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 1454896 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PLP 解像度: 1.689→9.988 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.83 Å2 / Biso mean: 23.1095 Å2 / Biso min: 7.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.689→9.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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