PDB-4tv5: Crystal Structure of Citrate Synthase SbnG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tv5

タイトル

Crystal Structure of Citrate Synthase SbnG

要素

2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase

キーワード

LYASE / siderophore biosynthesis / iron / citrate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

aldehyde-lyase activity / catalytic activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: SbnG, a Citrate Synthase in Staphylococcus aureus: A NEW FOLD ON AN OLD ENZYME.
著者: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Sheldon, J.R. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2014年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tv5.cif.gz	117.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tv5.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tv5_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tv5_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	4tv5_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	4tv5_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tv6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p50-d 6jow-1 5gsm-d 6jow-2 6int-1 5ddi-1 6xok-2 5gsl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_665	-y+1,-x+1,-z	1
crystal symmetry operation	5_655	-x+y+1,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,x-y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.290, 74.290, 76.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	149
Space group name H-M	P312

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH

詳細

The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: x,x-y,-z, -x+y+1,-x+1,z, -y+1,-x+1,-z, -y+1,x-y,z and -x+y+1,y,-z

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase 分子量: 28754.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Newman / 遺伝子: sbnG, NWMN_0066 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QDA6, UniProt: A0A0H3K9Z0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Imidazole, 4% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→76.72 Å / Num. all: 20780 / Num. obs: 20780 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.095 / R_sym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 4.957 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 178057

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.85-1.95	8.7	0.314	2.4	26530	3037	0.112	0.314	5.6	100
1.95-2.07	8.8	0.227	3.3	24954	2851	0.081	0.227	7.3	100
2.07-2.21	8.7	0.163	4.5	23493	2691	0.058	0.163	9.9	100
2.21-2.39	8.6	0.128	5.5	21644	2511	0.046	0.128	13.2	100
2.39-2.62	8.6	0.103	6.6	19827	2307	0.037	0.103	15.2	100
2.62-2.93	8.6	0.092	7.1	18038	2104	0.033	0.092	18.1	100
2.93-3.38	8.1	0.09	6.8	15128	1857	0.033	0.09	21.2	99.9
3.38-4.14	7.6	0.083	7.3	11744	1538	0.031	0.083	23.8	96.9
4.14-5.85	9.2	0.064	9.6	11332	1231	0.022	0.064	27.4	100
5.85-33.433	8.2	0.062	9.8	5367	653	0.024	0.062	25.1	92.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.95 Å	33.43 Å
Translation	1.95 Å	33.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP	10.2.23	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→76.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.2189 / WR_factor R_work: 0.1936 / FOM work R set: 0.8519 / SU B: 6.916 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1534 / SU R_free: 0.1296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2113	1062	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1967	19684	-	-
obs	0.1975	20746	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.98 Å² / B_iso mean: 14.73 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0.08 Å²	0 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→76.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1909	0	2	135	2046
B_iso mean	-	-	37.1	20.28	-
残基数	-	-	-	-	245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.084	1.946	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.465	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.33	25	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.215	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.948	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.42	1.5	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.762	2	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.418	3	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.365	4.5	702

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	73	-
R_work	0.313	1463	-
all	-	1536	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.6741	0.0417	-0.5001	4.6835	6.1832	8.2419	0.1167	0.7451	1.3979	-0.5408	-0.2921	0.2968	-0.8668	-0.4409	0.1753	0.6083	0.1696	0.2332	0.2133	0.1971	0.5567	6.8058	30.1616	14.1938
2	0.8556	0.2256	-0.2256	0.9142	-0.1044	1.3127	0.0122	-0.0096	0.0614	-0.0056	0.0334	-0.0557	-0.0177	-0.149	-0.0456	0.0533	0.0008	-0.0024	0.0779	0.0089	0.1097	22.2902	22.4933	9.3388
3	2.3209	0.7218	-0.5298	4.1398	-1.1665	2.1854	0.149	-0.2186	0.0582	0.3704	-0.1068	-0.1041	-0.0432	-0.034	-0.0422	0.1002	-0.0215	-0.0094	0.0815	-0.0112	0.0867	22.6683	23.762	27.2392
4	6.9635	-0.4316	-1.0762	10.8007	0.7828	4.4069	0.0292	-0.043	0.1103	0.0196	-0.0854	0.0593	-0.0438	-0.0074	0.0562	0.0615	0.004	-0.0023	0.0712	-0.028	0.0816	25.1217	37.5283	24.1573
5	1.7826	0.6291	0.1229	3.8144	-1.5755	0.9345	0.0113	-0.0244	0.0689	0.3196	-0.0736	0.1176	-0.107	-0.0879	0.0624	0.156	-0.0122	0.0015	0.118	-0.029	0.0854	17.1446	20.3793	25.6245
6	3.6379	-1.3997	-0.9631	6.4002	0.2007	4.0716	-0.0052	-0.2754	-0.147	0.3451	0.1785	0.3238	-0.1674	-0.0907	-0.1734	0.0465	-0.0315	0.0248	0.1244	0.0126	0.0746	8.0871	14.9598	29.5923
7	5.3961	-0.7144	-1.7883	3.2641	-0.6823	6.4929	0.0496	0.1081	-0.2132	0.0456	0.0961	0.399	0.4045	-0.304	-0.1457	0.0595	-0.0583	-0.0008	0.123	0.0103	0.1168	4.8137	13.1683	17.397
8	1.2247	1.2305	1.1792	9.7498	6.5665	8.5526	0.0265	-0.1789	-0.2234	0.3267	-0.1756	0.3139	0.6319	-0.6273	0.1491	0.1468	-0.1244	0.0352	0.1507	0.0459	0.1663	14.0579	-0.7068	-2.0378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	132 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	190 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	213 - 236
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	237 - 258

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