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Yorodumi- PDB-4ttb: Crystal structure of homo sapiens IODOTYROSINE DEIODINASE (IYD) b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ttb | ||||||
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Title | Crystal structure of homo sapiens IODOTYROSINE DEIODINASE (IYD) bound to FMN | ||||||
Components | Iodotyrosine dehalogenase 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / DEHALOGENASE / IODIDE SALVAGE / FMN / MONO-IODOTYROSINE / NADP | ||||||
Function / homology | Function and homology information iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / Thyroxine biosynthesis / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / FMN binding / oxidoreductase activity / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.447 Å | ||||||
Authors | Chuenchor, W. / Hu, J. / Rokita, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: A Switch between One- and Two-electron Chemistry of the Human Flavoprotein Iodotyrosine Deiodinase Is Controlled by Substrate. Authors: Hu, J. / Chuenchor, W. / Rokita, S.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ttb.cif.gz | 175.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ttb.ent.gz | 138.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ttb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ttb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ttb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4ttb_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4ttb_validation.cif.gz | 20.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4ttb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4ttb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ttcC 3to0S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30655.057 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 32-289 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IYD, C6orf71, DEHAL1 / Plasmid: pET28-SUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2DE3 / References: UniProt: Q6PHW0, EC: 1.22.1.1 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.2 % / Description: Cubic crystal |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.05 M ammonium sulfate, 25% Pentaerythritol ethoxylate, 50 mM BISTRIS PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Single wavelength |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.447→50 Å / Num. all: 20957 / Num. obs: 20957 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.2 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 33.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.447→2.54 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TO0 Resolution: 2.447→38.086 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.447→38.086 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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