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Yorodumi- PDB-4tt9: Structure of the C-terminal SpoA domain of Shigella flexneri Spa33 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tt9 | ||||||
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Title | Structure of the C-terminal SpoA domain of Shigella flexneri Spa33 | ||||||
Components | Surface presentation of antigens protein SpaO | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / T3SS / C-ring / SpoA / FliN / immune system | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | McDowell, M.A. / Johnson, S. / Lea, S.M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2016 Title: Characterisation of Shigella Spa33 and Thermotoga FliM/N reveals a new model for C-ring assembly in T3SS. Authors: McDowell, M.A. / Marcoux, J. / McVicker, G. / Johnson, S. / Fong, Y.H. / Stevens, R. / Bowman, L.A. / Degiacomi, M.T. / Yan, J. / Wise, A. / Friede, M.E. / Benesch, J.L. / Deane, J.E. / ...Authors: McDowell, M.A. / Marcoux, J. / McVicker, G. / Johnson, S. / Fong, Y.H. / Stevens, R. / Bowman, L.A. / Degiacomi, M.T. / Yan, J. / Wise, A. / Friede, M.E. / Benesch, J.L. / Deane, J.E. / Tang, C.M. / Robinson, C.V. / Lea, S.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tt9.cif.gz | 131.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tt9.ent.gz | 104.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tt9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4tt9_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4tt9_full_validation.pdf.gz | 475.9 KB | Display | |
Data in XML | 4tt9_validation.xml.gz | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4tt9_validation.cif.gz | 17.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tt9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9884.185 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-terminal SpoA domain / Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: spaO, spa33, CP0152 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / Strain (production host): B834(DE3) / Variant (production host): pLysS / References: UniProt: P0A1K9 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 35 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 10% (v/v) isopropanol, 0.1 M Na HEPES pH7.0, 10% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→51.3 Å / Num. obs: 13523 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YAB, 1O9Y Resolution: 2.3→51.3 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.52 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→51.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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