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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tqj | ||||||
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タイトル | Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal N-acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita lection | ||||||
要素 | Lectin 2 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / complex / lectin / GlcNAc | ||||||
機能・相同性 | FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Lectin 2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrocybe aegerita (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Y.L. / Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Sun, H. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: Structural Basis of Specific Recognition of Non-Reducing Terminal N-Acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita Lectin. 著者: Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Hu, Y. / Sun, H. / Wang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tqj.cif.gz | 178.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tqj.ent.gz | 138 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4tqj_validation.pdf.gz | 427.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4tqj_full_validation.pdf.gz | 433.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4tqj_validation.xml.gz | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4tqj_validation.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43082.289 Da / 分子数: 2 / 変異: I126T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: aal-2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6CS64 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 30% PEG 8000 (w/v), 0.2M sodium acetate and 0.1M sodium cacodylate pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54187 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→86.31 Å / Num. all: 52439 / Num. obs: 52439 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 8.386 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 262862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.057 Å / FOM work R set: 0.8475 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.208 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.48 Å2 / Biso mean: 21.95 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→49.057 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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