PDB-4tqj: Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tqj

タイトル

Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal N-acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita lection

要素

Lectin 2

レクチン

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

complex /

lectin (レクチン) /

GlcNAc (N-アセチルグルコサミン)

機能・相同性

FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal /

Lectin 2

機能・相同性情報

生物種

Agrocybe aegerita (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hu, Y.L. / Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Sun, H. / Wang, D.C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Specific Recognition of Non-Reducing Terminal N-Acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita Lectin.
著者: Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Hu, Y. / Sun, H. / Wang, D.C.

履歴

登録	2014年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tqj.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tqj.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tqkC 4tqmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tqk-d 1bye-4 3ed4-2 2brw-2 6f1w-d 1fch-5 1nsb-d 2c25-d 5l58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lectin 2

B: Lectin 2

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.600, 111.700, 135.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lectin 2 / レクチン分子量: 43082.289 Da / 分子数: 2 / 変異: I126T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: aal-2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6CS64
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 30% PEG 8000 (w/v), 0.2M sodium acetate and 0.1M sodium cacodylate pH 6.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54187 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54187 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→86.31 Å / Num. all: 52439 / Num. obs: 52439 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5 % / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.064 / R_sym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 8.386 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 262862

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	3	0.276	2.6	20303	6882	0.181	0.276	3.8	87.9
2.11-2.24	4.5	0.222	3.3	31487	6982	0.113	0.222	6.4	94.1
2.24-2.39	5.2	0.163	4.4	34429	6679	0.077	0.163	8.8	94.6
2.39-2.58	5.1	0.122	5.9	31636	6212	0.058	0.122	10.8	95.2
2.58-2.83	5	0.09	7.8	29785	5913	0.042	0.09	14.2	97.6
2.83-3.16	5.1	0.066	10.3	27862	5451	0.031	0.066	19.4	98.7
3.16-3.65	5.5	0.044	14.5	26838	4886	0.02	0.044	29.1	99.5
3.65-4.47	6.1	0.034	19.2	25767	4195	0.015	0.034	38.4	100
4.47-6.32	6.8	0.035	17.1	22442	3299	0.014	0.035	37.5	100
6.32-49.057	6.3	0.029	5.5	12313	1940	0.014	0.029	35.1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM	3.3.9	データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→49.057 Å / FOM work R set: 0.8475 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	2596	5.05 %
R_work	0.1871	48791	-
obs	0.1895	51387	93.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.208 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.48 Å² / B_iso mean: 21.95 Å² / B_iso min: 2.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6486 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.773 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.1243 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→49.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6034	0	0	808	6842
B_iso mean	-	-	-	27.3	-
残基数	-	-	-	-	806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	8360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.878	2122

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0364	0.2986	99	0.2386	2078	2177	77
2.0364-2.0755	0.2747	112	0.2091	2236	2348	83
2.0755-2.1179	0.2726	119	0.199	2374	2493	87
2.1179-2.164	0.2628	146	0.1916	2431	2577	90
2.164-2.2143	0.2273	120	0.1857	2462	2582	91
2.2143-2.2697	0.2374	146	0.1832	2466	2612	91
2.2697-2.331	0.2615	135	0.1865	2511	2646	92
2.331-2.3996	0.2484	152	0.1839	2478	2630	92
2.3996-2.4771	0.2343	133	0.1962	2518	2651	92
2.4771-2.5656	0.2711	133	0.1962	2568	2701	94
2.5656-2.6683	0.2545	139	0.1999	2601	2740	95
2.6683-2.7898	0.2913	137	0.1962	2638	2775	96
2.7898-2.9368	0.2504	139	0.1999	2689	2828	97
2.9368-3.1208	0.261	149	0.195	2671	2820	98
3.1208-3.3617	0.2074	139	0.1887	2722	2861	99
3.3617-3.6999	0.2106	146	0.1738	2756	2902	100
3.6999-4.235	0.193	140	0.157	2798	2938	100
4.235-5.3347	0.2022	148	0.153	2845	2993	100
5.3347-49.0719	0.2412	164	0.2313	2949	3113	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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