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万見
- PDB-4tqm: Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqm
タイトルStructural basis of specific recognition of non-reducing terminal N-acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita lection
要素Lectin 2レクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / lectin (レクチン) / GlcNAc (N-アセチルグルコサミン)
機能・相同性FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Lectin 2
機能・相同性情報
生物種Agrocybe aegerita (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hu, Y.L. / Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Sun, H. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Specific Recognition of Non-Reducing Terminal N-Acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita Lectin.
著者: Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Hu, Y. / Sun, H. / Wang, D.C.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3987
ポリマ－43,0821
非ポリマー3,3166
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area15940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.230, 77.540, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Lectin 2 / レクチン


分子量: 43082.289 Da / 分子数: 1 / 変異: I126T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: aal-2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6CS64
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2-1/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: 2.3M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.469 Å / Num. all: 25714 / Num. obs: 25714 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.138 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 4.167 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 158592
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.113.40.3831.91167433890.2370.3832.992.1
2.11-2.245.40.3022.41911235280.1390.3024.899.7
2.24-2.396.60.2542.82187833310.1060.2546.4100
2.39-2.586.70.213.42108031310.0870.217.5100
2.58-2.836.90.1674.11990928750.0670.1679.9100
2.83-3.1670.134.81834026320.0530.1313.1100
3.16-3.6570.16.11625323200.0410.117.3100
3.65-4.476.90.0956.11387520010.0390.09519.8100
4.47-6.326.80.09661073415730.0390.09619.6100
6.32-46.3136.10.0935.657379340.0410.09319.199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2→46.313 Å / FOM work R set: 0.8259 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1307 5.09 %
Rwork0.1902 24362 -
obs0.1928 25669 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.404 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.53 Å2 / Biso mean: 24.37 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3359 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.1632 Å20 Å2
3----8.1727 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 226 367 3603
Biso mean--29.71 28.62 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7584481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7221189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.08010.3171250.23712406253189
2.0801-2.17480.27631490.21552635278498
2.1748-2.28940.31551350.20127102845100
2.2894-2.43290.25731480.199527002848100
2.4329-2.62070.27151520.201227312883100
2.6207-2.88440.25971490.203927292878100
2.8844-3.30170.2311600.192327202880100
3.3017-4.15930.21391560.158327892945100
4.1593-46.32540.19891330.185729423075100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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