[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4tqj: Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tqj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal N-acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita lection | ||||||
Components | Lectin 2 | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / complex / lectin / GlcNAc | ||||||
Function / homology | FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Lectin 2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrocybe aegerita (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Hu, Y.L. / Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Sun, H. / Wang, D.C. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural Basis of Specific Recognition of Non-Reducing Terminal N-Acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita Lectin. Authors: Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Hu, Y. / Sun, H. / Wang, D.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tqj.cif.gz | 178.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4tqj.ent.gz | 138 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tqj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4tqj_validation.pdf.gz | 427.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4tqj_full_validation.pdf.gz | 433.4 KB | Display | |
Data in XML | 4tqj_validation.xml.gz | 36.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4tqj_validation.cif.gz | 56.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqj | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 43082.289 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: I126T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrocybe aegerita (fungus) / Gene: aal-2 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: H6CS64 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 30% PEG 8000 (w/v), 0.2M sodium acetate and 0.1M sodium cacodylate pH 6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E DW / Wavelength: 1.54187 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 1, 2012 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54187 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→86.31 Å / Num. all: 52439 / Num. obs: 52439 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 5 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 8.386 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 262862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→49.057 Å / FOM work R set: 0.8475 / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.24 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.208 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.48 Å2 / Biso mean: 21.95 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→49.057 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
|