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- PDB-4tq8: Dual binding mode for 3-(9H-fluoren-9-ylideneaminooxy)propanoic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tq8
タイトルDual binding mode for 3-(9H-fluoren-9-ylideneaminooxy)propanoic acid binding to Human transthyretin (TTR)
要素Transthyretin
キーワードHORMONE / TTR / inhibitor 15 / forward and reverse binding modes / amyloid inhibitor / Polyethylene glycol crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(9H-fluoren-9-ylideneamino)oxy]propanoic acid / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Ciccone, L. / Orlandini, E. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2015
タイトル: X-ray crystal structure and activity of fluorenyl-based compounds as transthyretin fibrillogenesis inhibitors.
著者: Ciccone, L. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Tepshi, L. / Stura, E.A. / Orlandini, E.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2136
ポリマ－27,5552
非ポリマー6594
水4,179232
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,42712
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,3178
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.140, 86.040, 63.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

7BD

21B-201-

7BD

31A-303-

HOH

41B-321-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-7BD / 3-[(9H-fluoren-9-ylideneamino)oxy]propanoic acid / 3-(9H-fluoren-9-ylideneaminooxy)propanoic acid / 3-[9H-フルオレン-9-イリデンアミノオキシ]プロピオン酸


分子量: 267.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: Protein: 5 mg/ml 1 milli-M ligand Precipitant: 60% (30% PEG-4K, 0.2 M imidazole malate, pH 6.0) 40% (24% MPEG-5K, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5) Drops: 1 micro-L protein-ligand complex 1 micro- ...詳細: Protein: 5 mg/ml 1 milli-M ligand Precipitant: 60% (30% PEG-4K, 0.2 M imidazole malate, pH 6.0) 40% (24% MPEG-5K, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5) Drops: 1 micro-L protein-ligand complex 1 micro-L precipitant. Cryoprotectant:: 40% (12.5 % diethylene glycol + 12.5 % ethylene glycol + 12.5 % glycerol + 12.5 % 1,2-propanediol + 12.5 % DMSO + 12.5 % 1,4-dioxane), 25% MPEG 5K, 0.1 M sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris-propane(65% component A pH 4; 35% B pH 9.5 and 1 milli-M ligand.
PH範囲: 5.5-6.0 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月26日
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) monochromator and Pt coated mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry for focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→43.1 Å / Num. all: 37141 / Num. obs: 37078 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.73 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.52→1.61 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.52→38.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.748 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 1854 5 %RANDOM
Rwork0.18605 ---
obs0.18728 35223 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.52→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 0 48 232 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1121.9912990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0645277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19224.19493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87915336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.521→1.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 135 -
Rwork0.379 2561 -
obs--98.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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