[日本語] English
万見
- PDB-4tpt: Crystal Structure of the Human LIMK2 Kinase Domain In Complex Wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpt
タイトルCrystal Structure of the Human LIMK2 Kinase Domain In Complex With a Non-ATP Competitive Inhibitor
要素LIM domain kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / LIMK2 KINASE / DFG INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / phosphorylation / EPHB-mediated forward signaling ...cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / phosphorylation / EPHB-mediated forward signaling / mitotic spindle / positive regulation of protein localization to nucleus / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-35H / LIM domain kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Goodwin, N.C. / Cianchetta, G. / Hamman, B.L. / Burgoon, H.A. / Healy, J. / Mabon, S. / Strobel, E.D. / Wang, S. / Rawlins, D.B.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of a Type III Inhibitor of LIM Kinase 2 That Binds in a DFG-Out Conformation.
著者: Goodwin, N.C. / Cianchetta, G. / Burgoon, H.A. / Healy, J. / Mabon, R. / Strobel, E.D. / Allen, J. / Wang, S. / Hamman, B.D. / Rawlins, D.B.
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 2.02023年12月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site_anisotrop / chem_comp_atom ...atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_keywords.text
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 2
B: LIM domain kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0444
ポリマ－69,1632
非ポリマー8812
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.569, 77.903, 86.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 2 / LIMK-2


分子量: 34581.434 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 330-632) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-35H / N-{4-[(1S)-1,2-dihydroxyethyl]benzyl}-N-methyl-4-(phenylsulfamoyl)benzamide


分子量: 440.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C23H24N2O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: The purified protein was used in crystallisation trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallisation conditions identified using literature data.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→84.82 Å / Num. obs: 20794 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→84.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 29.863 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.063 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27413 919 4.5 %RANDOM
Rwork0.22046 ---
obs0.22294 19409 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-2.53 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→84.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4417 0 62 30 4509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.9966209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71939891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0755552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88824.18189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24415811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8121519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.24150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.22270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.04823636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.17421124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33834484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89542158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.80361725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 53 -
Rwork0.364 1176 -
obs--80.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85661.05091.41652.77470.6173.07820.05580.1642-0.57890.05160.1505-0.37020.33780.4819-0.2063-0.00520.0790.0298-0.0152-0.04970.11915.571-9.09117.955
21.92831.2251.22133.35440.97742.1963-0.08820.15350.2281-0.25910.09120.2754-0.2612-0.1314-0.0031-0.09440.03670.04240.02940.00920.0172-1.1148.70911.898
32.78060.39620.66343.9025-0.04244.2382-0.0209-0.3753-0.03930.661-0.04370.1426-0.1343-0.36850.06460.13720.03660.08340.0639-0.0579-0.09146.27112.0441.523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A340 - 407
2X-RAY DIFFRACTION1B330 - 339
3X-RAY DIFFRACTION2A408 - 631
4X-RAY DIFFRACTION2B340 - 407
5X-RAY DIFFRACTION2A330 - 339
6X-RAY DIFFRACTION3B408 - 632

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る