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- PDB-4tnn: Crystal structure of Escherichia coli protein YodA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tnn
タイトルCrystal structure of Escherichia coli protein YodA in complex with Ni - artifact of purification.
要素Metal-binding lipocalin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / YodA / purification artifact / metal-binding lipocalin
機能・相同性Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / NICKEL (II) ION / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MC4100 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Gasiorowska, O.A. / Cymborowski, M.T. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Zasadzinska, E. / Niedzialkowska, E. / Porebski, P.J. / Minor, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053163 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Protein purification and crystallization artifacts: The tale usually not told.
著者: Niedzialkowska, E. / Gasiorowska, O. / Handing, K.B. / Majorek, K.A. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Zasadzinska, E. / Cymborowski, M. / Minor, W.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Refinement description
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal-binding lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0098
ポリマ－22,3741
非ポリマー6357
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.583, 76.583, 61.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

SO4

21A-353-

HOH

31A-362-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Metal-binding lipocalin


分子量: 22373.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MC4100 (大腸菌)
遺伝子: yodA, BN896_1774 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: U6NCE6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 ul of 9.6 mg/ml protein in 50mM Tris pH 7.9, 300 mM NaCl and 0.5mM TCEP were mixed with 0.3 ul of the SaltRx condition #65 (2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0) and ...詳細: 0.3 ul of 9.6 mg/ml protein in 50mM Tris pH 7.9, 300 mM NaCl and 0.5mM TCEP were mixed with 0.3 ul of the SaltRx condition #65 (2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0) and equilibrated against 1.5 M NaCl in MRC 2 drops 96 Well Crystallization Plate (Swissci)
PH範囲: 7.0-7.9 / Temp details: Rigaku Gallery 700

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 15647 / Num. obs: 15635 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Χ2: 1.245 / Net I/av σ(I): 30.528 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 114111
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.987.40.7672.417500.82100
1.98-2.027.40.627830.802100
2.02-2.067.40.5427740.853100
2.06-2.17.30.4527480.86899.9
2.1-2.157.40.3957820.896100
2.15-2.27.40.3237680.907100
2.2-2.257.40.2697820.978100
2.25-2.317.40.2387681.011100
2.31-2.387.40.2147751.021100
2.38-2.467.40.1927791.079100
2.46-2.547.40.1627721.135100
2.54-2.657.40.1417811.208100
2.65-2.777.30.1247611.238100
2.77-2.917.40.17801.346100
2.91-3.17.30.0847931.626100
3.1-3.337.30.0717851.831100
3.33-3.677.20.068022.13100
3.67-4.27.20.0467872.012100
4.2-5.297.20.0368141.474100
5.29-506.60.0398511.64599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXDE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OEJ

1oej


解像度: 1.951→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.694 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 782 5 %RANDOM
Rwork0.1666 14834 --
obs0.1689 15616 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.69 Å2 / Biso mean: 36.632 Å2 / Biso min: 20.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å2-0 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.951→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 31 137 1714
Biso mean--54.9 41.03 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.952200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77233255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4925194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.2062582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37815261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.162154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.902773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4171.903772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.022.844965
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.002 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 67 5 %
Rwork0.207 1053 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52550.90981.81131.48040.2823.50470.00230.1365-0.0627-0.03720.0659-0.15331.14920.8591-0.06820.08770.0466-0.02640.051-0.02120.045810.44941.2751.87
21.58820.1608-0.02643.1742-2.18333.14170.09540.1222-0.1470.0505-0.1854-0.2801-0.03510.4430.09010.0918-0.0296-0.0380.2045-0.0070.06896.4732.283-10.753
37.1096-4.33531.73863.7637-0.15731.1932-0.2051-1.0985-0.08250.35010.3196-0.06330.1346-0.457-0.11450.1699-0.06940.06410.50460.01830.0861-12.67135.1374.63
45.981-2.653-2.048716.9259-6.759210.38350.65920.06460.64610.0885-0.40250.0744-0.86320.4851-0.25670.1391-0.05780.11530.1614-0.01470.1928-18.95645.211-3.958
56.6422-4.11730.03384.89670.47532.31960.1529-0.2848-0.68910.366-0.00570.41920.2737-0.2056-0.14730.1226-0.0829-0.02260.17430.10310.1551-8.66621.8490.447
61.0769-0.24670.27684.5974-2.40694.00030.2150.0252-0.2423-0.1168-0.02480.16470.17740.1512-0.19020.07320.0012-0.07250.1102-0.01730.1032-1.71324.253-12.389
71.76520.15360.21591.6461-0.34652.62310.1908-0.0714-0.2343-0.002-0.01190.10680.0033-0.1016-0.17890.0788-0.0095-0.03370.10420.02690.0822-4.54227.031-6.712
85.9671-2.6632-9.63611.9672-2.740820.4537-0.10840.1583-0.05660.5929-0.14660.0598-0.3105-0.46190.2550.2165-0.0062-0.01290.3745-0.16020.2204-4.9240.4945.342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3A38 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5A75 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6A98 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7A133 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8A184 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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