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- PDB-5zr3: Crystal structure of Hsp90-alpha N-terminal domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zr3
タイトルCrystal structure of Hsp90-alpha N-terminal domain in complex with 4-(3-isopropyl-4-(4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-imidazol-1-yl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-1-yl)-3-methylbenzamide
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードCHAPERONE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / telomerase holoenzyme complex assembly ...sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / telomerase holoenzyme complex assembly / chaperone-mediated autophagy / mitochondrial transport / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Uptake and function of diphtheria toxin / dendritic growth cone / protein import into mitochondrial matrix / TPR domain binding / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / positive regulation of cell size / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / protein folding chaperone complex / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / regulation of protein-containing complex assembly / protein unfolding / Attenuation phase / enzyme-substrate adaptor activity / HSF1 activation / chaperone-mediated protein complex assembly / neurofibrillary tangle assembly / axonal growth cone / telomere maintenance via telomerase / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / nitric oxide metabolic process / response to cold / positive regulation of defense response to virus by host / response to salt stress / skeletal muscle contraction / Signaling by ERBB2 / eNOS activation / cardiac muscle cell apoptotic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / endocytic vesicle lumen / DNA polymerase binding / positive regulation of cardiac muscle contraction / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / lysosomal lumen / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / ESR-mediated signaling / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein tyrosine kinase binding / AURKA Activation by TPX2 / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / nitric-oxide synthase regulator activity / ATP-dependent protein folding chaperone / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / brush border membrane / myelin sheath / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / neuron migration / cellular response to virus / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / positive regulation of protein import into nucleus / Signaling by ERBB2 KD Mutants / protein refolding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to estrogen / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Regulation of necroptotic cell death / tau protein binding / histone deacetylase binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Downregulation of ERBB2 signaling / Chaperone Mediated Autophagy / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9J0 / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Uno, T. / Chong, K.T. / Suzuki, T.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of 3-Ethyl-4-(3-isopropyl-4-(4-(1-methyl-1 H-pyrazol-4-yl)-1 H-imidazol-1-yl)-1 H-pyrazolo[3,4- b]pyridin-1-yl)benzamide (TAS-116) as a Potent, Selective, and Orally Available HSP90 Inhibitor.
著者: Uno, T. / Kawai, Y. / Yamashita, S. / Oshiumi, H. / Yoshimura, C. / Mizutani, T. / Suzuki, T. / Chong, K.T. / Shigeno, K. / Ohkubo, M. / Kodama, Y. / Muraoka, H. / Funabashi, K. / Takahashi, ...著者: Uno, T. / Kawai, Y. / Yamashita, S. / Oshiumi, H. / Yoshimura, C. / Mizutani, T. / Suzuki, T. / Chong, K.T. / Shigeno, K. / Ohkubo, M. / Kodama, Y. / Muraoka, H. / Funabashi, K. / Takahashi, K. / Ohkubo, S. / Kitade, M.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
C: Heat shock protein HSP 90-alpha
E: Heat shock protein HSP 90-alpha
G: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7228
ポリマ－106,9604
非ポリマー1,7624
水1,838102
1
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1802
ポリマ－26,7401
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1802
ポリマ－26,7401
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1802
ポリマ－26,7401
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1802
ポリマ－26,7401
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.400, 95.210, 102.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / ...Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 26739.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / プラスミド: pRSET A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物
ChemComp-9J0 / 3-methyl-4-{4-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-imidazol-1-yl]-3-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-1-yl}benzamide


分子量: 440.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 6000, 200mM NaCl, 50mM Tris pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→102.334 Å / Num. all: 35809 / Num. obs: 35809 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.04 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 131060
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.5-2.643.50.233.251090.1420.2710.2395.8
2.64-2.83.60.1534.848690.0930.180.15396.6
2.8-2.993.70.1176.246260.0710.1370.11797
2.99-3.233.70.0779.343130.0470.090.07797.3
3.23-3.543.70.05213.139860.0320.0610.05297.7
3.54-3.953.70.03419.236470.0210.040.03498.1
3.95-4.563.70.0232.932080.0120.0230.0298.4
4.56-5.593.70.01931.327350.0120.0230.01998.5
5.59-7.913.70.02129.521370.0130.0250.02198.9
7.91-43.1633.60.01435.111790.0090.0170.01498

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.331
最高解像度最低解像度
Rotation43.17 Å2.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WQ9

3wq9


解像度: 2.5→102.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.245 / SU ML: 0.241 / SU R Cruickshank DPI: 0.5322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.532 / ESU R Free: 0.293
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 1956 5.5 %RANDOM
Rwork0.2023 ---
obs0.2053 33829 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.37 Å2 / Biso mean: 41.547 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→102.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6591 0 132 102 6825
Biso mean--32.37 33.22 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9611.9879258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031314685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5525844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55825.253297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.339151213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5811527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021351
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 113 -
Rwork0.284 2463 -
all-2576 -
obs--95.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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