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万見
- PDB-4tm7: Crystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tm7
タイトルCrystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Mycobacterium smegmatis N131D mutant soaked with CuSO4
要素6-phosphogluconolactonase
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase, DevB-type / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / COPPER (I) ION / 6-phosphogluconolactonase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Fujieda, N. / Stuttfeld, E. / Maier, T.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Enzyme repurposing of a hydrolase as an emergent peroxidase upon metal binding.
著者: Fujieda, N. / Schatti, J. / Stuttfeld, E. / Ohkubo, K. / Maier, T. / Fukuzumi, S. / Ward, T.R.
履歴
登録2014年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,31423
ポリマ－26,9441
非ポリマー1,37022
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area9880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.520, 42.520, 222.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

CU

21A-424-

HOH

31A-455-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase DevB


分子量: 26943.912 Da / 分子数: 1 / 変異: N131D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: pgl, MSMEG_3099, MSMEI_3021 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QWX6, 6-phosphogluconolactonase

-
非ポリマー , 6種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PARTLY OCCUPIED COPPER IONS (CU1 305 - CU 320) WERE IDENTIFIED BY ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22.5% PEG 4000, 15% glycerol, 150mM (NH4)2SO4, 3mM CuSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→74.233 Å / Num. obs: 90391 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 15.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.39-1.474.20.8120.5342.326145114754145870.61198.9
1.47-1.580.9250.3124.256027313778137730.357100
1.58-1.70.9610.1966.825519312853128360.22599.9
1.7-1.860.9850.11410.94687311707116610.13199.6
1.86-2.080.9940.06918.574651510699106810.07999.8
2.08-2.410.9970.0526.6242153939393820.05699.9
2.41-2.950.9980.04131.834605797079620.04699.9
2.95-4.160.9980.03337.1124969616861450.03899.6
4.160.9980.03343.4515936336833630.03799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1394)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→74.233 Å / FOM work R set: 0.8942 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1784 4420 4.89 %
Rwork0.149 85955 -
obs0.1505 90375 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.83 Å2 / Biso mean: 23.88 Å2 / Biso min: 9.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→74.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 35 163 1980
Biso mean--42.76 37.01 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2662621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.136692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3901-1.40590.31871330.27162770290396
1.4059-1.42240.31851580.25622874303299
1.4224-1.43980.29761480.231128072955100
1.4398-1.4580.27081620.231229163078100
1.458-1.47720.24131480.205928703018100
1.4772-1.49740.24431300.204928432973100
1.4974-1.51880.2361840.185329653149100
1.5188-1.54150.21271200.170327882908100
1.5415-1.56560.2041500.170329143064100
1.5656-1.59120.1841500.160128152965100
1.5912-1.61870.18921480.157628853033100
1.6187-1.64810.21491440.152828613005100
1.6481-1.67980.19291540.147128653019100
1.6798-1.71410.19241690.139228753044100
1.7141-1.75140.19961420.135128502992100
1.7514-1.79210.1641480.127728763024100
1.7921-1.83690.15591290.12632869299899
1.8369-1.88660.15451410.113128452986100
1.8866-1.94210.15491680.1228953063100
1.9421-2.00480.15381490.123728573006100
2.0048-2.07650.17831400.124828402980100
2.0765-2.15960.16551180.124429473065100
2.1596-2.25790.1731440.121228573001100
2.2579-2.3770.14971610.124328803041100
2.377-2.52590.16941490.13228583007100
2.5259-2.72090.17691360.141228342970100
2.7209-2.99480.1781410.1529023043100
2.9948-3.42810.15051600.151328453005100
3.4281-4.3190.16791520.143728873039100
4.319-74.33940.18841440.184628653009100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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