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- PDB-4s3r: Amylomaltase MalQ from Escherichia coli in complex with the pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3r
タイトルAmylomaltase MalQ from Escherichia coli in complex with the pseudo-heptasaccharide acarviosine-glucose-acarbose
要素4-alpha-glucanotransferase4-α-グルカノトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Acarbose-derived heptasaccharide / glucoside hydrolase clan H / maltose (マルトース) / maltodextrin (マルトデキストリン) / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-α-グルカノトランスフェラーゼ / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / maltose catabolic process / glycogen catabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / MalQ N-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase, family 77 / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACARBOSE DERIVED HEPTASACCHARIDE / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Weiss, S.C. / Schiefner, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Interconversion of Maltodextrins by MalQ, the Amylomaltase of Escherichia coli.
著者: Weiss, S.C. / Skerra, A. / Schiefner, A.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1873
ポリマ－80,0141
非ポリマー1,1732
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.000, 75.830, 163.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase / 4-α-グルカノトランスフェラーゼ / Amylomaltase / Disproportionating enzyme / D-enzyme


分子量: 80014.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b3416, JW3379, malA, malQ / プラスミド: pASK75-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P15977, 4-α-グルカノトランスフェラーゼ
#2: 糖 ChemComp-7SA / ACARBOSE DERIVED HEPTASACCHARIDE / (2R,3R,4R,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-5-[(2R,3R,4R,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-5-[(2R,3R,4S,5S,6R)-5-[[(1S,4R,5R,6S)-3-(hydroxymethyl)-4-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-5-[(2R,3R,4S,5S,6R)-5-[[(1S,4R,5S,6S)-3-(hydroxymethyl)-4,5,6-tris(oxidanyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino]-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5,6-bis(oxidanyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino]-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-oxane-2,3,4-triol


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 1111.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C44H74N2O30
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE DEPOSITORS STATE THAT THE FREE ANOMERIC C1 OF THE TERMINAL GLUCOSE MOIETY ADOPTS BOTH ALPHA-D ...THE DEPOSITORS STATE THAT THE FREE ANOMERIC C1 OF THE TERMINAL GLUCOSE MOIETY ADOPTS BOTH ALPHA-D GLUCOSE AND BETA-D-GLUCOSE CONFIGURATIONS, OF WHICH THE BETA OCCURS IN 64 % OF THE MOLECULES. THE BETA-FORM WAS BUILT BECAUSE IT BETTER FITS THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12 %(w/v) PEG3350, 350 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, protein concentration 13 mg/ml, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.98206, 0.98004, 0.97982, 0.97857
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.982061
20.980041
30.979821
40.978571
Reflection数: 353886 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 91105 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
105083110.025
610305710.03
46925510.038
3.54651410.044
33.51153210.06
2.731159010.103
2.52.71115810.165
2.42.5704710.223
2.32.4833410.282
2.22.3992910.378
2.12.21185810.541
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 48101 / Num. obs: 48101 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 38.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.19
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.20.5843.534600261531100
2.2-2.30.4075.013846551541100
2.3-2.50.2717.255997680201100
2.5-2.70.17810.664359658361100
2.7-30.11115.834530760921100
3-3.50.06425.084485961081100
3.5-40.04734.962505634821100
4-60.04139.043559750171100
6-100.03240.92119761722199.9
10-500.02641.253145517198.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1928 / WRfactor Rwork: 0.1603 / FOM work R set: 0.8504 / SU B: 9.326 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.1813 / SU Rfree: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2048 2433 5.1 %RANDOM
Rwork0.1691 ---
all0.1709 48101 --
obs0.1709 48101 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.72 Å2 / Biso mean: 39.181 Å2 / Biso min: 20.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.21 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5421 0 80 226 5727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.987690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933312084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5085678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18923.774265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0215854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8411539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2032.4542718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2032.4532717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.853.6733394
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 168 -
Rwork0.243 3322 -
all-3490 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69642.5431.62092.77981.30337.0034-0.10920.05430.0755-0.0797-0.01920.42680.0946-0.59240.12840.1202-0.05740.03980.2655-0.02890.3805-8.36081.291519.6744
23.33112.4944-0.17866.37530.6211.2597-0.010.1054-0.09830.0502-0.030.1880.058-0.13720.040.23920.01250.03290.0550.0350.191711.8611-27.620227.3253
31.27470.3276-0.18490.8137-0.1361.3136-0.05480.16-0.1778-0.0309-0.0032-0.020.22760.06590.05790.08090.010.00520.0283-0.02180.028224.98223.946512.6042
40.5244-0.0586-0.0291.27550.23481.4233-0.0001-0.16910.05960.2888-0.02810.08880.00010.02770.02820.1117-0.02310.00520.0597-0.01830.019918.917519.433233.3421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3A130 - 485
4X-RAY DIFFRACTION4A486 - 690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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