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万見
- PDB-4s3l: Crystal Structure of major pilin protein PitB from type II pilus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3l
タイトルCrystal Structure of major pilin protein PitB from type II pilus of Streptococcus pneumoniae
要素Major Pilin Protein
キーワードCELL ADHESION / Major pilin / Type II pilus / virulence / CNAB / IgG fold / IgG-rev fold / Pilin protein
機能・相同性Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / membrane / PitB
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Dessen, A. / Di Guilmi, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Structural Snapshot of Type II Pilus Formation in Streptococcus pneumoniae.
著者: Shaik, M.M. / Lombardi, C. / Maragno Trindade, D. / Fenel, D. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Pilin Protein
B: Major Pilin Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3962
ポリマ－74,3962
非ポリマー00
水1,42379
1
A: Major Pilin Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1981
ポリマ－37,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Major Pilin Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1981
ポリマ－37,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.210, 54.210, 361.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Major Pilin Protein


分子量: 37197.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-386 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain Taiwan19F-14) (肺炎レンサ球菌)
株: Taiwan19F-14 / 遺伝子: pitB / プラスミド: pet151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3FNT1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 3M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.939
シンクロトロンESRF BM1420.939
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年10月13日mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2014年1月23日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1channel cut ESRF monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→54.21 Å / Num. obs: 25595 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
autoSHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→54.21 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2977 1281 5.08 %
Rwork0.2393 --
obs0.2422 25228 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5194 0 0 79 5273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3397188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9111942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.91210.46721420.37862616X-RAY DIFFRACTION97
2.9121-3.04460.3921250.34592668X-RAY DIFFRACTION98
3.0446-3.20510.3511480.29452665X-RAY DIFFRACTION99
3.2051-3.40590.33031400.24872624X-RAY DIFFRACTION99
3.4059-3.66880.30841320.24422692X-RAY DIFFRACTION99
3.6688-4.03790.32871560.22682629X-RAY DIFFRACTION99
4.0379-4.6220.24581400.18512678X-RAY DIFFRACTION100
4.622-5.82210.24341480.18842680X-RAY DIFFRACTION100
5.8221-54.22010.2391500.21682695X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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