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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s3l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of major pilin protein PitB from type II pilus of Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | Major Pilin Protein | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Major pilin / Type II pilus / virulence / CNAB / IgG fold / IgG-rev fold / Pilin protein | ||||||
機能・相同性 | Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / membrane / PitB![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shaik, M.M. / Dessen, A. / Di Guilmi, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Structural Snapshot of Type II Pilus Formation in Streptococcus pneumoniae. 著者: Shaik, M.M. / Lombardi, C. / Maragno Trindade, D. / Fenel, D. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37197.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-386 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Taiwan19F-14 / 遺伝子: pitB / プラスミド: pet151 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 3M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→54.21 Å / Num. obs: 25595 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 5.9 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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