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- PDB-4s3h: Crystal structure of S. pombe Mdb1 FHA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3h
タイトルCrystal structure of S. pombe Mdb1 FHA domain
要素Mdb1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Mdb1 / forkhead-associated domain (FHA domain) / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle midzone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of double-strand break / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage response protein Mdb1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Luo, S. / Ye, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Dimerization Mediated by a Divergent Forkhead-associated Domain Is Essential for the DNA Damage and Spindle Functions of Fission Yeast Mdb1.
著者: Luo, S. / Xin, X. / Du, L.L. / Ye, K. / Wei, Y.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mdb1
B: Mdb1
C: Mdb1
D: Mdb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5817
ポリマ－57,2924
非ポリマー2883
水36020
1
A: Mdb1
B: Mdb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9345
ポリマ－28,6462
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
2
C: Mdb1
D: Mdb1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6462
ポリマ－28,6462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.073, 91.073, 224.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Mdb1


分子量: 14323.102 Da / 分子数: 4 / 断片: FHA domain, UNP residues 1-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14079
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.2, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 15871 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.89.90.67315240.854199.8
2.8-2.919.80.55315380.875199.8
2.91-3.049.80.40715590.913199.8
3.04-3.29.80.32815370.9581100
3.2-3.49.70.19115700.9531100
3.4-3.669.70.11515690.9631100
3.66-4.039.60.08115731.019199.9
4.03-4.69.50.05716000.9851100
4.6-5.779.30.05216410.9941100
5.77-208.60.0417600.957199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.701→19.759 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 804 5.08 %
Rwork0.2185 --
obs0.2211 15820 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.38 Å2 / Biso mean: 51.9339 Å2 / Biso min: 22.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→19.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2883 0 15 20 2918

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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