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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s3h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S. pombe Mdb1 FHA domain | ||||||
![]() | Mdb1 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Mdb1 / forkhead-associated domain (FHA domain) / dimerization | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitotic spindle midzone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of double-strand break / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, S. / Ye, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dimerization Mediated by a Divergent Forkhead-associated Domain Is Essential for the DNA Damage and Spindle Functions of Fission Yeast Mdb1. 著者: Luo, S. / Xin, X. / Du, L.L. / Ye, K. / Wei, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14323.102 Da / 分子数: 4 / 断片: FHA domain, UNP residues 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 972 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.2, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2008年3月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 15871 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.38 Å2 / Biso mean: 51.9339 Å2 / Biso min: 22.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.701→19.759 Å
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