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- PDB-4s1s: Crystal structure of a VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-1859... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1s
タイトルCrystal structure of a VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-185917, in complex with clade A/E HIV-1 gp120 core
要素
  • Fab of VRC01 light chain
  • Fab of VRC01-lineage antibody,45-VRC01.H5.F-185917 heavy chain
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 / neutralizing antibodies / VRC01-lineage / antibody maturation / evolutionary rate / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Yang, Y. / Zhang, B. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection.
著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / Saunders, K.O. / Soto, C. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: Fab of VRC01-lineage antibody,45-VRC01.H5.F-185917 heavy chain
L: Fab of VRC01 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,54114
ポリマ－87,0913
非ポリマー2,45011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area35830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.386, 67.662, 266.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 44-492 / 変異: V1V2 and V3 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIV-1 gp120 core
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS
#2: 抗体 Fab of VRC01-lineage antibody,45-VRC01.H5.F-185917 heavy chain


分子量: 24790.045 Da / 分子数: 1
断片: Fab of VRC01-lineage antibody,45-VRC01.H5.F-185917 heavy chain
由来タイプ: 組換発現
詳細: codon-optimized VRC01-lineage antibody, 45-VRC01.H5.F-185917, heavy chain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Heavy chain / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab of VRC01 light chain


分子量: 23089.572 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab of VRC01 light chain / 変異: N72T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon-optimized human antibody VRC01 light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Light chain / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES, 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→50 Å / Num. all: 14657 / Num. obs: 14247 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 92.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE8

3se8


解像度: 3.39→47.496 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2996 698 4.92 %
Rwork0.2619 --
obs0.2636 14188 96.77 %
all-14661 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→47.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6032 0 155 0 6187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9048665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3052333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037979
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3887-3.65030.33691310.34492358X-RAY DIFFRACTION87
3.6503-4.01750.35291350.32012653X-RAY DIFFRACTION97
4.0175-4.59840.29961360.27212767X-RAY DIFFRACTION100
4.5984-5.79190.28971450.24182781X-RAY DIFFRACTION100
5.7919-47.50080.27591510.22682931X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1634-0.95971.35694.98710.81116.95410.14020.2043-1.0968-1.8290.04710.9241.61640.2247-0.28351.2201-0.1564-0.43030.5976-0.05510.9292-36.1245-83.0654-57.6306
23.15390.69522.97154.53520.50533.10280.72440.0806-0.124-0.96260.21752.92441.4168-0.35770.08560.8322-0.3743-0.65060.6032-0.00871.4101-40.7874-80.3087-54.91
33.22230.27280.83593.75010.03773.4213-0.07540.06580.7884-0.60250.3583.7835-1.3551-0.7101-0.1030.09710.1212-0.3310.94520.06272.2165-43.3448-60.12-52.6198
43.7623-0.3625-0.67032.3362-0.54053.8893-0.00250.15610.0367-1.56950.38351.8210.0498-0.110.42060.8597-0.0844-0.39540.79160.40451.1672-35.3299-57.7442-61.1437
52.1878-0.65861.15394.6642-0.49644.70740.0977-0.10450.074-0.66940.43972.49330.2144-0.0323-0.11250.2699-0.1329-0.08020.7423-0.0941.0975-38.6822-67.5775-51.0271
65.71681.56331.24337.89891.8446.0178-0.37190.43640.44021.2033-0.2809-0.3103-0.61670.390.50280.717-0.0588-0.21260.5507-0.01660.4974-18.3738-55.6148-40.6701
78.27351.3677-5.33872.59791.49636.16970.5677-0.08640.76140.2912-0.0220.057-1.69570.53483.94071.3453-0.1749-0.60220.46970.04420.9007-18.7891-45.2809-39.1625
86.5178-0.71610.93557.32993.14897.0349-0.0460.2053-1.57261.914-0.7507-0.1333-0.04660.57110.15391.0256-0.1664-0.18790.541-0.15890.2979-19.6266-65.579-38.1702
91.08321.28850.97364.24224.4324.2498-0.1071-0.08310.9771-0.556-1.3024-0.08-0.59261.1283-0.69331.1539-0.326-0.46350.6617-0.04230.8496-12.9988-49.2684-32.198
109.879-1.27410.88626.99475.27495.6829-0.4051-2.00770.34921.00161.96781.09-1.6499-0.0085-1.04571.9280.184-0.27071.1580.17460.9995-5.1115-27.6229-1.1477
116.7007-0.428-0.74485.85142.27512.9546-0.17970.87121.55270.07561.23-0.0204-0.99610.8575-0.7581.3521-0.332-0.47771.16570.23541.0592-3.0142-35.0411-15.3255
127.82990.14090.3734.705-0.06967.25990.4172-0.37911.61750.27461.5197-1.5081-1.54851.4559-0.57771.7724-0.4382-0.40431.1017-0.21631.16212.7353-28.2752-9.3059
130.6104-0.17270.86612.96410.60594.52340.0777-0.80280.05113.247-0.5444-0.5442-0.2262-0.66470.27512.9052-0.44360.01370.9671-0.29310.5669-20.7827-61.1291-11.5759
143.00640.6769-1.64745.98060.20957.0547-0.0956-0.51-0.82592.6469-1.0764-0.52390.8087-0.3774-0.81222.3122-0.0822-0.05220.5696-0.05140.2338-18.2646-67.5083-22.7743
152.3797-2.21861.77064.00290.4778.2706-0.172-0.6807-0.12952.7658-0.67320.24050.5721-1.1319-0.01722.5827-0.49150.03010.75320.02340.5415-21.0984-64.9702-18.0419
168.7081.0716-0.7292.11121.40512.6637-0.0153-0.54591.8517-1.4548-0.10780.46811.40610.0583-0.4322.05040.0615-0.32590.9354-0.02950.6367-10.1887-37.2334-5.62
174.86961.8274-2.45723.9695-0.1961.80570.3583-0.43220.4470.65920.28160.72820.8504-1.5401-0.12271.7784-0.1381-0.47671.49820.14840.6604-14.9248-39.6848-2.8697
186.76040.1448-3.39714.54961.85612.51830.31830.16451.0962-0.1677-0.54410.75931.3912-1.0561-0.13371.6964-0.078-0.48431.4219-0.28431.0373-12.8879-41.2168-6.2389
196.50940.4937-3.28267.49911.55282.86260.3488-1.33591.82840.2251-0.05781.087-0.5969-2.0293-0.62631.5294-0.0368-0.14821.4779-0.10421.3094-19.146-31.1268-3.2619
203.0695-1.9386-0.54148.616-1.70241.67150.1297-0.25843.01110.7059-0.2970.1441-0.5448-0.3796-0.72861.72030.28550.13131.2903-0.26541.7911-15.6597-23.93391.9591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND RESID 44:200 )G44 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 201:258 )G201 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN G AND RESID 259:395 )G259 - 395
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN G AND RESID 396:434 )G396 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN G AND RESID 435:492 )G435 - 492
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 1:76 )H1 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 77:90 )H77 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 91:107 )H91 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 108:130 )H108 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 131:146 )H131 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 147:188 )H147 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 189:216 )H189 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 3:24 )L3 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 25:59 )L25 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 60:96 )L60 - 96
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 97:126 )L97 - 126
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 127:146 )L127 - 146
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 147:170 )L147 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 171:200 )L171 - 200
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 201:210 )L201 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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