PDB-4s1f: Fructose-6-phosphate aldolase A from E.coli soaked in acetylacetone

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4s1f
• タイトル: Fructose-6-phosphate aldolase A from E.coli soaked in acetylacetone
• 要素: Fructose-6-phosphate aldolase 1
• キーワード: LYASE / Modification of active Lys85 by acetylacetone / Tim barrel / homodecamer / Fructose-6-phosphate aldolase A / Cytosol

機能・相同性

分子機能:

ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm

ドメイン・相同性:

Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta

構成要素:

pentane-2,4-dione / Fructose-6-phosphate aldolase 1

• 生物種: Escherichia coli (大腸菌)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.242 Å
• データ登録者: Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.
• 引用: ジャーナル: ChemCatChem / 年: 2015; タイトル: Acid Base Catalyst Discriminates between a Fructose 6-Phosphate Aldolase and a Transaldolase; 著者: Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.

履歴

登録	2015年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Fructose-6-phosphate aldolase 1

B: Fructose-6-phosphate aldolase 1

C: Fructose-6-phosphate aldolase 1

D: Fructose-6-phosphate aldolase 1

E: Fructose-6-phosphate aldolase 1

F: Fructose-6-phosphate aldolase 1

G: Fructose-6-phosphate aldolase 1

H: Fructose-6-phosphate aldolase 1

I: Fructose-6-phosphate aldolase 1

J: Fructose-6-phosphate aldolase 1

K: Fructose-6-phosphate aldolase 1

L: Fructose-6-phosphate aldolase 1

M: Fructose-6-phosphate aldolase 1

N: Fructose-6-phosphate aldolase 1

O: Fructose-6-phosphate aldolase 1

P: Fructose-6-phosphate aldolase 1

Q: Fructose-6-phosphate aldolase 1

R: Fructose-6-phosphate aldolase 1

S: Fructose-6-phosphate aldolase 1

T: Fructose-6-phosphate aldolase 1

ヘテロ分子

概要:

• 477 kDa, 20 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	477,413	25
ポリマ－	476,913	20
非ポリマー	501	5
水	13,421	745

1

A: Fructose-6-phosphate aldolase 1

B: Fructose-6-phosphate aldolase 1

C: Fructose-6-phosphate aldolase 1

D: Fructose-6-phosphate aldolase 1

E: Fructose-6-phosphate aldolase 1

F: Fructose-6-phosphate aldolase 1

G: Fructose-6-phosphate aldolase 1

H: Fructose-6-phosphate aldolase 1

I: Fructose-6-phosphate aldolase 1

J: Fructose-6-phosphate aldolase 1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 239 kDa, 10 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	238,757	13
ポリマ－	238,456	10
非ポリマー	300	3
水	180	10

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	38780 Å2
ΔGint	-319 kcal/mol
Surface area	69960 Å2
手法	PISA

2

K: Fructose-6-phosphate aldolase 1

L: Fructose-6-phosphate aldolase 1

M: Fructose-6-phosphate aldolase 1

N: Fructose-6-phosphate aldolase 1

O: Fructose-6-phosphate aldolase 1

P: Fructose-6-phosphate aldolase 1

Q: Fructose-6-phosphate aldolase 1

R: Fructose-6-phosphate aldolase 1

S: Fructose-6-phosphate aldolase 1

T: Fructose-6-phosphate aldolase 1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 239 kDa, 10 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	238,657	12
ポリマ－	238,456	10
非ポリマー	200	2
水	108	6

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	38800 Å2
ΔGint	-316 kcal/mol
Surface area	70000 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.485, 130.709, 355.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	A
2	14	O
1	15	A
2	15	P
1	16	A
2	16	Q
1	17	A
2	17	R
1	18	A
2	18	S
1	19	A
2	19	T
1	20	B
2	20	C
1	21	B
2	21	D
1	22	B
2	22	E
1	23	B
2	23	F
1	24	B
2	24	G
1	25	B
2	25	H
1	26	B
2	26	I
1	27	B
2	27	J
1	28	B
2	28	K
1	29	B
2	29	L
1	30	B
2	30	M
1	31	B
2	31	N
1	32	B
2	32	O
1	33	B
2	33	P
1	34	B
2	34	Q
1	35	B
2	35	R
1	36	B
2	36	S
1	37	B
2	37	T
1	38	C
2	38	D
1	39	C
2	39	E
1	40	C
2	40	F
1	41	C
2	41	G
1	42	C
2	42	H
1	43	C
2	43	I
1	44	C
2	44	J
1	45	C
2	45	K
1	46	C
2	46	L
1	47	C
2	47	M
1	48	C
2	48	N
1	49	C
2	49	O
1	50	C
2	50	P
1	51	C
2	51	Q
1	52	C
2	52	R
1	53	C
2	53	S
1	54	C
2	54	T
1	55	D
2	55	E
1	56	D
2	56	F
1	57	D
2	57	G
1	58	D
2	58	H
1	59	D
2	59	I
1	60	D
2	60	J
1	61	D
2	61	K
1	62	D
2	62	L
1	63	D
2	63	M
1	64	D
2	64	N
1	65	D
2	65	O
1	66	D
2	66	P
1	67	D
2	67	Q
1	68	D
2	68	R
1	69	D
2	69	S
1	70	D
2	70	T
1	71	E
2	71	F
1	72	E
2	72	G
1	73	E
2	73	H
1	74	E
2	74	I
1	75	E
2	75	J
1	76	E
2	76	K
1	77	E
2	77	L
1	78	E
2	78	M
1	79	E
2	79	N
1	80	E
2	80	O
1	81	E
2	81	P
1	82	E
2	82	Q
1	83	E
2	83	R
1	84	E
2	84	S
1	85	E
2	85	T
1	86	F
2	86	G
1	87	F
2	87	H
1	88	F
2	88	I
1	89	F
2	89	J
1	90	F
2	90	K
1	91	F
2	91	L
1	92	F
2	92	M
1	93	F
2	93	N
1	94	F
2	94	O
1	95	F
2	95	P
1	96	F
2	96	Q
1	97	F
2	97	R
1	98	F
2	98	S
1	99	F
2	99	T
1	100	G
2	100	H
1	101	G
2	101	I
1	102	G
2	102	J
1	103	G
2	103	K
1	104	G
2	104	L
1	105	G
2	105	M
1	106	G
2	106	N
1	107	G
2	107	O
1	108	G
2	108	P
1	109	G
2	109	Q
1	110	G
2	110	R
1	111	G
2	111	S
1	112	G
2	112	T
1	113	H
2	113	I
1	114	H
2	114	J
1	115	H
2	115	K
1	116	H
2	116	L
1	117	H
2	117	M
1	118	H
2	118	N
1	119	H
2	119	O
1	120	H
2	120	P
1	121	H
2	121	Q
1	122	H
2	122	R
1	123	H
2	123	S
1	124	H
2	124	T
1	125	I
2	125	J
1	126	I
2	126	K
1	127	I
2	127	L
1	128	I
2	128	M
1	129	I
2	129	N
1	130	I
2	130	O
1	131	I
2	131	P
1	132	I
2	132	Q
1	133	I
2	133	R
1	134	I
2	134	S
1	135	I
2	135	T
1	136	J
2	136	K
1	137	J
2	137	L
1	138	J
2	138	M
1	139	J
2	139	N
1	140	J
2	140	O
1	141	J
2	141	P
1	142	J
2	142	Q
1	143	J
2	143	R
1	144	J
2	144	S
1	145	J
2	145	T
1	146	K
2	146	L
1	147	K
2	147	M
1	148	K
2	148	N
1	149	K
2	149	O
1	150	K
2	150	P
1	151	K
2	151	Q
1	152	K
2	152	R
1	153	K
2	153	S
1	154	K
2	154	T
1	155	L
2	155	M
1	156	L
2	156	N
1	157	L
2	157	O
1	158	L
2	158	P
1	159	L
2	159	Q
1	160	L
2	160	R
1	161	L
2	161	S
1	162	L
2	162	T
1	163	M
2	163	N
1	164	M
2	164	O
1	165	M
2	165	P
1	166	M
2	166	Q
1	167	M
2	167	R
1	168	M
2	168	S
1	169	M
2	169	T
1	170	N
2	170	O
1	171	N
2	171	P
1	172	N
2	172	Q
1	173	N
2	173	R
1	174	N
2	174	S
1	175	N
2	175	T
1	176	O
2	176	P
1	177	O
2	177	Q
1	178	O
2	178	R
1	179	O
2	179	S
1	180	O
2	180	T
1	181	P
2	181	Q
1	182	P
2	182	R
1	183	P
2	183	S
1	184	P
2	184	T
1	185	Q
2	185	R
1	186	Q
2	186	S
1	187	Q
2	187	T
1	188	R
2	188	S
1	189	R
2	189	T
1	190	S
2	190	T

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 220 / Label seq-ID: 7 - 226

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	A	A
2	4	E	E
1	5	A	A
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1	10	A	A
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1	11	A	A
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1	15	A	A
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1	16	A	A
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1	17	A	A
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1	19	A	A
2	19	T	T
1	20	B	B
2	20	C	C
1	21	B	B
2	21	D	D
1	22	B	B
2	22	E	E
1	23	B	B
2	23	F	F
1	24	B	B
2	24	G	G
1	25	B	B
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1	31	B	B
2	31	N	N
1	32	B	B
2	32	O	O
1	33	B	B
2	33	P	P
1	34	B	B
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1	35	B	B
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2	36	S	S
1	37	B	B
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1	38	C	C
2	38	D	D
1	39	C	C
2	39	E	E
1	40	C	C
2	40	F	F
1	41	C	C
2	41	G	G
1	42	C	C
2	42	H	H
1	43	C	C
2	43	I	I
1	44	C	C
2	44	J	J
1	45	C	C
2	45	K	K
1	46	C	C
2	46	L	L
1	47	C	C
2	47	M	M
1	48	C	C
2	48	N	N
1	49	C	C
2	49	O	O
1	50	C	C
2	50	P	P
1	51	C	C
2	51	Q	Q
1	52	C	C
2	52	R	R
1	53	C	C
2	53	S	S
1	54	C	C
2	54	T	T
1	55	D	D
2	55	E	E
1	56	D	D
2	56	F	F
1	57	D	D
2	57	G	G
1	58	D	D
2	58	H	H
1	59	D	D
2	59	I	I
1	60	D	D
2	60	J	J
1	61	D	D
2	61	K	K
1	62	D	D
2	62	L	L
1	63	D	D
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1	64	D	D
2	64	N	N
1	65	D	D
2	65	O	O
1	66	D	D
2	66	P	P
1	67	D	D
2	67	Q	Q
1	68	D	D
2	68	R	R
1	69	D	D
2	69	S	S
1	70	D	D
2	70	T	T
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2	71	F	F
1	72	E	E
2	72	G	G
1	73	E	E
2	73	H	H
1	74	E	E
2	74	I	I
1	75	E	E
2	75	J	J
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1	77	E	E
2	77	L	L
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2	78	M	M
1	79	E	E
2	79	N	N
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2	80	O	O
1	81	E	E
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1	85	E	E
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2	90	K	K
1	91	F	F
2	91	L	L
1	92	F	F
2	92	M	M
1	93	F	F
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1	94	F	F
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1	95	F	F
2	95	P	P
1	96	F	F
2	96	Q	Q
1	97	F	F
2	97	R	R
1	98	F	F
2	98	S	S
1	99	F	F
2	99	T	T
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2	100	H	H
1	101	G	G
2	101	I	I
1	102	G	G
2	102	J	J
1	103	G	G
2	103	K	K
1	104	G	G
2	104	L	L
1	105	G	G
2	105	M	M
1	106	G	G
2	106	N	N
1	107	G	G
2	107	O	O
1	108	G	G
2	108	P	P
1	109	G	G
2	109	Q	Q
1	110	G	G
2	110	R	R
1	111	G	G
2	111	S	S
1	112	G	G
2	112	T	T
1	113	H	H
2	113	I	I
1	114	H	H
2	114	J	J
1	115	H	H
2	115	K	K
1	116	H	H
2	116	L	L
1	117	H	H
2	117	M	M
1	118	H	H
2	118	N	N
1	119	H	H
2	119	O	O
1	120	H	H
2	120	P	P
1	121	H	H
2	121	Q	Q
1	122	H	H
2	122	R	R
1	123	H	H
2	123	S	S
1	124	H	H
2	124	T	T
1	125	I	I
2	125	J	J
1	126	I	I
2	126	K	K
1	127	I	I
2	127	L	L
1	128	I	I
2	128	M	M
1	129	I	I
2	129	N	N
1	130	I	I
2	130	O	O
1	131	I	I
2	131	P	P
1	132	I	I
2	132	Q	Q
1	133	I	I
2	133	R	R
1	134	I	I
2	134	S	S
1	135	I	I
2	135	T	T
1	136	J	J
2	136	K	K
1	137	J	J
2	137	L	L
1	138	J	J
2	138	M	M
1	139	J	J
2	139	N	N
1	140	J	J
2	140	O	O
1	141	J	J
2	141	P	P
1	142	J	J
2	142	Q	Q
1	143	J	J
2	143	R	R
1	144	J	J
2	144	S	S
1	145	J	J
2	145	T	T
1	146	K	K
2	146	L	L
1	147	K	K
2	147	M	M
1	148	K	K
2	148	N	N
1	149	K	K
2	149	O	O
1	150	K	K
2	150	P	P
1	151	K	K
2	151	Q	Q
1	152	K	K
2	152	R	R
1	153	K	K
2	153	S	S
1	154	K	K
2	154	T	T
1	155	L	L
2	155	M	M
1	156	L	L
2	156	N	N
1	157	L	L
2	157	O	O
1	158	L	L
2	158	P	P
1	159	L	L
2	159	Q	Q
1	160	L	L
2	160	R	R
1	161	L	L
2	161	S	S
1	162	L	L
2	162	T	T
1	163	M	M
2	163	N	N
1	164	M	M
2	164	O	O
1	165	M	M
2	165	P	P
1	166	M	M
2	166	Q	Q
1	167	M	M
2	167	R	R
1	168	M	M
2	168	S	S
1	169	M	M
2	169	T	T
1	170	N	N
2	170	O	O
1	171	N	N
2	171	P	P
1	172	N	N
2	172	Q	Q
1	173	N	N
2	173	R	R
1	174	N	N
2	174	S	S
1	175	N	N
2	175	T	T
1	176	O	O
2	176	P	P
1	177	O	O
2	177	Q	Q
1	178	O	O
2	178	R	R
1	179	O	O
2	179	S	S
1	180	O	O
2	180	T	T
1	181	P	P
2	181	Q	Q
1	182	P	P
2	182	R	R
1	183	P	P
2	183	S	S
1	184	P	P
2	184	T	T
1	185	Q	Q
2	185	R	R
1	186	Q	Q
2	186	S	S
1	187	Q	Q
2	187	T	T
1	188	R	R
2	188	S	S
1	189	R	R
2	189	T	T
1	190	S	S
2	190	T	T

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
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11
12
13
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49
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54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
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75
76
77
78
79
80
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要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T
Fructose-6-phosphate aldolase 1 / Fructose-6-phosphate aldolase A / FSAA

詳細:

分子量: 23845.637 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0825, fsa, fsaA, JW5109, mipB, ybiZ / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離

#2: 化合物

B-301 G-301 H-301 K-301 P-301
ChemComp-P2D / pentane-2,4-dione / アセチルアセトン

詳細:

分子量: 100.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₂

#3: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.45 ų/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
• 結晶化: 温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 ; 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M LiCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
• 放射: モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.75
1	1	h,-k,-l	2	0.25

• 反射: 解像度: 2.242→48.4 Å / Num. all: 232071 / Num. obs: 232071 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.8
• 反射 シェル: 解像度: 2.242→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10244 / % possible all: 95.6

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ProDC		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RXF

4rxf

解像度: 2.242→48.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 5.598 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.25101	10991	5.1 %	RANDOM
Rwork	0.23229	-	-	-
all	0.23324	205760	-	-
obs	0.23324	205760	98.74 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.374 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	10.37 Å2	0 Å2	3.89 Å2
2-	-	9.36 Å2	0 Å2
3-	-	-	-19.73 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.242→48.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32300	0	30	745	33075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	32850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	32985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.142	1.983	44720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.062	3	75790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.335	5	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.922	25.179	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.006	15	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.472	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	37240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	6640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.196	4.243	17580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.196	4.243	17579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.65	6.355	21940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.65	6.355	21941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.978	4.457	15268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.978	4.457	15268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.48	6.568	22779
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.848	33.11	35459
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.824	33.118	35352
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13469	0.04
1	2	B	13469	0.04
2	1	A	13490	0.03
2	2	C	13490	0.03
3	1	A	13427	0.04
3	2	D	13427	0.04
4	1	A	13653	0.02
4	2	E	13653	0.02
5	1	A	13497	0.03
5	2	F	13497	0.03
6	1	A	13571	0.03
6	2	G	13571	0.03
7	1	A	13549	0.03
7	2	H	13549	0.03
8	1	A	13569	0.03
8	2	I	13569	0.03
9	1	A	13598	0.03
9	2	J	13598	0.03
10	1	A	13481	0.03
10	2	K	13481	0.03
11	1	A	13501	0.03
11	2	L	13501	0.03
12	1	A	13533	0.03
12	2	M	13533	0.03
13	1	A	13467	0.03
13	2	N	13467	0.03
14	1	A	13502	0.03
14	2	O	13502	0.03
15	1	A	13502	0.03
15	2	P	13502	0.03
16	1	A	13514	0.03
16	2	Q	13514	0.03
17	1	A	13535	0.02
17	2	R	13535	0.02
18	1	A	13530	0.03
18	2	S	13530	0.03
19	1	A	13515	0.03
19	2	T	13515	0.03
20	1	B	13524	0.04
20	2	C	13524	0.04
21	1	B	13517	0.04
21	2	D	13517	0.04
22	1	B	13496	0.04
22	2	E	13496	0.04
23	1	B	13519	0.04
23	2	F	13519	0.04
24	1	B	13449	0.04
24	2	G	13449	0.04
25	1	B	13507	0.04
25	2	H	13507	0.04
26	1	B	13447	0.04
26	2	I	13447	0.04
27	1	B	13577	0.03
27	2	J	13577	0.03
28	1	B	13543	0.04
28	2	K	13543	0.04
29	1	B	13454	0.04
29	2	L	13454	0.04
30	1	B	13564	0.04
30	2	M	13564	0.04
31	1	B	13419	0.05
31	2	N	13419	0.05
32	1	B	13533	0.04
32	2	O	13533	0.04
33	1	B	13483	0.04
33	2	P	13483	0.04
34	1	B	13541	0.04
34	2	Q	13541	0.04
35	1	B	13484	0.04
35	2	R	13484	0.04
36	1	B	13459	0.04
36	2	S	13459	0.04
37	1	B	13545	0.04
37	2	T	13545	0.04
38	1	C	13620	0.03
38	2	D	13620	0.03
39	1	C	13517	0.03
39	2	E	13517	0.03
40	1	C	13688	0
40	2	F	13688	0
41	1	C	13545	0.03
41	2	G	13545	0.03
42	1	C	13530	0.02
42	2	H	13530	0.02
43	1	C	13580	0.03
43	2	I	13580	0.03
44	1	C	13537	0.03
44	2	J	13537	0.03
45	1	C	13640	0.01
45	2	K	13640	0.01
46	1	C	13617	0.02
46	2	L	13617	0.02
47	1	C	13587	0.02
47	2	M	13587	0.02
48	1	C	13550	0.03
48	2	N	13550	0.03
49	1	C	13662	0.02
49	2	O	13662	0.02
50	1	C	13616	0.02
50	2	P	13616	0.02
51	1	C	13670	0.01
51	2	Q	13670	0.01
52	1	C	13651	0.02
52	2	R	13651	0.02
53	1	C	13622	0.02
53	2	S	13622	0.02
54	1	C	13673	0.01
54	2	T	13673	0.01
55	1	D	13456	0.04
55	2	E	13456	0.04
56	1	D	13623	0.03
56	2	F	13623	0.03
57	1	D	13485	0.04
57	2	G	13485	0.04
58	1	D	13519	0.03
58	2	H	13519	0.03
59	1	D	13514	0.04
59	2	I	13514	0.04
60	1	D	13537	0.03
60	2	J	13537	0.03
61	1	D	13572	0.03
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LS精密化 シェル

解像度: 2.242→2.3 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
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obs	-	-	85.2 %