PDB-4s17: The crystal structure of glutamine synthetase from Bifidobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s17

タイトル

The crystal structure of glutamine synthetase from Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703

要素

Glutamine synthetase

キーワード

LIGASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen utilization / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cuff, M. / Tan, K. / Mack, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of glutamine synthetase from Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703
著者: Cuff, M. / Tan, K. / Mack, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s17.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s17.ent.gz	865.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4s17_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s17_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	4s17_validation.xml.gz	100.8 KB	表示
CIF形式データ	4s17_validation.cif.gz	131.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lgr-d 2wgs-d 20334 2lgs-d 3ng0-1 4xyc-2 5zlp-d 1f1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110218

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

323 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
646 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.052, 134.052, 298.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be dodecamer.

#1: タンパク質	Glutamine synthetase 分子量: 53782.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (バクテリア) 株: ATCC 15703 / 遺伝子: BAD_0943, glnA1 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: A1A1Z1, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES:NaOH, 30% (v/v) PPG P400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45.8 Å / Num. all: 137577 / Num. obs: 137577 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6832 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD	Builder/HKL3000	位相決定
MLPHARE	Builder/HKL3000	位相決定
直接法	Builder/HKL3000	モデル構築
DENZO	Builder/HKL3000	データ削減
SCALEPACK	Builder/HKL3000	データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法	Builder/HKL3000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.78 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2874	6708	4.93 %	randon
R_work	0.2385	-	-	-
obs	0.2409	136042	98.71 %	-
all	-	136042	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20833	0	14	412	21259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	21364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.588	29015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.394	7681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3043-2.3305	0.3414	203	0.3095	3902	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3305-2.3579	0.3773	201	0.3097	4097	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3579-2.3866	0.3848	245	0.3266	4058	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3866-2.4168	0.363	219	0.309	4204	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4168-2.4486	0.3931	250	0.3126	4233	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4486-2.4822	0.3899	224	0.3067	4279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4822-2.5176	0.4142	226	0.3001	4234	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5176-2.5552	0.37	223	0.2981	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5552-2.5951	0.3474	208	0.3018	4315	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5951-2.6377	0.3564	227	0.2899	4344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6377-2.6831	0.3679	191	0.2933	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6831-2.7319	0.3411	236	0.2899	4307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7319-2.7845	0.3555	213	0.2964	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7845-2.8413	0.35	229	0.2966	4318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8413-2.9031	0.325	220	0.2856	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9031-2.9706	0.3265	243	0.2779	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9706-3.0449	0.3304	219	0.2651	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0449-3.1272	0.3283	207	0.2725	4355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1272-3.2192	0.2958	188	0.2692	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2192-3.323	0.3207	212	0.2649	4350	X-RAY DIFFRACTION	100
3.323-3.4418	0.2818	233	0.2395	4349	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4418-3.5795	0.2742	255	0.2335	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5795-3.7424	0.2668	255	0.2214	4360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7424-3.9396	0.25	233	0.2034	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9396-4.1862	0.2414	235	0.1953	4359	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1862-4.5092	0.2101	216	0.1809	4372	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5092-4.9625	0.1963	219	0.1669	4417	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9625-5.6794	0.2395	196	0.1755	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6794-7.1511	0.2238	249	0.1845	4455	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1511-45.7907	0.2189	233	0.1908	4554	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2194	-0.3953	-0.6495	2.3106	-1.6457	1.5735	-0.0839	-0.2131	-0.3859	0.2506	-0.0395	-0.1464	0.2579	0.2357	0.1121	0.5541	0.1713	-0.0446	0.2448	0.0522	0.3611	37.8652	-51.2585	84.8345
2	0.4854	0.0931	-0.0109	0.4119	0.0585	0.4223	-0.0076	0.0313	-0.0269	0.1168	-0.044	-0.0933	-0.0932	0.0831	0.0472	0.4726	0.1861	-0.0317	0.2462	0.0239	0.2768	44.0331	-33.4683	72.588
3	0.737	-0.3933	0.4337	0.518	-0.2511	0.612	-0.021	-0.0287	-0.0501	0.0511	0.0572	-0.2545	0.0071	0.2581	0.0183	0.4807	0.1968	-0.048	0.3334	-0.006	0.4079	59.9814	-41.0998	64.6635
4	1.3937	0.6828	-0.2955	1.2919	-0.5247	1.005	-0.0273	-0.1179	-0.1744	0.1922	-0.1144	-0.2873	-0.0361	0.2468	0.1159	0.5154	0.1017	-0.0747	0.2416	-0.001	0.2983	55.2737	-8.3581	79.7022
5	0.6921	-0.3842	-0.0065	0.2801	-0.1902	0.5872	-0.0494	-0.0273	0.1808	0.1481	0.0326	-0.0685	-0.2912	-0.0598	0.0368	0.569	0.1374	-0.0291	0.2133	0.0216	0.2781	38.1902	5.5675	69.1091
6	1.2012	0.9224	1.4458	0.7165	1.1879	2.5145	-0.0124	0.0746	0.2016	-0.0308	-0.1137	-0.0626	-0.2073	0.0899	0.1191	0.4481	0.0965	0.0186	0.2293	0.0431	0.3307	57.0043	10.2475	60.2784
7	0.8263	-0.8074	-0.0861	1.7145	0.0898	0.0107	-0.0276	-0.0465	0.2401	0.0538	0.0232	-0.2216	-0.1311	0.0118	-0.0925	0.8072	0.2021	-0.0678	0.2457	-0.0805	0.3335	26.9632	23.4963	81.1769
8	0.2944	0.0077	0.0506	0.2777	-0.1875	0.1342	-0.014	-0.0216	0.0805	0.1552	-0.0149	0.0404	-0.1168	-0.0398	-0.0196	0.7366	0.2637	0.0079	0.2047	0.0287	0.297	4.9758	14.8425	70.6807
9	0.0924	-0.1118	-0.0699	0.8009	0.4199	0.2462	-0.1088	-0.0512	0.0988	0.0493	-0.0342	0.0883	-0.1818	-0.0734	-0.0002	0.8022	0.2922	-0.0062	0.2788	0.0154	0.3769	9.3686	34.7558	62.8182
10	1.1047	-0.6577	0.0517	1.238	0.3578	0.3276	0.0158	0.0185	0.218	-0.0263	-0.061	0.0131	-0.1125	-0.0883	-0.0079	0.8026	0.2337	0.0693	0.2692	-0.0059	0.2895	-11.1052	15.2155	84.7588
11	0.2565	-0.1968	0.0122	0.6178	0.0626	0.2295	-0.0138	0.0278	-0.0919	0.2736	0.0049	0.1893	-0.05	-0.0663	0.0492	0.6665	0.2684	0.0945	0.25	-0.0121	0.3014	-21.7694	-5.861	75.0277
12	0.588	-0.3068	-0.6304	0.2811	0.4342	1.1161	-0.0638	0.0711	-0.0818	0.0958	-0.0964	0.2438	-0.0001	-0.2196	0.1625	0.6754	0.2941	0.104	0.3833	-0.0278	0.4081	-35.4082	5.392	67.3268
13	1.9741	0.4993	0.4225	2.8759	2.0188	2.4457	0.0501	-0.2393	0.1749	0.1167	-0.192	0.2911	-0.1291	-0.3338	0.1574	0.6201	0.1396	0.0813	0.2706	-0.0156	0.2656	-25.4352	-21.0757	89.4882
14	1.3609	0.6995	-0.1309	1.4986	0.5686	0.5535	0.0829	0.0395	0.1632	0.0841	-0.1093	0.3175	-0.1706	-0.2231	0.1041	0.5424	0.2101	0.1237	0.322	-0.0279	0.2706	-31.3285	-28.7497	85.7884
15	0.6135	-0.1136	-0.2361	0.4749	0.2652	0.521	0.0135	-0.003	-0.0774	0.1602	-0.0025	-0.0472	0.0407	-0.0286	0.0247	0.5354	0.1641	0.0425	0.2166	0.0001	0.2709	-13.1361	-42.3831	75.38
16	0.9583	0.9247	-1.2875	0.915	-1.1223	2.9323	0.01	0.0737	-0.191	0.0719	-0.08	0.0318	0.1888	-0.2148	0.0857	0.4309	0.1061	0.0252	0.2647	-0.0205	0.2932	-32.2546	-47.8583	69.4199
17	1.9027	0.1487	-0.4641	3.7051	0.3129	1.1859	-0.0777	-0.1784	-0.2429	0.1744	0.0201	0.0784	0.1646	-0.0983	0.0297	0.5386	0.1224	0.059	0.215	0.0667	0.2704	-1.8834	-55.423	87.3593
18	0.5334	0.1636	-0.0859	0.6675	-0.0244	0.3438	0.0156	-0.0505	-0.1249	0.1832	-0.0312	-0.1141	0.0805	0.0597	0.0264	0.5308	0.182	-0.0032	0.2586	0.0158	0.2984	19.9089	-55.1165	74.3049
19	0.1571	-0.3056	0.2867	0.9962	-0.8359	0.726	-0.051	0.0464	-0.1186	0.0398	-0.1243	-0.087	0.1517	0.1171	0.11	0.6066	0.1662	0.0707	0.2183	0.0077	0.3963	15.5306	-72.0394	67.0113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 258 through 478 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 141 through 300 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 301 through 478 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 3 through 135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 136 through 300 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 301 through 478 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 3 through 108 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 109 through 300 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 301 through 478 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 4 through 58 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 59 through 123 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 124 through 300 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 301 through 478 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 4 through 108 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 109 through 300 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 301 through 478 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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