PDB-4s0m: Crystal Structure of nucleoside diphosphate kinase at 1.92 A reso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s0m

タイトル

Crystal Structure of nucleoside diphosphate kinase at 1.92 A resolution from acinetobacter baumannii

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Sikarwar, J. / Shukla, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of nucleoside diphosphate kinase at 1.92 A resolution from Acinetobacter baumannii
著者: Sikarwar, J. / Shukla, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2015年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s0m.cif.gz	469.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s0m.ent.gz	387.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s0m_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s0m_full_validation.pdf.gz	496.1 KB	表示
XML形式データ	4s0m_validation.xml.gz	50 KB	表示
CIF形式データ	4s0m_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vguS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v6d-7 6nq4-2 5v6d-8 5o8a-d 2hur-3 1h5k-d 3m11-d 4ek2-d 5v6d-4 5v6d-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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4

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.924, 71.381, 129.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase 分子量: 15483.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ATCC 19606 遺伝子: ABBL099_02780, BL01_17035, FL75_03050, FL80_07750, GQ86_04945, IOMTU433_3298, IX87_17090, LX00_02580, ndk, P795_14800 プラスミド: PET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: V5VIC4, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE,MgCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 93429 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.9
反射シェル	解像度: 1.92→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VGU

3vgu

解像度: 1.922→31.679 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2586	4639	5.04 %
R_work	0.2111	-	-
obs	0.2135	92084	96.29 %
all	-	93429	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→31.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8704	0	2	846	9552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	11944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.719	3220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9216-1.9434	0.4656	114	0.4554	2148	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9434-1.9663	0.5545	156	0.5107	2856	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9663-1.9902	0.4206	151	0.3103	3003	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9902-2.0154	0.3058	165	0.243	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0154-2.0419	0.2849	152	0.2292	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0419-2.0699	0.2886	155	0.2279	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0699-2.0995	0.2695	144	0.2304	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0995-2.1308	0.2735	163	0.2257	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1308-2.1641	0.2882	166	0.2205	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1641-2.1996	0.3579	167	0.2832	2852	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1996-2.2375	0.3452	142	0.3435	2748	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2375-2.2782	0.4513	147	0.4088	2989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2782-2.322	0.4849	136	0.355	2506	X-RAY DIFFRACTION	84
2.322-2.3694	0.3011	152	0.2458	3018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3694-2.4209	0.3102	162	0.2246	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4209-2.4771	0.3017	160	0.2204	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4771-2.5391	0.2685	149	0.2183	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5391-2.6077	0.2612	166	0.2095	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6077-2.6844	0.2865	155	0.2129	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6844-2.771	0.2913	192	0.2145	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.87	0.2507	164	0.205	2998	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-2.9848	0.2375	156	0.2032	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9848-3.1205	0.2672	168	0.2074	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1205-3.2849	0.2476	153	0.1904	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2849-3.4904	0.2321	174	0.1818	2991	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4904-3.7595	0.2264	153	0.1805	2754	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7595-4.1371	0.1695	131	0.16	2195	X-RAY DIFFRACTION	72
4.1371-4.7341	0.2098	143	0.1571	3053	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7341-5.958	0.2179	162	0.1831	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
5.958-31.6836	0.2154	141	0.1886	3067	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.2699 Å / Origin y: -9.7269 Å / Origin z: 32.1569 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1993 Å²	0.0001 Å²	-0.0085 Å²	-	0.2455 Å²	0.0276 Å²	-	-	0.2775 Å²
L	0.0074 °²	0.0059 °²	-0.0864 °²	-	0.1838 °²	0.353 °²	-	-	1.3118 °²
S	0.0077 Å °	0.025 Å °	0.0219 Å °	0.0161 Å °	0.003 Å °	-0.0081 Å °	0.0442 Å °	-0.0621 Å °	-0.0099 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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