PDB-4rzc: Fv M6P-1 in complex with mannose-6-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rzc

タイトル

Fv M6P-1 in complex with mannose-6-phosphate

要素

Fv M6P-1 heavy chain
Fv M6P-1 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody variable fragment / mannose-6-phosphate

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.723 Å

データ登録者

Blackler, R.J. / Evans, D.W. / Evans, S.V. / Muller-Loennies, S.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2016
タイトル: Single-chain antibody-fragment M6P-1 possesses a mannose 6-phosphate monosaccharide-specific binding pocket that distinguishes N-glycan phosphorylation in a branch-specific manner.
著者: Blackler, R.J. / Evans, D.W. / Smith, D.F. / Cummings, R.D. / Brooks, C.L. / Braulke, T. / Liu, X. / Evans, S.V. / Muller-Loennies, S.

履歴

登録	2014年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rzc.cif.gz	348.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rzc.ent.gz	289.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oar-1 1oau-3 1oau-1 4f9l-2 1bvl-1 1oar-3 2a9n-1 5tbd-4 6ehx-d 4qy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fv M6P-1 light chain

L: Fv M6P-1 heavy chain

A: Fv M6P-1 light chain

B: Fv M6P-1 heavy chain

C: Fv M6P-1 light chain

D: Fv M6P-1 heavy chain

E: Fv M6P-1 light chain

F: Fv M6P-1 heavy chain

ヘテロ分子

101 kDa, 8 ポリマー
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1

H: Fv M6P-1 light chain

L: Fv M6P-1 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Fv M6P-1 light chain

B: Fv M6P-1 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Fv M6P-1 light chain

D: Fv M6P-1 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Fv M6P-1 light chain

F: Fv M6P-1 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.607, 128.050, 127.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	H	0 - 116
2	1	A	0 - 116
1	2	H	1 - 116
2	2	C	1 - 116
1	3	H	1 - 116
2	3	E	1 - 116
1	4	L	2 - 113
2	4	B	2 - 113
1	5	L	2 - 113
2	5	D	2 - 113
1	6	L	2 - 113
2	6	F	2 - 113
1	7	A	1 - 116
2	7	C	1 - 116
1	8	A	1 - 116
2	8	E	1 - 116
1	9	B	2 - 113
2	9	D	2 - 113
1	10	B	2 - 113
2	10	F	2 - 113
1	11	C	1 - 117
2	11	E	1 - 117
1	12	D	2 - 113
2	12	F	2 - 113

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: 抗体

Fv M6P-1 light chain

分子量: 12650.101 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pSJF8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1

#2: 抗体

Fv M6P-1 heavy chain

分子量: 12080.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pSJF8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1

#3: 糖

ChemComp-M6P / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月24日

放射

モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.519
1	1	-H, L, K	2	0.481

反射

解像度: 2.7→30.09 Å / Num. obs: 21952 / % possible obs: 81.2 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	2.5	0.392	2299	1.064	1	86.3
2.8-2.91	2.5	0.292	2291	1.014	1	86.3
2.91-3.04	2.5	0.207	2259	1.036	1	85.4
3.04-3.2	2.5	0.181	2279	1.015	1	85.5
3.2-3.4	2.5	0.141	2280	0.972	1	85
3.4-3.66	2.5	0.113	1846	0.956	1	69.2
3.66-4.03	2.5	0.102	1963	0.951	1	72.8
4.03-4.61	2.6	0.061	2254	1.037	1	83
4.61-5.8	2.6	0.055	2237	1.002	1	81.5
5.8-30	2.6	0.053	2244	1.053	1	77.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MxDC		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.723→30.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 20.215 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	1094	5 %	RANDOM
R_work	0.2261	-	-	-
obs	0.2283	21952	80.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.15 Å² / B_iso mean: 30.376 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.723→30.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6879	0	94	153	7126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	7129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.95	9695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.155	3	14760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.231	5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.396	23.481	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.634	15	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.741	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.598	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.684	1.598	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.213	2.392	4518

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	H	6104	0.1
1	2	A	6104	0.1
2	1	H	5937	0.12
2	2	C	5937	0.12
3	1	H	5998	0.1
3	2	E	5998	0.1
4	1	L	5373	0.12
4	2	B	5373	0.12
5	1	L	5265	0.14
5	2	D	5265	0.14
6	1	L	5356	0.13
6	2	F	5356	0.13
7	1	A	5906	0.12
7	2	C	5906	0.12
8	1	A	5881	0.12
8	2	E	5881	0.12
9	1	B	5218	0.15
9	2	D	5218	0.15
10	1	B	5379	0.14
10	2	F	5379	0.14
11	1	C	6052	0.11
11	2	E	6052	0.11
12	1	D	5430	0.13
12	2	F	5430	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.723→2.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	51	-
R_work	0.269	1444	-
all	-	1495	-
obs	-	-	75.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6221	0.196	-0.3549	0.7444	-0.249	1.7372	0.0151	-0.1084	0.0267	-0.1615	-0.0093	0.0876	0.0025	-0.1039	-0.0058	0.1879	0.0295	-0.0015	0.1999	-0.0118	0.1087	-31.2447	-9.7197	10.6185
2	0.108	0.1948	-0.5586	1.291	-0.2774	4.1624	0.0116	-0.057	-0.0426	0.0132	-0.0767	-0.1518	0.1606	0.23	0.0651	0.0764	-0.0043	-0.0157	0.1579	0.0087	0.0995	-15.8456	-17.744	23.2178
3	1.4053	-0.2239	-0.0309	0.837	0.4515	1.828	-0.138	-0.0973	-0.0808	-0.1053	0.1485	-0.1315	0.0457	0.1917	-0.0105	0.1194	0.036	-0.0102	0.1964	0.0086	0.0884	0.7327	-51.2826	13.9446
4	0.1566	0.0376	0.1884	1.1886	0.3669	5.1478	0.0069	-0.0043	0.0166	-0.019	-0.0083	0.1603	-0.1861	-0.2837	0.0014	0.024	0.0018	0.0034	0.1109	-0.0013	0.0409	-14.4807	-43.02	26.9593
5	1.5437	0.9897	-0.2665	2.6794	0.7431	0.6372	-0.0095	0.0257	-0.0654	-0.0363	-0.0323	-0.1665	-0.1475	0.0547	0.0417	0.174	-0.0142	-0.0006	0.2309	-0.0085	0.1475	16.191	-42.784	44.6732
6	0.1934	0.0728	-0.4479	3.0869	-0.5072	1.2009	0.0383	0.1025	-0.0965	0.1177	-0.2023	0.3633	-0.0375	-0.2107	0.164	0.0608	-0.0115	-0.0054	0.214	-0.0296	0.1388	0.8013	-55.2712	52.9085
7	2.4484	-0.0996	0.1605	2.8343	0.4195	1.3263	0.0054	-0.0245	-0.2361	-0.0655	-0.111	0.2043	0.0569	-0.1013	0.1056	0.0568	-0.0182	0.0106	0.191	0.0289	0.0659	14.3213	-18.1175	41.4772
8	1.4433	0.0301	0.2158	2.9521	0.7618	0.9409	0.0516	-0.0895	0.1292	-0.0284	-0.0279	-0.2809	-0.0189	0.1129	-0.0237	0.0506	-0.0115	-0.0068	0.2404	-0.0023	0.0995	29.7707	-5.3171	49.4197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	0 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	2 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	-1 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	2 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	1 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	2 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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