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万見
- PDB-4rym: Crystal structure of BcTSPO Iodo Type1 monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rym
タイトルCrystal structure of BcTSPO Iodo Type1 monomer
要素Integral membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Tryptophan-rich protein TspO
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Guo, Y. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Protein structure. Structure and activity of tryptophan-rich TSPO proteins.
著者: Guo, Y. / Kalathur, R.C. / Liu, Q. / Kloss, B. / Bruni, R. / Ginter, C. / Kloppmann, E. / Rost, B. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8784
ポリマ－21,4971
非ポリマー3813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.356, 49.538, 99.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integral membrane protein


分子量: 21496.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_3136, DSM 31 / プラスミド: pMCSG7 10xHis 30021246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81BL7
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: lcp / pH: 6.5
詳細: crystals grew from 0.1 M sodium cacodylate, 5% w/v PGA LM (poly-l-glutamic acid, low molecular weight~ 200-400 kDa), 30% v/v PEG 550MME (Polyethylene glycol monomethyl ether 550), pH 6.5 in ...詳細: crystals grew from 0.1 M sodium cacodylate, 5% w/v PGA LM (poly-l-glutamic acid, low molecular weight~ 200-400 kDa), 30% v/v PEG 550MME (Polyethylene glycol monomethyl ether 550), pH 6.5 in LCP with monoolein (9.9 MAG), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 2.0735 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月5日
放射モノクロメーター: A KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 4153 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / % possible all: 70.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→35.053 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Multi-Crystal Iodine SAD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2718 194 4.71 %Random
Rwork0.2174 ---
obs0.2196 4122 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 3 0 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7681784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.51422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006208
LS精密化 シェル解像度: 2.8→35.0556 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 194 -
Rwork0.2174 3928 -
obs--94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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