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- PDB-4rve: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rve
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
  • PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilso, K.S.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of EcoRV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments.
著者: Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure and Function of Restriction Endonucleases
著者: Winkler, F.K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization of Complexes of EcoRV Endonuclease with Cognate and Non- Cognate DNA Fragments
著者: Winkler, F.K. / D'Arcy, A. / Bloecker, H. / Frank, R. / Van Boom, J.H.
履歴
登録1993年2月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))
B: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))
C: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8126
ポリマ－94,8126
非ポリマー00
水41423
1
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))
B: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2084
ポリマ－63,2084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
C: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))

F: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
C: PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2084
ポリマ－63,2084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)60.200, 78.400, 371.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 73, PRO B 73, AND PRO C 73 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (ECO RV (E.C.3.1.21.4))


分子量: 28559.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04390
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 400011
3NACL11
4WATER12
5NA PHOSPHATE12
6NACL12
結晶化
*PLUS
詳細: Winkler, F.K., (1991) J.Mol.Biol., 217, 235. / PH range low: 6.9 / PH range high: 6.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17-10 mg/mlenzyme 1drop
310-20 mMsodium potassium phosphate1reservoir
4250 mM1reservoirNaCl
52-6 mg/mloligonucleotide1reservoir
2ammonium sulfate1drop
61

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 15231
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 15988 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→8 Å
詳細: THE CHAIN SEGMENTS LISTED BELOW APPEAR TO BE DISOREDERED AND THE ATOMS AS FAR AS PRESENT ARE ENTERED WITH ZERO OCCUPANCIES AND B FACTORS OF 99.0. WITH THE EXCEPTION OF THE C-TERMINAL RESIDUES ...詳細: THE CHAIN SEGMENTS LISTED BELOW APPEAR TO BE DISOREDERED AND THE ATOMS AS FAR AS PRESENT ARE ENTERED WITH ZERO OCCUPANCIES AND B FACTORS OF 99.0. WITH THE EXCEPTION OF THE C-TERMINAL RESIDUES 242-245, COORDINATES FOR THESE ILL-DEFINED SEGMENTS HAVE BEEN PRODUCED THROUGH THE INITIAL MOLECULAR DYNAMICS RUNS STARTING WITH ARBITRARY CONFORMATIONS AND UNIT OCCUPANCIES. THE DENSITY IN THESE REGIONS IS MOSTLY WEAK AND FRAGMENTED. THE STRUCTURES PRESENT FOR THESE SEGMENTS IN THIS COORDINATE FILE ARE ONLY MEANT TO DELINEATE THE APPROXIMATE PATH OF THESE DISORDERED CHAIN SEGMENTS. IN THE FINAL TNT REFINEMENT ROUNDS THE CORRESPONDING ATOMS WERE INCLUDED WITH ZERO OCCUPANCIES TO MAINTAIN A REASONABLE STEREOCHEMISTRY. A 13 TO A 17 B 13 TO B 18 C 13 TO C 18 A 83 A 99 TO A 100 A 141 TO A 149 B 141 TO B 148 C 141 TO C 149 A 222 TO A 228 B 222 TO B 228 C 222 TO C 228 A 242 TO A 245 B 242 TO B 245 C 242 TO C 245 THE ATOMS OF A NUMBER OF SIDE CHAINS WITH POORLY DEFINED DENSITY ARE MARKED IN THE SAME WAY AND ARE: SUBUNIT A: GLU 57 B: LYS 67 C: GLU 57 LYS 98 ASN 70 LYS 85 LYS 85 LYS 98 LYS 98 GLU 99 GLU 99 ASN 100 GLU 101 LYS 102
Rfactor反射数
obs0.176 15231
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5961 606 0 23 6590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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