[日本語] English
万見
- PDB-1rve: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rve
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA FRAGMENTS
要素ENDONUCLEASE EcoR V
キーワードENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Winkler, F.K.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of EcoRV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments.
著者: Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure and Function of Restriction Endonucleases
著者: Winkler, F.K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization of Complexes of EcoRV Endonuclease with Cognate and Non-Cognate DNA Fragments
著者: Winkler, F.K. / D'Arcy, A. / Bloecker, H. / Frank, R. / Van Boom, J.H.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Purification and Crystallization of the EcoRV Restriction Endonuclease
著者: D'Arcy, A. / Brown, R.S. / Zabeau, M. / Van Resandt, R.W. / Winkler, F.K.
履歴
登録1992年2月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE EcoR V
B: ENDONUCLEASE EcoR V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3812
ポリマ－57,3812
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.200, 71.700, 130.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 73 AND PRO B 73 ARE CIS PROLINES.
2: THE FOLLOWING PROTEIN SIDE CHAINS HAVE NO OR POORLY DEFINED DENSITY (THEY WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT AND ARE ENTERED WITH UNIT OCCUPANCIES): A CHAIN: GLN 68, GLN 69, ASN 70, LYS 245 B CHAIN: LYS 161

-
要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE EcoR V


分子量: 28690.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 7.8 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-8 mg/mlprotein1drop
221-24 %(w/v)PEG40001drop
30.1-0.15 M1dropNaCl
410 %PEG40001reservoir
50.18 M1reservoirNaCl

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 16509 / Num. measured all: 86437 / Rmerge(I) obs: 0.069

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 0
詳細: THE CHAIN SEGMENTS LISTED BELOW APPEAR TO BE DISOREDERED AND ARE ENTERED WITH ZERO OCCUPANCIES. THE CORRESPONDING B FACTORS ARE MEANINGLESS. THE COORDINATES OF THE ATOMS OF THESE SEGMENTS ...詳細: THE CHAIN SEGMENTS LISTED BELOW APPEAR TO BE DISOREDERED AND ARE ENTERED WITH ZERO OCCUPANCIES. THE CORRESPONDING B FACTORS ARE MEANINGLESS. THE COORDINATES OF THE ATOMS OF THESE SEGMENTS HAVE BEEN PRODUCED THROUGH THE INITIAL MOLECULAR DYNAMICS RUNS STARTING WITH ARBITRARY CONFORMATIONS AND UNIT OCCUPANCIES. THE DENSITY IN THESE REGIONS IS MOSTLY WEAK AND FRAGMENTED. THE RESIDUES HAVE BEEN LEFT IN THIS COORDINATE FILE JUST TO DELINEATE THE APPROXIMATE PATH OF THE CHAIN IN THESE REGIONS. THEY WERE INCLUDED WITH ZERO OCCUPANCIES IN TNT REFINEMENT TO MAINTAIN REASONABLE STEREOCHEMISTRY. A 13 TO A 17 B 13 TO B 19 A 142 TO A 148 B 142 TO B 148 A 183 TO A 187 B 183 TO B 187 A 221 TO A 228 B 221 TO B 228 THE FOLLOWING PROTEIN SIDE CHAINS HAVE NO OR POORLY DEFINED DENSITY (THEY WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT AND ARE ENTERED WITH UNIT OCCUPANCIES): A CHAIN: GLN 68, GLN 69, ASN 70, LYS 245 B CHAIN: LYS 161
Rfactor反射数
Rwork0.185 -
obs0.185 15963
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 0 49 4095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.07
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 15963 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.07

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る