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- PDB-4ruk: crystal structure of Phosphoapantetheine adenylyltransferase PPAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ruk
タイトルcrystal structure of Phosphoapantetheine adenylyltransferase PPAT/CoaD with CoA and pyrophosphate from Pseudomonas aeruginosa
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


[citrate (pro-3S)-lyase] ligase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase ligase, C-terminal / Citrate lyase ligase C-terminal domain / Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / FORMIC ACID / PYROPHOSPHATE 2- / Phosphopantetheine adenylyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa 2192 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chatterjee, R. / Datta, S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Transition of phosphopantetheine adenylyltransferase from catalytic to allosteric state is characterized by ternary complex formation in Pseudomonas aeruginosa
著者: Chatterjee, R. / Mondal, A. / Basu, A. / Datta, S.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Data collection
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,53245
ポリマ－106,7736
非ポリマー6,75939
水2,522140
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,82723
ポリマ－53,3863
非ポリマー3,44120
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15180 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70522
ポリマ－53,3863
非ポリマー3,31819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14750 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.603, 89.483, 79.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase


分子量: 17795.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa 2192 (緑膿菌)
遺伝子: coaD, PA0363, PA2G_04277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3LHH1, UniProt: A0A0X1KGP2*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 179分子

#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG4000, 0.1M HEPES, 5% Isopropanol, 200mM Sodium aceate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9748 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9748 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.132 Å / Num. all: 77595 / Num. obs: 54318 / % possible obs: 71 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.2-2.25171
2.25-2.31183
2.31-2.37197
2.37-2.44199.5
2.44-2.52199.8
2.52-2.61199.6
2.61-2.71199.8
2.71-2.84199.8
2.84-2.99199.8
2.99-3.17199.9
3.17-3.42199.9
3.42-3.761100
3.76-4.311100
4.31-5.42199.8
5.42-50199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H1T

1h1t


解像度: 2.2→45.132 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 1999 3.68 %
Rwork0.2042 --
obs0.2061 54318 96.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7456 0 411 140 8007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26211101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.413060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.25520.37391030.32622756X-RAY DIFFRACTION71
2.2552-2.31610.33711270.28333241X-RAY DIFFRACTION85
2.3161-2.38430.36511460.2633772X-RAY DIFFRACTION98
2.3843-2.46120.30131440.24193824X-RAY DIFFRACTION99
2.4612-2.54920.2811500.23243848X-RAY DIFFRACTION100
2.5492-2.65130.28921490.21873858X-RAY DIFFRACTION100
2.6513-2.77190.28891430.19763829X-RAY DIFFRACTION100
2.7719-2.9180.25711440.1993874X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.10080.24181450.20783827X-RAY DIFFRACTION100
3.1008-3.34010.2811510.20053896X-RAY DIFFRACTION100
3.3401-3.67610.26141490.19253847X-RAY DIFFRACTION100
3.6761-4.20780.24161470.19053895X-RAY DIFFRACTION100
4.2078-5.30.22381530.18423894X-RAY DIFFRACTION100
5.3-45.14180.2061480.19913958X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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