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- PDB-4rud: Crystal structure of a three finger toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rud
タイトルCrystal structure of a three finger toxin
要素Three-finger toxin 3b
キーワードTOXIN / Three Finger Toxin / Snake venom toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Three-finger toxin 3b
類似検索 - 構成要素
生物種Micrurus fulvius (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Br.J.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: Fulditoxin, representing a new class of dimeric snake toxins, defines novel pharmacology at nicotinic ACh receptors.
著者: Foo, C.S. / Jobichen, C. / Hassan-Puttaswamy, V. / Dekan, Z. / Tae, H.S. / Bertrand, D. / Adams, D.J. / Alewood, P.F. / Sivaraman, J. / Nirthanan, S. / Kini, R.M.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.src_method
改定 1.42022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-finger toxin 3b
B: Three-finger toxin 3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2184
ポリマ－13,0872
非ポリマー1312
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.800, 58.800, 70.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

ZN

21B-101-

ZN

31A-244-

HOH

41A-254-

HOH

51A-268-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Three-finger toxin 3b


分子量: 6543.485 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-79 / 変異: A25V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrurus fulvius (コブラ) / 細胞株 (発現宿主): Oocytes / 発現宿主: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 参照: UniProt: U3EPL2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30.255 Å / Num. all: 18858 / Num. obs: 18858 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PLC

3plc


解像度: 1.95→30.255 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 1705 9.94 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
all0.2042 18858 --
obs0.2042 17153 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.58 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.24 Å2 / Biso mean: 21.2391 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6367 Å2-0 Å20 Å2
2---4.6367 Å20 Å2
3---9.2734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数898 0 2 141 1041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2441228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.589330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.00740.30241420.244612631405100
2.0074-2.07220.25391470.183213151462100
2.0722-2.14620.21381410.181412881429100
2.1462-2.23210.26031400.25871262140297
2.2321-2.33370.39781310.29911258138997
2.3337-2.45660.25321470.226412931440100
2.4566-2.61050.24921410.212612871428100
2.6105-2.81190.21711450.202512951440100
2.8119-3.09460.25191390.19313111450100
3.0946-3.54180.20911430.17812891432100
3.5418-4.460.19781480.158912751423100
4.46-30.25820.2051410.190413121453100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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