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万見
- PDB-4rs9: Structure of Myc3 N-terminal JAZ-binding domain [44-238] in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rs9
タイトルStructure of Myc3 N-terminal JAZ-binding domain [44-238] in complex with Jas motif of JAZ9
要素
  • Protein TIFY 7
  • Transcription factor MYC3
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Helix-Sheet-Helix / alpha+beta structural fold / Transcription factor / bind JAZ corepressors or mediator subunit MED25 / Nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / defense response / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription ...extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / response to jasmonic acid / bHLH transcription factor binding / defense response / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal ...Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / Transcription factor AIB/MYC-like / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TIFY 7 / Transcription factor MYC3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ke, J. / Zhang, F. / Zhou, X.E. / Brunzelle, J.S. / Zhou, M. / Xu, H.E. / Melcher, K. / He, S.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis of JAZ repression of MYC transcription factors in jasmonate signalling.
著者: Zhang, F. / Yao, J. / Ke, J. / Zhang, L. / Lam, V.Q. / Xin, X.F. / Zhou, X.E. / Chen, J. / Brunzelle, J. / Griffin, P.R. / Zhou, M. / Xu, H.E. / Melcher, K. / He, S.Y.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MYC3
B: Protein TIFY 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2102
ポリマ－24,2102
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.745, 85.745, 59.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor MYC3 / Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / ...Basic helix-loop-helix protein 5 / AtbHLH5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription factor ATR2 / Transcription factor EN 36 / bHLH transcription factor bHLH005


分子量: 21587.623 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal JAZ-binding domain (UNP residues 44-238) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g46760, ATR2, BHLH5, EN36, MYC3, MZA15.18 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9FIP9
#2: タンパク質・ペプチド Protein TIFY 7 / Jasmonate ZIM domain-containing protein 9


分子量: 2622.164 Da / 分子数: 1 / 断片: Jas motif (UNP residues 218-239) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8W4J8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月25日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 18916 / Num. obs: 18916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2programデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Myc3[44-238]

解像度: 1.95→42.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.519 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 971 5.1 %RANDOM
Rwork0.19987 ---
obs0.20149 17922 99.92 %-
all-17936 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å2-0.57 Å2-0 Å2
2---0.57 Å2-0 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 0 137 1630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.9242047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9935186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53324.87278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27915258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.392159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9654.71756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1367.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3875.064761
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.94544.5826519
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 74 -
Rwork0.291 1317 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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